“向天皇陛下谢罪的只有我山本一人”
“向天皇陛下谢罪的只有我山本一人”
4日10时50分，通信参谋田雄四郎旋风一般冲进了“大和”号作战室，发布了一条令人震耳欲聋的消息：“‘赤城’号、‘加贺’号、‘苍龙’号遭敌陆基飞机和舰载机攻击后起火，拟以‘飞龙’号迎战敌航空母舰。”电报是阿部弘毅从“利根”号上发过来的。在此后的3天里，焦头烂额的宇垣再也没有闲情逸致去记他的《战藻录》了。6月7日，他在续写的日记里如此形容当时的情形，“这份令人伤心的报告，使作战指挥室里顿时蒙上了一层浓厚的阴云”。
突如其来的噩耗如晴天霹雳，震得所有人目瞪口呆。山本看上去还算冷静，他那因胃部疼痛稍显苍白的脸只是微微战栗了一下。原来的乐观气氛一扫而空，作战室里空气凝重得几乎令人窒息。开战以来，南云机动部队一路凯歌高奏，捷报频传。对此次由南云担任开路先锋、山本亲自坐镇中军的中途岛之战，没人对最终结果有过一丝怀疑。尽管有着如此自负，但包括山本在内的所有人都清楚，想取得前辈东乡对马海战那样的战绩显然是不可能的——?今天主场作战的美国人绝非当年劳师远征的俄国第二太平洋舰队那样的软柿子。大家不敢奢望胜利之后所有舰船都完好无损，损失1艘航母当属正常，损失2艘虽说是严重的挫折，但勉强可以接受。现在一下子就损失3艘，完全出乎所有人的预料。
此时，山本在广阔战线上多路推进的战略立即暴露出致命缺陷。他的几支部队相距太远，短时间内无法聚拢形成拳头。此时主力舰队位于南云西北550公里，近藤在南云西南650公里。尽管2支部队有相当可观的水面战力，但各只有1艘轻型航母，用于自保尚嫌不足，更不用说与美军重型航母对抗了。目前只有角田第二机动部队的“龙骧”号和“隼鹰”号可以提供有效空中支援，它们拥有的舰载机超过了60架。角田远在3000公里外的荷兰港附近，即使接到命令立即南下驰援，最少要3天才能赶到核心战场。在此期间，山本只能指望众多水面舰艇能有机会靠近美军航母实施贴身肉搏，靠大口径舰炮和鱼雷攻击对方。
虽然前景暗淡，但眼下就认输为时尚早。日军还拥有“飞龙”号，指挥它的又是有勇有谋、敢打敢拼的山口，当前线传来山口已派出攻击机群的消息时，大家都希望奇迹能够出现，心中默默为山口和“飞龙”号这根救命稻草祈祷。
众参谋中最激动的当属为中途岛之战呕心沥血的黑岛。完全失去理智的首席参谋目眦欲裂，时而痛哭流涕，时而以双手猛击桌子，举止癫狂。黑岛提出，调角田第二机动部队迅速南下，为遭受重大损失的第一机动部队输入新鲜血液。撤销部署于夏威夷和中途岛之间的潜艇警戒线，所有潜艇快速转向西北奔赴作战区域，同时用战列舰将几艘受伤航母全部拖回去——原来让这些“主力舰”跑大老远就为了干这种事！
但这毕竟是一群训练有素的职业军人。在随后一小时里，山本和参谋们逐渐从之前的沉重打击中恢复过来。对费尽九牛二虎之力方争取到的中途岛作战，山本当然不肯以如此局面草草收场。目前最大问题是南云的飞行甲板严重不足，如果角田能够把“龙骧”号和“隼鹰”号迅速向南开进战场，挽回不利局面尚有可能。在召集角田部队的同时，必须尽快组织起尽可能多的水面战斗力量。12时20分，山本向包括阿留申作战各部队下达了联合舰队第155号作战命令：
一、12时整，主力舰队位于北纬35度08分、西经171度05分，航向120度，航速20节。
二、补给船队暂时脱离主力舰队，山本将亲率主力舰队快速驰援南云。
三、田中登陆船队暂向西北方向避让，近藤部队以最快速度与南云会合。
四、第二机动部队迅速南下，前往增援第一机动部队。
五、第三和第五潜艇战队迅速前出至西经168度、北纬26度～36度间展开。
随后不久，山本又命令田中船队不要跑得太远，在中途岛以西920公里处待机。一旦战局出现有利变化，则立即掉头东进攻占中途岛。
南云于13时接到了命令，他对美军的情况始终处于懵懂状态。从下午到晚上，各侦察机的报告如雪片一般飞来，很多自相矛盾且漏洞百出。但有2份报告对南云对局势的判断起到了关键作用，分别是“筑摩”号岳琦的报告以及“岚”号审问美军飞行员的供词，后者于13时30分通过第四驱逐舰战队司令官有贺幸作同时发给了山本、南云、近藤和小松。美国人的确有3艘航母，这一消息让南云试图在昼间利用水面舰艇翻盘的希望彻底破灭。如此规模的航空兵力，足以在日军舰艇接近至炮击距离前将其彻底粉碎。但从上述情报可以看出，美军舰队中没有战列舰，护航舰队全是轻型舰艇，这对南云无疑是一个好消息。
“大和”号上，山本的精英参谋仍在竭尽全力试图挽回败局。除美军航母，下一步登陆作战还必须面临中途岛陆基航空力量的威胁。有人提出，这一问题可以用舰炮来解决。如果近藤能够派出重型舰只于当晚炮轰中途岛，那5日早上，他们就只需集中力量对付美军航空母舰。13时10分，山本再次下达了第156号作战命令：
一、集中所有兵力，消灭敌军舰队。
二、近藤部队抽调部分力量炮击中途岛，摧毁敌军航空基地。
三、暂缓占领中途岛及基斯卡岛。
黑岛建议，对美军实施夜间攻击以弥补损失。日本海军以擅长夜战著称，此时双方距离也使5日晚上的夜战成为可能，前提是美国人西进或停在原地不跑。如果山口和“飞龙”号能创造奇迹极大削弱美军航空兵力，战局也许尚能维持。在向各部发出作战命令的同时，主力舰队开足马力冲破重重浓雾向战场驶去。
接令之后，近藤将夜间炮击中途岛的艰巨任务交给了栗田健男的近距离支援部队。既然登陆船队暂时退却，田中也就不再需要栗田的“近距离支援”了。近藤还想把战列舰“金刚”号和“比叡”号同时配属给栗田，但这2艘舰距中途岛尚远，5日日出之前不可能赶到中途岛。思忖再三的近藤只好作罢。
接到近藤命令的栗田于15时率第六巡洋舰战队“熊野”号、“铃谷”号、“三隈”号、“最上”号及第八驱逐舰分队“朝潮”号、“荒潮”号全速向中途岛发起冲刺。即使这几艘巡洋舰的航速为日本海军之冠，但在5日黎明之前赶到中途岛依然希望不大。况且在实施炮击之后，栗田还必须在光天化日之下撤出战斗。毫无空中保护的舰队势必遭到中途岛陆基航空兵和航母舰载机的双重追杀。但是军令如山，作战命令必须执行，栗田只好怀着悲壮的心情向东急驶。按说驱逐舰速度已够快了，但依然赶不上那4艘以35节高速行驶的巡洋舰。到23时，它们已完全消失在巡洋舰的视野之中。栗田下令各舰做好最坏打算，一旦炮击失败，就组织水兵敢死队上岸实施爆破。
“大和”号作战室里群情激愤，只有宇垣尚保持着难得的冷静。他对这项希望渺茫且充满危机的冒险行动忧心忡忡。但既然山本已下达命令，宇垣作为参谋长也不好再说什么。最后这项行动还是被取消了，可决策明显慢了不止半拍，最终酿成了“三隈”号的惨剧。
噩耗很快接踵而至。17时30分，山本和近藤同时收到了南云发来的电报：“‘飞龙’号中弹起火。”步南云后尘，被寄予厚望的山口也在美国人面前铩羽而归，作战室内举座皆惊。“犹如当头一棒，”宇垣对此悲痛地说，“在这仅存的一艘航母身上寄托着我们的全部希望。它单枪匹马、英勇奋战，重创2艘敌军航母，最后不幸罹难，我的天哪！”宇垣与山口是“海兵”的同班同学，私人关系非同一般，都对南云缺乏好感。山口经常向宇垣发牢骚，认为南云和草鹿缺乏魄力。作为上级，宇垣对这种行为非但不加制止，反倒怂恿山口越过南云直接向上级汇报。现在连自己最信得过的山口也遭遇败绩，怎能不让宇垣痛彻心扉？
在主战场发生诸多戏剧性事件的同时，北边阿留申前线也没有闲着。4日下午，角田派出11架俯冲轰炸机、6架鱼雷机和15架战斗机再次空袭荷兰港。飞行员在目标上空遇上了晴朗天气，空袭炸毁了美国人4只油罐、“西北”号营房船、正在修建的一个机库以及医院一角。在飞往会合点途中，“隼鹰”号机群在奥特角机场上空与美军8架p-40战斗机狭路相逢。在随后爆发的空战中，日军损失战斗机1架、轰炸机2架，另有2架轰炸机因伤势过重在海上坠毁。
美国人并非只守不攻。就在角田派出战机空袭荷兰港的同时，他们的行踪同样被美军1架“卡塔琳娜”发现。西奥博尔德立即派出陆军b-26和b-17前往攻击第二机动部队，不但未获任何战果，反而损失两种飞机各一架。看来美国陆军轰炸机想在攻舰方面有所作为还需假以时日。
4日下午，细萱从“大和”号上收到的电报时断时续。参谋长中泽佑判断南方战场可能出了问题，“综合得到的信息，得到的印象是第一机动部队可能遭到了意想不到的重创，不禁为此感到万分担忧”。
空袭荷兰港的机群刚刚出发，角田就接到“大和”号发来的命令，“第二机动部队迅速南下与南云会合”。随后又有新命令传来，对中途岛和基斯卡岛的登陆延期实施。于是角田在回收攻击机群后掉头南下，前往与南云第一机动部队会合。
4日18时对美军来说是一个重要转折点，他们开始从寻求胜利转向扩大战果。弗莱彻的首要问题是妥善处理已被打成半身不遂的“约克城”号。在留下“休斯”号暂时看护“约克城”号之后，弗莱彻率剩余舰只逐渐向斯普鲁恩斯靠拢。留在原地很可能与日军发生水面夜战，6艘驱逐舰上挤满了航母幸存人员，水面战斗对美军无疑是非常不利的。
虽然之前并未就此沟通过，但在不与日军进行水面夜间战斗这点上，斯普鲁恩斯和弗莱彻可谓不谋而合。对日军无线电情报的分析提供了以下明显迹象：一支庞大的舰队正从西北方向快速驶来，西南方向也出现了不断逼近的另一支舰队，曾经袭击荷兰港的那支日军航母舰队可能也正从北方挤压过来。中途岛以西海域刹那间剑拔弩张、风声鹤唳。
如果舰队继续西进，斯普鲁恩斯判断自己很可能与日军占绝对优势的水面舰艇迎头相遇。即使雷达使他拥有夜间更明亮的眼睛，但他不敢断定自己能在日本人擅长的夜战中占得上风，夜间追逐南云已遭重大打击的舰队可能使他和弗莱彻白天赢得的胜利前功尽弃。之前的交战已使战场形势明显有利于自己，但美军也为此付出了惨痛代价。此时尚能作战的飞机包括65架俯冲轰炸机、54架战斗机和区区3架鱼雷机。“约克城”号毫无战力且已成为累赘。美国人缺乏足够的护航驱逐舰，它们的油料已处于警戒状态。根据战前情报，日军舰队中有数量可观的战列舰——?事实上没算上山本主力舰队，南云和近藤会合后将拥有4艘快速战列舰，各配有8门356毫米主炮。美国人没有战列舰，其重巡洋舰最大主炮口径只有203毫米。
作为大舰巨炮派的忠实拥趸，斯普鲁恩斯当然明白用巡洋舰和战列舰对抗结果将是灾难性的。现在他依然有2艘航母，对手很可能已经没有了。如果自己端着冲锋枪去和手持匕首的敌人近身肉搏，那才真正是脑子进水。航母的攻击力来自舰载机，它们在夜间无法起降，黑夜中的航母由攻击利器变成了不折不扣的累赘。与舰体低矮的巡洋舰和驱逐舰相比，“企业”号和“大黄蜂”号就像水面上矗立的两座摩天大楼，它们缺乏重型装甲和大口径火炮，如果进入对方战列舰的火炮射程，则会被敌人毫不费力地摧毁。
斯普鲁恩斯无法判定，白天击沉或重创的是不是敌人全部4艘航母。战前情报显示日军在战场可能存在第5艘航母。况且斯威尼的空中堡垒在攻击“飞龙”号返航时，曾被来历不明的零战追击。这些战斗机可能来自那艘燃烧的航母，也可能敌军另1艘航母已抵达战场。日本人绝不会就此罢休，中途岛依然面临着严重威胁。为应对第二天可能出现的意外，保存现有战力十分必要。斯普鲁恩斯始终牢记，自己的首要任务是保卫中途岛，同时尽可能减少舰船特别是航母的损失，“遵循不轻易冒险的原则”是临行前尼米兹再三叮嘱过的。重创敌军4艘航母，而自己仅1艘受损，这样的结果完全可以欣然接受，现在为了日军残余部队拿宝贵的航母再去冒险显然不明智。
“我认为冒险同可能占优势的敌人进行水面夜战完全是不可取的，”这是斯普鲁恩斯思忖再三得出的结论，“另外，我不想在第二天上午距中途岛太远。”他希望第二天晨曦初现时到达中途岛东北320公里处，“这样进可追击溃逃的敌人，退可确保中途岛无虞。”于是19时15分，斯普鲁恩斯下令完成飞机收容作业的舰队掉头东行，直至午夜，速度是中性的15节，之后向北航行1小时，黎明前再转回西行。这样，他的舰队就可以与敌人保持一定距离，处在一个相对安全的范围之内。这一决定尽管之后遭受了诸多非议，但无疑可以继续保持当前的优势，明智地保证了中途岛战役美军的绝对胜利。
做好上述安排，斯普鲁恩斯回到住舱安然入睡。数年后，他在接受采访时如此说：“我身边的战友都很优秀，他们明白自己的职责并能完美地执行。我为什么不能好好地睡一觉呢？”他深知第二天的行动依然危险，必须保持清醒头脑去冷静面对。事实正如斯普鲁恩斯所料。如继续西进，他们将与南云和近藤会合后的日军迎头相遇，一场以舰炮和鱼雷为主要攻击手段的水面夜战将不可避免，这正是日本人迫切希望的。斯普鲁恩斯退避三舍的做法让日军挽回败局的希望彻底落空。
从登上“长良”号那一刻起，鱼雷战专家南云就一直积极做着进行水面对决的各种努力。即使目睹了“飞龙”号的覆灭，南云打夜战的期望仍丝毫未减，他甚至准备抽调救助受伤航母的驱逐舰参与夜战的侦察和攻击。但随后“筑摩”号2号机发回了一条令人沮丧的消息：“敌军东撤，航向70度，航速20节。”这说明之前打得顺风顺水的美国人并未乘胜追击，而是诡异地掉头返航了。不管敌人意图何在，南云精心策划的夜战计划很可能因此泡汤。首席参谋大石保建议，派出“长良”号唯一一架夜视侦察机继续搜寻美军舰队行踪。区区一架侦察机在暗夜里捕捉茫茫大海上的一支舰队——?美军实施灯火管制是毫无疑问的——?成功概率和朝黑暗中开枪毫无二致。但求战心切的南云毅然下达了侦察机出击的命令，他对于诱敌夜战已到了急不可耐的地步。
草鹿后来将机动部队的行动形象地形容为“追踪天边的彩虹”，“坦率地讲，我们的处境非常困难。但为了帝国海军的荣誉，我们绝不能轻易后退，只有一往无前。现在看来，我们当时只是盲目地乱跑一气，一厢情愿地想打一场夜战”。
正快速驰援的近藤同样进行着夜战的积极准备，他于17时50分电令所部：
一、利用月色，以密集战斗队形与敌作战。
二、第五巡洋舰战队、第二驱逐舰战队、第四驱逐舰战队可相机单独行动。
三、攻敌鱼雷深度定为4米。
很快，“筑摩”号二号机又来添乱。18时30分，“筑摩”号向南云发来灯光信号说：“我二号机于14时13分发现敌航母4艘、巡洋舰6艘、驱逐舰15艘，在燃烧倾斜的那艘敌航母以东30海里，敌部队正向西运动。我机发现它们后不久遭敌舰载机追击，后失去目标。”
18时36分，山本和宇垣收到了那份“敌军东撤”的电报。在海图上简单测算之后，宇垣发现撤退中的美军舰队距近藤仅185公里。于是19时15分，他以联合舰队司令部的名义下达了第158号作战命令：
一、敌舰队实际已被击溃，正向东退却。
二、附近所属各部立即全速追歼残敌，同时占领中途岛。
三、南云部队、近藤部队（缺栗田部）及潜艇部队应立即接敌并攻击之。
20时30分，山本再次补发电令：“炮击摧毁中途岛航空基地的任务23时前由‘伊-168’号潜艇承担，23时后由第七巡洋舰战队承担。”
接到电令的南云认为，司令部发出上述命令源于对敌情的错误估计。之前“筑摩”号二号机提供的信息表明，美军航空兵力占据绝对优势，自己的大部分驱逐舰正守护在几艘受伤航母身边，无法抽身。南云据此判断，如果贸然在夜间向美军靠近，一旦夜战无法进行，第二天白昼来临时，自己只能像蹲在海上的鸭子那样任人宰割了。意识到这种危险的南云最终决定放弃夜战，选择暂时撤退以图来日再战的明智方针，同时尽力挽救尚可依靠自身动力航行的“飞龙”号。南云将上述意图电告山本，“敌军总兵力为航母5艘、巡洋舰6艘及驱逐舰15艘，向西航行。我们正保护‘飞龙’号以18节航速向西北撤退”。
南云的做法彻底激怒了山本。宇垣认为，第一机动部队司令官已被眼前的失败吓昏了头，如此公开违抗命令说明他“根本不想进行夜间战斗”。宇垣清楚美军在太平洋上怎样也凑不出5艘航母，他估计最多只有2艘。当前挽救危局的唯一办法，“是由最高司令部立即发出严厉斥责命令”。山本当即发出电令，除“赤城”号和“飞龙”号及护卫舰只，第一机动部队其余兵力统统交由近藤指挥。半年以来风光无限的南云被战场免职。
此时近藤正从西南疾驰而来，他身边有战列舰2艘、重巡洋舰4艘、轻巡洋舰1艘和驱逐舰7艘，还有轻型航母“瑞凤”号。在近藤南面，田中已抛下登陆船队率1艘轻巡洋舰和8艘驱逐舰匆忙北上与他会合。栗田炮击分队正星夜兼程冲向中途岛。近藤还指望南云的2艘战列舰、2艘重巡洋舰、1艘轻巡洋舰和4艘驱逐舰能与自己合兵一处，为晚上可能发生的夜战助阵。接到山本电令的近藤，立即致电各部：在中途岛西北325公里处会合，“积极东进寻敌，自午夜起发起攻击”。
此时在上午发生激战的海域，日军3艘主力航母已到了弥留之际。中弹仅几分钟，“苍龙”号主机已经停车，舵轮系统无法操纵导致动力全失，消防管路悉数被炸毁。10时40分，“苍龙”号已侧倾在海水之中，舰首到舰尾一片火海，白色浓烟从舰体左舷喷涌而出，机库完全被大火包围。漂亮神气的“苍龙”号短短半小时内变成了一座可怕的焚尸炉。
舰长柳本很快得出了显而易见的结论，“苍龙”号已无可救药。10时45分，绝望的柳本下达了“弃舰”命令，同时扯着嗓子大喊：“所有人全撤下去，一个都不许留下！”舰桥下方那条狭窄的通道挤满了人，他们甚至不得不将手臂高高举过头顶以节约空间，但仍有许多人为躲避机库中到处肆虐的大火不断挤进来，有些人只好站在别人肩上。更多的人直接跳入海中。加上那些先前被爆炸掀进大海的人员，一时间，“苍龙”号周围的海面上人头攒动，“滨风”号和“矶风”号立即靠前奋力打捞幸存者。
之前被爆炸气浪掀入大海的金尾仍死死抓着那根救命绳子，悬在半空进退不得。看到长官如此窘迫，他的一名下属奋力游了过来，帮他将绳子系在腰间。这样虽然可以保证金尾不被淹死，但他的行动因此完全受制于船体。航母仍在剧烈晃动，绳子不断将他从海里拉出来然后猛烈撞向船体，金尾只好借助伤腿来缓冲撞击。
不知道过了多长时间，金尾突然发现舰桥上有人通过窗户朝外张望。他认出那是舰长柳本。在他下一刻再向上望时，那张通红的脸已经不见了。很多幸存者都看到，瘦小的柳本站在舰桥右舷边上向海里的人大声劝诫。在日本海军中，再没人像柳本那样深得水兵喜爱了。他集合舰员训话时，水兵总会提早一小时甚至更长时间赶到现场，以便站在前排能听得更清楚一些——?老酒开会总想坐在后排角落或门口，以便散会时跑得更快或随时溜号——?柳本在官兵中的威信由此可见一斑。不久，这位颇受官兵爱戴的舰长消失在“苍龙”号的熊熊烈火之中。
金尾禁不住为柳本，也为自己的命运悲伤。突然一名船员将绳子系在护栏上迅速爬了过来，他一把抓住金尾，随后两人被一起拉回甲板上。上边有四五十人。几名船员打开了一只箱子，里边装的是桃子罐头。一名水手用刀子打开一瓶递给金尾，“长官，请慢用”。看到金尾仍在犹豫，水手就告诉他罐头有很多，足够所有人吃。饥饿的金尾把罐头喝得连汤都一滴不剩，感觉从未吃过如此美味的东西。
16时55分，南云命令“滨风”号舰长折田常雄，“与‘矶风’号一起为‘苍龙’号护航，同时向西北撤退”。但5分钟后，向第四驱逐舰分队司令官有贺请示的变成了“矶风”号舰长丰岛俊一：“‘苍龙’号已完全失去航行能力，怎么办？”半小时后，有贺命令丰岛“在‘苍龙’号附近待命”，同时询问：“如果火势得以控制，它是否还能航行？”一小时内毫无回音。有贺再次发报给“滨风”号及“加贺”号的护航驱逐舰“舞风”号：“‘加贺’号和‘苍龙’号有无沉没的危险，请回答。”2分钟后，丰岛对第一个问题勉强做出了答复：“靠自身动力航行毫无希望，幸存者均已转至我舰。”
数百名幸存者被救上了“矶风”号。突然上来这么多人，小小驱逐舰随时有倾覆的危险。丰岛只好下令所有人不得随意走动。他的命令明显多余，那些救上来的人，要么筋疲力尽，要么身负重伤，让他们动也动不了。舰上一片凄惨的号哭和呻吟声。不断有人因伤重死去，尸体一具接一具被抬进一个单独的舱室。
18时30分，“筑摩”号发给南云的灯光信号显示那些“该死的美国人”很快要杀过来了。有贺只好给“赤城”号和“苍龙”号的护航驱逐舰发出电报：“各舰要保护自己分管的航母，防止敌军潜艇及特混舰队的袭击。如敌特混舰队攻上来，就采用打了就跑的战术消灭之。”发令时连有贺自己都觉得好笑，让区区2艘驱逐舰与美军庞大的特混舰队交战并消灭之，这不是开玩笑吗？应该是被消灭才更现实吧！况且那2艘舰上装满了幸存者，舰体吃水已到舷边上缘，想跑都不一定跑得了。
在“苍龙”号甲板上，金尾看到一艘军舰正快速靠近。忽然他想到航母前端的防空火炮还能使用，如果来的是敌舰，他们就可以死战到底。他下令所有人进入炮位。但那艘舰上的日本海军军旗逐渐变得清晰起来，原来那是“滨风”号。所有人都挥舞手臂或帽子向驱逐舰欢呼。舰上向他们发出了离舰信号，并示意美军正在接近。金尾带领部下高呼了三声“‘苍龙’号万岁”，之后开始将伤员抬到驱逐舰派出的救生艇上。随后所有活着的人都安全离开。他们身后的“苍龙”号依然浓烟滚滚。
当落日将余晖毫无保留地洒向浩瀚无际的太平洋时，“苍龙”号迎来了它的最后时刻。1架美军“卡塔琳娜”就在炮火射程之外的半空中幸灾乐祸地盘旋，远远跟踪这艘即将沉没的航空母舰。大约19时，“苍龙”号的火势略有减弱，飞行长楠木几登立即组织人员试图登舰做最后努力。楠木等人尚未动身，“飞龙”号上再次发生了一次剧烈的爆炸。有人本能地发出了呼喊：“‘苍龙’号万岁！”听到这一喊声的人也都呼应着叫喊起来。19时13分，“苍龙”号舰首以怪异的方式向上翘起，船尾开始徐徐下沉。海水扑灭舰上的火焰，发出阵阵令人心悸的咝咝声。5分钟后，水下再次发生了一次惊天动地的爆炸。随后海面渐渐恢复宁静，夕阳将空旷的海面映得血红。
“苍龙”号的沉没位置是北纬30度38分、西经179度13分，随它沉没的有1103名船员中的711人，包括爬上舰桥的柳本。事实上，当美军最后1架“无畏式”投弹结束后，已有1/3舰员阵亡。“苍龙”号是日军损失的4艘航母中死亡率最高的。
19时10分前后，最后9架零战燃油耗尽在海上迫降。驱逐舰迅速上前将飞行员救起。统算起来，“飞龙”号战斗机飞行员全部战死，幸存者全部来自“苍龙”号和“加贺”号。以海军航空兵称霸海上的第一机动部队现在完全没有空中保护了。
所幸夜幕即将降临，美军飞机暂时不会来找麻烦了。“夕云”号上，一名日军水兵的话代表了此时大部分人的复杂心情：“舰队的命运取决于时间。我们决心尽最大的努力，但明天的命运只能听从神的安排了。”
与“苍龙”号相比，被命中4弹的“加贺”号同样好不到哪里去。虽然刚开始速度还有可怜的2～3节，但12时50分到13时之间，这艘完全失去动力的航母就停在水面上一动不动了，同时预示着损控的所有希望已经破灭。13时25分，天皇御像紧贴着1名大尉的胸脯被转移到了“萩风”号上。
在数千米之外的海面上，阴魂不散的“鹦鹉螺”号再次升起了潜望镜。布罗克曼少校跟踪这艘航母已近3个小时，他认为它应该是“苍龙”号——?“加贺”号和“苍龙”号舰岛都位于右侧。在少校眼中，虽然这艘受损航母的顶部明显已被摧毁，但它看似“仍平稳地待在海面上，舰体似乎没有受损，大火好像也控制住了，还能看见前甲板上有很多人在忙碌”。航母两侧3000米处各有1艘“巡洋舰”负责警戒——?其实那是驱逐舰“萩风”号和“舞风”号。布罗克曼决定将这艘受伤的航母击沉，免得日本人拖回去修复。13时59分，他从航母尾部、2500米外以125度角向静止的“加贺”号射出了4条鱼雷。美军mk14型鱼雷有“哑弹之王”的“美誉”，这次果真不例外。第一条鱼雷并未射出，另两条严重跑偏，分别从舰首和舰尾一掠而过，剩下那条在水中划出一道雪白的航迹，直奔航母而去。
损控指挥官国贞义雄正组织人员抢险，不经意间看到了正不断逼近的鱼雷，那情景简直恐怖极了。偏偏“加贺”号毫无机动能力，只能眼睁睁地等着挨炸。惊恐万状的国贞向周围的人发出狂呼，让大家尽快跳海逃命，同时他也纵身跳了下去。所有人都发疯似的游离“加贺”号，以免被即将到来的爆炸波及。那条鱼雷虽准确命中舰体中部，却断成两截，并未爆炸。鱼雷弹头迅速沉入水中，带着气仓的中央和尾部连在一起在水上晃荡，滑稽极了。附近水面挣扎的几名水兵见此情景，又惊又喜，立即游上去抓住了这只上天恩赐的“救生筏”，一人甚至翻身上去骑在上边。看见同伴把美军鱼雷当马骑，旁边的落水者禁不住哈哈大笑，暂时忘却了眼前的烦恼。这些人似乎觉得此时是不该笑的，但仍忍不住笑出声来。
布罗克曼认为自己发射的鱼雷全部命中了目标，因为航母“从舰首到中部都燃起了红色大火，许多人正从上边跳下”。实际上，“加贺”号伤势不断加重并非“鹦鹉螺”号的功劳，它依然倔强地浮在水面上。
美军潜艇立即遭到日驱逐舰的攻击。14时10分，岩上次一指挥“萩风”号气势汹汹地冲了过来，布罗克曼迅速掉头下潜至60米处。14时22分，“萩风”号一口气投下了11颗深水炸弹。但炸弹下沉深度不够，爆炸位置大都位于潜艇上方，只有一些小碎片崩到潜艇里造成几处轻微的渗漏。岩上在14时31分再次发起攻击，这次炸弹离潜艇更远，毫无效果。见此情景，中杉清治指挥“舞风”号前来帮忙。接下来的2个小时，2艘驱逐舰投下的42颗深水炸弹让布罗克曼痛不欲生。但他最终仍侥幸逃脱。大家为一天的辛勤努力换来击沉1艘敌军航母的战绩感到由衷的高兴。虽然他们的不懈努力并未得到应有回报，但布罗克曼和兄弟们也真是尽力了。
跳入水中的国贞看到了不远处的通信官小田。小田腿部严重受伤，血流不止，一只手还高高举着一大摞电报纸。国贞被小田忠于职守的精神打动，劝小田把那些该死的电报扔掉，先保住命再说。有了长官的指示，小田才如释重负地把那些废纸丢弃在海里。两人找到一块浮木紧紧抓住，一直到16时才被“萩风”号救起。同时被救起的还有鱼雷机小队长吉野晴夫，他参与了凌晨的搜索行动。吉野在舰上邂逅了同在海军服役的一位亲戚。亲戚的出现让他颇为尴尬，因为日军战败了，而他仍然活着。耻辱让吉野拒绝接受亲戚拿来的干衣服，并再三叮嘱不要把自己的可耻行为告诉家人。
事实上，即使没有“鹦鹉螺”号的打诨插科，“加贺”号同样无可救药。尽管飞行长天谷率消防人员与不断蔓延的烈火搏斗，形势还是变得越来越无法挽救。库存弹药和鱼雷被接连诱爆，惊天动地的爆炸声此起彼伏。巨大的气浪把人和几十吨重的航母构件像火柴杆一样抛入大海。钢筋因长时间燃烧变得通红，在压力作用下逐渐崩碎。天谷决定将甲板下边的机械工救出来，但传令兵为大火所阻，无法下去。肯定有人擅自离岗，323名机械工只有213名死亡，其中包括机械长内海八郎。很多人要么在之前已经死了，要么在逃跑无望后被困在下边。大火烧进去，他们的最终命运可想而知。
因舰长、副舰长等高级军官均已死亡，做出弃舰决定的尴尬任务戏剧性地落在天谷头上。天谷觉得那些飞行员在舰上不但帮不上忙，反倒成了累赘。他同时觉得富有实战经验的航空兵是海军最宝贵的财富，于是下令飞行员和地勤人员迅速离舰。他自己并没离开，作为舰上的最高指挥官，他必须对航母的命运负责。天谷想到了自杀，如果选择一死了之，自己对“加贺”号的责任会被一笔勾销，家人也会因此得到荣誉和优待。16时40分，天谷断然下达了“弃舰”命令。
很多人纵身跳入了大海，只有俯冲轰炸机分队长小川正一例外。他在“加贺”号中弹时严重受伤，从这样高的地方跳下去必死无疑。小川微笑着催促天谷和其他人尽快离舰。天谷最终没有自杀，而是选择离开，最后他和小川拥抱告别，带着几名飞行员跳下海去。从海面上，他们回头，依然可以看见小川趴在栏杆上向大家挥手致意，呼喊着给他们加油。所有人眼睁睁看着小川倒了下去，以后再也没人见到过他。
天谷看到了离他不远处的军需长松川健。松川显然已筋疲力尽，但现在所有人都自身难保，无法提供及时援助。松川对身边漂浮的人说“我不行了”，然后慢慢没入海中。最后他的一只手在空中抓了几把，完全从海面上消失。
17时15分，“萩风”号电告有贺：“天皇御像已安全移至我舰，因水兵们接到了弃舰命令，我舰已将他们全部收容。”报告显然很不准确，舰上有800余人或已死亡，或被烈火封在甲板下无法出来。17时50分，“舞风”号再次电告南云；“‘加贺’号已无法行动，幸存者均被接上我舰。”南云随即向“大和”号上的山本和宇垣做了报告。
18时，成功脱离险境的“鹦鹉螺”号再次升起了潜望镜。布罗克曼发现被他攻击过的那艘航母上浓烟滚滚，黑色烟柱高达300多米。19时整，三屋看见“加贺”号上连续发生了2次爆炸，巨大的舰体似乎要跃出水面，接着开始慢慢下沉，但舰体始终保持平稳。“舞风”号舰长中杉清治回忆说，“看到如此巨大的战舰沉没是一种可怕的场景，但它是为战而死，高贵地逝去”。19时25分，海水淹没了前端飞行甲板，“加贺”号带着800名水兵沉入北纬30度20分、西经179度17分，深5000米的冰冷海底，海面上只留下无数泡沫和漂浮的残骸。驱逐舰上的天谷哽咽着低下了头，为自己未能自杀殉舰而羞愧：“我原本应当和它一起死去的。”
1999年9月，美国海军海洋测量局和一家水下勘探公司联合宣布，在中途岛外海发现了“加贺”号的部分残骸，包括两座防空炮台及一部分飞行甲板等，但航母的主舰体至今仍未发现。
在中弹后相当长一段时间里，“飞龙”号显然还未到不可收拾的地步。21时，“卷云”号舰长藤田勇报告南云：“‘飞龙’号航速仍达28节。”但因舰桥难以立足无法驾驶，“飞龙”号最终在21时23分停了下来。“风云”号、“卷云”号和“谷风”号冒着巨大危险靠上前去，用水管向航母泼水灭火。21时30分，“夕云”号驶向“筑摩”号，让后者传来更长的水管。机库积水导致“飞龙”号左倾超过15度，连“卷云”号的桅杆都被撞断。伤员开始向驱逐舰转移，飞行员加藤觉在早上攻岛时腿部受伤，实在找不到合适地方，军医在一个洗澡间为他进行了截肢手术。
到午夜时分，“飞龙”号已没有任何希望了。虽然火势一度得到控制，但23时58分，航母上再次发生了一次剧烈诱爆，连舰桥外的悬吊弹盾都着了火。山口、加来和副舰长庚隆史、飞行长川口益及一众参谋只好撤离舰桥来到了飞行甲板上。
所有活着的人都聚到了未被大火占领的飞行甲板左后部，“飞龙”号已无可挽救。工程参谋久间武雄向首席参谋伊藤清六建议，无论如何也要把山口转移到安全之地，必要时可以使用武力。伊藤并不赞同，“你就是将他硬拖下去，我敢肯定这位意志坚定的将军以后还会自杀。他已决心与航母共存亡，让他做自己想做的事才是正确的方式”。
尽管平时御下极严，但所有下属都愿与山口同生共死。大家一致推举伊藤将众人的心愿转告司令官。山口坚决反对：“诸位愿陪我一同为国捐躯的美意令我不胜感动，甚感欣慰。但你们年轻人必须离舰，这是我的命令。”加来提出自己作为舰长，已决意与舰同沉，恳求山口尽快离舰，山口笑着摇头拒绝。皎洁的月光照在残破的甲板上，两位指挥官就要跟部下诀别了。
5日2时30分，加来下令“弃舰”。20分钟后，两人向舰上约800名水兵发表了诀别讲话。先发言的加来鼓励所有将士今后继续为天皇战斗，相信他们一定会成为日益强大的日本海军之中流砥柱。随后矮个子的山口站在了一个铁饼干盒上，发表了慷慨激昂的告别演说。他讲话的大意是：身为第二航空战队司令官，他对“飞龙”号和“苍龙”号的损失负全部责任。“我将与舰共存亡。现在我命令你们全体离舰，继续为天皇陛下的伟大事业效忠。”全体人员转向东京方向，由山口领头三呼“天皇万岁”。军乐队奏响了悲哀的军号，船员齐声唱起《君之代》，山口的将旗和“飞龙”号的战旗在歌声中徐徐落下。
仪式结束之后，伊藤根据久马的建议向山口索要一件纪念品。山口摘下黑色军帽递给了他，接着与加来一起同参谋作诀别之饮。大家喝的是从驱逐舰上送上来的一小桶水。山口转身告诉加来：“今晚月色如此皎洁，你我一同仰月沉水如何？”
“确实看起来非常明亮，”加来表示赞同，“这应该是第二十一天的月亮吧？”
军需官提醒加来，保险柜里还放着不少日元，请示如何处置。加来告诉他：“就放在那里吧，我们在穿过冥河时可能需要它们。”山口大笑着接过了话头：“说得对呀，我们需要用它们在阴间美美饱餐一顿！”
伊藤问司令官还有什么遗言，山口沉吟片刻后说：“是的，我还有两句话。请你转告南云将军，对今天发生的一切我没有任何抱歉之语。我只希望日本海军越来越强大，并且能报今日之仇。”山口最后一句话显然是带给第十驱逐舰分队司令官阿部俊雄的，“用鱼雷击沉‘飞龙’号吧。”
5日3时15分，加来下令全体离舰。首先登上“卷云”号的是一位身强力壮的大尉，他的胸前紧紧贴着天皇御像。撤离工作进行得有条不紊。一直到4时30分，伊藤和久马才最后离开。他们顺着挂在左舷的一根绳索攀缘而下，随后上了一只小艇。久马忍不住回头去看，依稀看到山口和加来站在那里向他们挥手。此刻，他彻底失去了冷静，眼泪哗啦啦流淌下来。从1940年12月起，久马就一直跟着山口，在他身边工作的时间最长。“长期以来我一直很崇拜他，我至今仍然认为他是我一生中遇到的最伟大的男人。”
作为山口的同学，一向自视甚高的宇垣在6月6日的日记里写道：“他的确是一位有远见的人。他能体谅别人，为人忠厚，行动果断。他向上司很有力地提出的积极建议，对作战的胜利贡献很大。在这方面他比其他司令官更为突出，由此赢得了一个高尚的地位。”当山口的死讯传到北方时，第二机动部队司令官角田为此痛苦不已，他同样对山口颂扬备至。角田坦诚地向奥宫吐露了心声：“山口将军要是能担任机动部队司令长官该有多好，我情愿在他的手下工作！”要知道，山口不但比角田小一岁，从“海兵”毕业也晚了一年。作为对手，美国人对山口同样评价颇高。在总结中途岛海战的战绩时，他们将日军损失山口这样有魄力的海军将领视为一项重大战果。
5日5时10分，太阳从海平面上徐徐升起，“卷云”号准备执行山口的最后命令。驱逐舰左舷的鱼雷进入了发射状态，甲板上的水兵紧紧抓住栏杆，默默抽泣，很多人甚至哭出了声。第一条鱼雷因发射太深未能命中，舰长藤田勇绕到右舷又发射了一条。剧烈的爆炸将航母舰首抬出了水面。断定航母铁定沉没的藤田掉头返航，那边阿部正召唤他呢。
如果要在日军中找一个类似美军格雷那样的人，这个人无疑正是藤田勇。就在“卷云”号转身离去之时，“飞龙”号甲板上忽然蹿出一大群人，向正在离去的驱逐舰挥舞手臂和帽子。因担心天亮之后遭到美军空袭，藤田勇相当冷酷地决定将那些新出现的活人留在那里，事实上他完全有时间派小艇将他们接走。
藤田勇的判断绝对有误，顽强的“飞龙”号依然停在海面上，迟迟不肯入水。7时30分，宇垣致电阿部：“‘飞龙’号是否已经沉没？希报告事态发展情况及该舰具体位置。”南云闻讯，立即派“长良”号的一架水上飞机前往查明。飞机到达指定海域上空，看到的是一片汪洋大海。真实情况并非如此。
日军千方百计欲保全的莫过于“赤城”号了，这艘第一航空舰队的旗舰可以说是日本海军航空兵的象征。虽然仅中了1颗炸弹，但随后产生的一系列诱爆彻底毁掉了这艘航母。南云和草鹿离开后不久，11时30分，青木就下令所有伤员和飞行员撤离。5分钟后，机库中的鱼雷和炸弹接连爆炸，导致火势更加猛烈。青木和参谋之前被大火逼出舰桥，已退到了飞行甲板前部，现在又不得不转移到前锚机甲板。
12时03分，“赤城”号突然向右转动，这一莫名其妙的转圈救了藤田恰与藏的命。浮在水面许久的藤田恰与藏发现一根巨大的烟柱逐渐接近，最后变成了一艘航母，他认出那是“赤城”号。当航母距他大约2公里时，藤田开始奋力朝它和护航驱逐舰游去。“野分”号的一挺机枪瞄准了他，藤田立即打手势示意是自己人。“野分”号副舰长青木广一和领航主任金井敏郎都是藤田“海兵”的同学，他们认出在水上挣扎的老熟人并将他拉上了驱逐舰。藤田换上今井拿来的干衣服后吃了点东西，严重的体力透支使他很快坐在甲板上睡着了。
13时38分，绝望的青木下令将天皇御像转移到“野分”号上。毫无疑问，它依然紧贴在某一位不知名军官的胸膛上。13时45分，青木向山本和南云报告“赤城”号火势依然很猛。15时45分，机库里再次发生了一次殉爆，前机库隔板被彻底炸穿，熊熊大火开始朝甲板前段和中段蔓延。到19时15分，一切希望都成了泡影。轮机长冒着烟雾和烈火冲上甲板报告青木，“航母靠自身动力航行已无任何指望”。青木当即下令轮机舱内的人统统撤出来，但显然已经太晚了，派出的传令兵一去不返，轮机人员全被封死在下面。经请示南云批准，青木下令所有幸存者撤离。两小时后，包括青木在内的约500人挤上了“岚”号，另有200人上了“野分”号。
青木从驱逐舰上致电南云，请求批准将“赤城”号击沉。“大和”号上的山本和宇垣截听到这份电报后震惊异常。主力舰队正快速东进寻敌夜战，此时放弃“赤城”号为时尚早。22点25分，山本电令南云，“暂缓处置‘赤城’号”。这一命令隐含着对青木的责备，于是他独自返回航母，回到尚未被大火波及的抛锚甲板，把自己绑在起锚绞盘上等死。
夜色无情吞噬了太平洋，山本和宇垣在焦急中等待近藤与美军接触的消息。直到午夜，前方再无新消息传来，日本人欲通过夜战挽回败局的希望越来越渺茫。23时30分，离日出只有4小时了。宇垣推断说，“在黎明之前与敌人进行水面夜战希望不大，”同时提出警告，“不要让参加夜战的部队走得太远，否则黎明之后局势更加难以控制。”
众参谋在海图上比画了一番，揭示了另一事实：肯定将在黎明之后才能抵达中途岛的栗田炮击舰队，势必在第二天上午暴露在美军航空兵的打击之下。5日零时20分，山本下令致电栗田：取消炮击计划，以最快速度返航向主力靠拢。司令部内乱作一团，无人想到要将上述命令传达给同样执行炮击任务的“伊-168”号潜艇。
渡边随即提出一个新见解：让主力战列舰于5日在光天化日之下冲向中途岛，利用威力强大的巨炮对该岛实施轰击，黑岛立即表示赞同。两人兴奋地把这一计划向山本和宇垣做了汇报。听完渡边的解释，山本和颜悦色地告诉这位他最亲近的参谋：“你肯定在海军参谋学院学习过。综观海军历史，用海军舰艇攻击地面部队是极端愚蠢的。”渡边尴尬地低下了头：“是的，长官，我知道。”
山本接着说：“你的计划违背了海军最基本的准则。现在进行这样的作战为时已晚。本次作战已接近尾声。在下棋时，过多拼杀只会导致满盘皆输，最后输得一干二净。”
宇垣显然没山本那么克制，他大声训斥两人的主意简直是“老妇之见”：“这完全是个没有经过大脑的愚蠢计划。你们应该明白，用舰队火炮进攻陆上堡垒是多么荒唐。眼下敌人不仅舰载机实力依然雄厚，还有相当强大的陆基航空兵力，占有岛上完好无损的机场。即使是威力强大的战列舰，也可能在发动有效炮击之前就被敌人的空中力量和潜艇击败。”
可能以前老不得宠，受压抑惯了，逮住机会的宇垣得理不饶人：“如果情况允许，等角田部队到达后，我们还能发起一次攻势。即便最终不能发动攻势只好认输的话，我们还没有输掉整个战争。虽然损失了4艘航母，但我们依然将有8艘。在今后的战斗中，我们还是大有希望的。”他转头以尖刻的语气告诉黑岛和渡边，“一盘棋败局已定，还一再逞强硬拼，只有毫无头脑的笨蛋才会做出这样的计划。”
宇垣终于发威，一向受宠的黑岛和渡边被训得哑口无言，只好躲一边反省去了。渡边明显觉得山本认为局势已无可挽回，现在最明智的选择就是退却。他匆忙起草了一份中止战斗、安排会合地点的电文，在措辞上居然避免了“撤退”一词。山本随即予以批准。5日2时55分，“大和”号向参战各部下达了联合舰队第161号命令：
一、撤销攻占中途岛计划。
二、主力舰队负责集合近藤、南云部队（缺“飞龙”号及护航舰只），于6月7日上午在北纬33度、东经170度位置加油。
三、登陆船队向西行驶，脱离中途岛美军陆基飞机的攻击范围。
电文中并未提及对“赤城”号的处置。作战室里，山本召集众参谋认真讨论了这一问题。是同意青木的意见将之击沉，还是冒再打一仗的风险冲进去把它拖走？黑岛据理力争说，如果轻易放弃“赤城”号，美国人会把它“拖到旧金山去展览”。黑岛再次痛哭失声，哽咽着说：“我们怎能用天皇陛下的鱼雷，来击沉天皇陛下的战舰啊？！”众参谋个个泪流满面，连气都喘不上来。在这个无比漫长的夜晚，众精英参谋的情绪已到了崩溃的边缘。
宇垣也忍不住落了泪。但他意识到，“感情归感情，理智是理智”，现在不应再让其他军舰冒不必要的危险去护卫它，将之击沉总比落在敌人手中要好。宇垣不敢轻易开口，但他相信山本一定能做出理智的决定。
渡边认为，“司令官心里肯定也在哭，但他眼里没有泪水”，现在只有山本才能做出最后的决定。沉吟良久，山本终于开了口，语调缓慢而沉重：“我曾担任过‘赤城”号舰长，但现在，我必须下令将它击沉。对此我心中万分遗憾。下令向‘赤城’号发射鱼雷。”
宇垣明显赞成山本的做法，后来他在日记中如此写道：“绝不能把感情与理智混为一谈。”但不是所有人都赞成他的观点，不知是谁——?这人显然不敢面对山本——?哪壶不开提哪壶地质问宇垣：“我们如何就此次失败向天皇陛下谢罪？”“交给我，”山本一字一顿接过了话头，“向天皇陛下谢罪的只有我山本一人。”
尽管不太赞同山本力主的中途岛作战，但本次战役毕竟事关国家的生死存亡，此刻东京军令部作战室里，总长永野、次长伊藤、作战部长福留、作战课长富冈等大腕正襟危坐，神情肃穆。前方接连传来的坏消息令现场气氛几近窒息。收到“飞龙”号起火的噩耗，大家普遍认为本次作战失败已成定局。南云损失了全部4艘最好的航空母舰，而美军中途岛陆基航空兵并未被完全歼灭，至少还有1～2艘完好无损的航母。这种情况下，东京的战略家认为继续战斗下去无疑是愚蠢的。
永野最担心的还不是眼下的损失，他担心山本为挽回败局，用全部兵力孤注一掷去跟美军占压倒优势的航空兵力死拼。鉴于山本的倔强个性和巨大威望，永野并未贸然对前线作战做出干预。后来富冈回忆说：“虽然当时大家都非常担心，但一直沉默地注视着战局的发展，没有发出任何命令或建议，完全听任山本大将自行指挥作战。”当前方传来联合舰队全线撤退的消息，永野等人终于松了一口气。
此时最伤心的莫过三代。为反对中途岛作战他曾痛哭流涕，现在那可怕的预言终于成了现实。从这时起，三代知道日本已经输掉了整个战争。飞行员出身的他明白损失那么多航母、飞机和飞行员最终意味着什么。
5日零时30分，青木已在“赤城”号绑了快2个小时。增田非常担心，他让“岚”号放下1艘小艇，自己与航海长三浦义四郎再次登舰，敦劝青木放弃与舰共存亡的决心。三浦劝诫舰长：航母最终将由自己的鱼雷击沉，而不是被敌人击沉，舰长无须为此做出不必要的牺牲。青木不予认可。随后，资历比青木深的有贺登舰，严令青木必须即刻离舰，青木才半推半就同意撤离。随后，众人安全转移到驱逐舰上。对青木来说，还不如当时死了好，作为唯一生还的舰长，青木回国不久就被打入预备役，耻辱、愧疚和自责将陪伴他度过余生。
5日4时50分，有贺接到了南云转来的击沉“赤城”号的命令。拂晓前的海面上，大雾中的“赤城”号隐约可见。有贺率“岚”号、“野分”号、“萩风”号、“舞风”号以12节航速从船尾向前绕过“赤城”号，像一队执枪行刑的士兵。4舰各自向航母发射1条鱼雷，之后在舰首处集合。剧烈爆炸在右舷激起了冲天水柱。驱逐舰的栏杆处挤满了泪流满面的幸存水兵，目睹“赤城”号低下高傲的头向大海屈服。5时20分，航母舰尾高高竖起，指向空中，“舞风”号舰长中杉回忆说，它的沉没“就像是被一只巨大的手拉入海中”。众人一起高呼：“万岁！‘赤城’号万岁！”开战以来横行霸道的南云旗舰，终于缓缓消失在北纬30度30分、西经179度08分的海面上，267名水兵随舰陪葬。海面上泛起的无数泡沫证明了它的逝去。
“野分”号舰长古闲孙太郎回忆起当时的一幕，当他用强大的氧气鱼雷射击自己的航母时是多么痛心。“赤城”号竟成了他战争中射击的第一个目标。“三大祥瑞”之一“野分”号从此一发而不可收，继续“发扬传统”击沉友舰无数，最终荣膺“补枪王”的称号。
从截获的往来电文中，细萱已知晓南云第一机动部队遭遇重大挫折的消息。与参谋长中泽佑商议之后，细萱于5日8时致电“大和”号：“从全局出发，建议暂时终止阿留申作战，将全部力量集中于中途岛方向。”最后细萱指出，截至目前，只有角田暴露了行踪，他和高须均未被美军发现。
中途岛之战注定已经失败，北方部队再空手而归，归国后如何向天皇和民众交代？宇垣适时提出建议，适当增强北方实力，阿留申作战按原计划照常进行，务求必胜，以挽回最后一点面子。对此，山本表示赞同。中午前后，细萱收到宇垣的电报，要给北方部队再增加部分舰只，同时询问作战能否按计划进行。细萱立即心领神会，这正是他求之不得的事情。原来的主战场从中途岛移到了阿留申，这是之前捞不到仗打的第五舰队建功立业的绝佳机会。细萱和中泽简单沟通后迅疾回电：“在得到部分增援后，攻略作战可顺利进行。”
细萱将之前的计划做了一个微小变动，取消了在阿达克岛登陆的计划。因为新发现的美军沃特角机场距那里只有650公里，处于美军陆基战机的打击范围之内。他电令在阿达克岛西南415公里处的大森仙太郎，率攻略部队回师攻占阿图岛。
既然主战场已经北移，第二机动部队南下已毫无意义。山本于6日12时59分同时电令角田、细萱和高须：“第二机动部队交还北方部队。”
山本预料由于取消中途岛作战，美国人会誓死保卫阿留申。当天23时20分，他向北方部队调去了“金刚”号、“比叡”号战列舰，“利根”号和“筑摩”号重巡洋舰，轻型航母“瑞凤”号也受命前往北方补充角田的攻击力量，同时前往阿留申的还有“神川丸”号水上飞机母舰及第二潜艇战队、第十三潜艇分队的14艘潜艇。山本希望北方作战能够创造歼敌机会，用宇垣的话就是“联合舰队希望有机会能报中途岛一箭之仇”。
在华盛顿，美国海军部已被谨慎地守卫起来了。6月5日上午发布的最新消息表明，太平洋上正在进行一场事关国家命运的大海战，形势对美国人似乎有利。金上将始终关注着战局进展。尽管日军在中途岛遭遇挫折，但他们的战略意图依然不明。金猜测日军第二个航母打击群可能已离开阿留申群岛，“我认为该部队的一部分或者全部极有可能在4日夜或5日晨离开了北方区域，去西南与中途岛撤退的部队——可能还包含联合舰队其他部分——会合”。金的意见遭到西北海疆司令查尔斯·弗里曼少将的反对，他认为北方战局在持续恶化，日本人采取了令人头疼的“猫戏老鼠”战术，“在发动全面进攻前就已使我军疲于奔命”。既然中途岛大局已定，金当然应该迅速增援“即将陷入绝境的阿拉斯加”。
金随后果真改变了主意，要求尼米兹考虑派出“萨拉托加”号或一支强大的特混舰队前往北方，应对那里即将出现的威胁。
4日10时50分，通信参谋田雄四郎旋风一般冲进了“大和”号作战室，发布了一条令人震耳欲聋的消息：“‘赤城’号、‘加贺’号、‘苍龙’号遭敌陆基飞机和舰载机攻击后起火，拟以‘飞龙’号迎战敌航空母舰。”电报是阿部弘毅从“利根”号上发过来的。在此后的3天里，焦头烂额的宇垣再也没有闲情逸致去记他的《战藻录》了。6月7日，他在续写的日记里如此形容当时的情形，“这份令人伤心的报告，使作战指挥室里顿时蒙上了一层浓厚的阴云”。
突如其来的噩耗如晴天霹雳，震得所有人目瞪口呆。山本看上去还算冷静，他那因胃部疼痛稍显苍白的脸只是微微战栗了一下。原来的乐观气氛一扫而空，作战室里空气凝重得几乎令人窒息。开战以来，南云机动部队一路凯歌高奏，捷报频传。对此次由南云担任开路先锋、山本亲自坐镇中军的中途岛之战，没人对最终结果有过一丝怀疑。尽管有着如此自负，但包括山本在内的所有人都清楚，想取得前辈东乡对马海战那样的战绩显然是不可能的——?今天主场作战的美国人绝非当年劳师远征的俄国第二太平洋舰队那样的软柿子。大家不敢奢望胜利之后所有舰船都完好无损，损失1艘航母当属正常，损失2艘虽说是严重的挫折，但勉强可以接受。现在一下子就损失3艘，完全出乎所有人的预料。
此时，山本在广阔战线上多路推进的战略立即暴露出致命缺陷。他的几支部队相距太远，短时间内无法聚拢形成拳头。此时主力舰队位于南云西北550公里，近藤在南云西南650公里。尽管2支部队有相当可观的水面战力，但各只有1艘轻型航母，用于自保尚嫌不足，更不用说与美军重型航母对抗了。目前只有角田第二机动部队的“龙骧”号和“隼鹰”号可以提供有效空中支援，它们拥有的舰载机超过了60架。角田远在3000公里外的荷兰港附近，即使接到命令立即南下驰援，最少要3天才能赶到核心战场。在此期间，山本只能指望众多水面舰艇能有机会靠近美军航母实施贴身肉搏，靠大口径舰炮和鱼雷攻击对方。
虽然前景暗淡，但眼下就认输为时尚早。日军还拥有“飞龙”号，指挥它的又是有勇有谋、敢打敢拼的山口，当前线传来山口已派出攻击机群的消息时，大家都希望奇迹能够出现，心中默默为山口和“飞龙”号这根救命稻草祈祷。
众参谋中最激动的当属为中途岛之战呕心沥血的黑岛。完全失去理智的首席参谋目眦欲裂，时而痛哭流涕，时而以双手猛击桌子，举止癫狂。黑岛提出，调角田第二机动部队迅速南下，为遭受重大损失的第一机动部队输入新鲜血液。撤销部署于夏威夷和中途岛之间的潜艇警戒线，所有潜艇快速转向西北奔赴作战区域，同时用战列舰将几艘受伤航母全部拖回去——原来让这些“主力舰”跑大老远就为了干这种事！
但这毕竟是一群训练有素的职业军人。在随后一小时里，山本和参谋们逐渐从之前的沉重打击中恢复过来。对费尽九牛二虎之力方争取到的中途岛作战，山本当然不肯以如此局面草草收场。目前最大问题是南云的飞行甲板严重不足，如果角田能够把“龙骧”号和“隼鹰”号迅速向南开进战场，挽回不利局面尚有可能。在召集角田部队的同时，必须尽快组织起尽可能多的水面战斗力量。12时20分，山本向包括阿留申作战各部队下达了联合舰队第155号作战命令：
一、12时整，主力舰队位于北纬35度08分、西经171度05分，航向120度，航速20节。
二、补给船队暂时脱离主力舰队，山本将亲率主力舰队快速驰援南云。
三、田中登陆船队暂向西北方向避让，近藤部队以最快速度与南云会合。
四、第二机动部队迅速南下，前往增援第一机动部队。
五、第三和第五潜艇战队迅速前出至西经168度、北纬26度～36度间展开。
随后不久，山本又命令田中船队不要跑得太远，在中途岛以西920公里处待机。一旦战局出现有利变化，则立即掉头东进攻占中途岛。
南云于13时接到了命令，他对美军的情况始终处于懵懂状态。从下午到晚上，各侦察机的报告如雪片一般飞来，很多自相矛盾且漏洞百出。但有2份报告对南云对局势的判断起到了关键作用，分别是“筑摩”号岳琦的报告以及“岚”号审问美军飞行员的供词，后者于13时30分通过第四驱逐舰战队司令官有贺幸作同时发给了山本、南云、近藤和小松。美国人的确有3艘航母，这一消息让南云试图在昼间利用水面舰艇翻盘的希望彻底破灭。如此规模的航空兵力，足以在日军舰艇接近至炮击距离前将其彻底粉碎。但从上述情报可以看出，美军舰队中没有战列舰，护航舰队全是轻型舰艇，这对南云无疑是一个好消息。
“大和”号上，山本的精英参谋仍在竭尽全力试图挽回败局。除美军航母，下一步登陆作战还必须面临中途岛陆基航空力量的威胁。有人提出，这一问题可以用舰炮来解决。如果近藤能够派出重型舰只于当晚炮轰中途岛，那5日早上，他们就只需集中力量对付美军航空母舰。13时10分，山本再次下达了第156号作战命令：
一、集中所有兵力，消灭敌军舰队。
二、近藤部队抽调部分力量炮击中途岛，摧毁敌军航空基地。
三、暂缓占领中途岛及基斯卡岛。
黑岛建议，对美军实施夜间攻击以弥补损失。日本海军以擅长夜战著称，此时双方距离也使5日晚上的夜战成为可能，前提是美国人西进或停在原地不跑。如果山口和“飞龙”号能创造奇迹极大削弱美军航空兵力，战局也许尚能维持。在向各部发出作战命令的同时，主力舰队开足马力冲破重重浓雾向战场驶去。
接令之后，近藤将夜间炮击中途岛的艰巨任务交给了栗田健男的近距离支援部队。既然登陆船队暂时退却，田中也就不再需要栗田的“近距离支援”了。近藤还想把战列舰“金刚”号和“比叡”号同时配属给栗田，但这2艘舰距中途岛尚远，5日日出之前不可能赶到中途岛。思忖再三的近藤只好作罢。
接到近藤命令的栗田于15时率第六巡洋舰战队“熊野”号、“铃谷”号、“三隈”号、“最上”号及第八驱逐舰分队“朝潮”号、“荒潮”号全速向中途岛发起冲刺。即使这几艘巡洋舰的航速为日本海军之冠，但在5日黎明之前赶到中途岛依然希望不大。况且在实施炮击之后，栗田还必须在光天化日之下撤出战斗。毫无空中保护的舰队势必遭到中途岛陆基航空兵和航母舰载机的双重追杀。但是军令如山，作战命令必须执行，栗田只好怀着悲壮的心情向东急驶。按说驱逐舰速度已够快了，但依然赶不上那4艘以35节高速行驶的巡洋舰。到23时，它们已完全消失在巡洋舰的视野之中。栗田下令各舰做好最坏打算，一旦炮击失败，就组织水兵敢死队上岸实施爆破。
“大和”号作战室里群情激愤，只有宇垣尚保持着难得的冷静。他对这项希望渺茫且充满危机的冒险行动忧心忡忡。但既然山本已下达命令，宇垣作为参谋长也不好再说什么。最后这项行动还是被取消了，可决策明显慢了不止半拍，最终酿成了“三隈”号的惨剧。
噩耗很快接踵而至。17时30分，山本和近藤同时收到了南云发来的电报：“‘飞龙’号中弹起火。”步南云后尘，被寄予厚望的山口也在美国人面前铩羽而归，作战室内举座皆惊。“犹如当头一棒，”宇垣对此悲痛地说，“在这仅存的一艘航母身上寄托着我们的全部希望。它单枪匹马、英勇奋战，重创2艘敌军航母，最后不幸罹难，我的天哪！”宇垣与山口是“海兵”的同班同学，私人关系非同一般，都对南云缺乏好感。山口经常向宇垣发牢骚，认为南云和草鹿缺乏魄力。作为上级，宇垣对这种行为非但不加制止，反倒怂恿山口越过南云直接向上级汇报。现在连自己最信得过的山口也遭遇败绩，怎能不让宇垣痛彻心扉？
在主战场发生诸多戏剧性事件的同时，北边阿留申前线也没有闲着。4日下午，角田派出11架俯冲轰炸机、6架鱼雷机和15架战斗机再次空袭荷兰港。飞行员在目标上空遇上了晴朗天气，空袭炸毁了美国人4只油罐、“西北”号营房船、正在修建的一个机库以及医院一角。在飞往会合点途中，“隼鹰”号机群在奥特角机场上空与美军8架p-40战斗机狭路相逢。在随后爆发的空战中，日军损失战斗机1架、轰炸机2架，另有2架轰炸机因伤势过重在海上坠毁。
美国人并非只守不攻。就在角田派出战机空袭荷兰港的同时，他们的行踪同样被美军1架“卡塔琳娜”发现。西奥博尔德立即派出陆军b-26和b-17前往攻击第二机动部队，不但未获任何战果，反而损失两种飞机各一架。看来美国陆军轰炸机想在攻舰方面有所作为还需假以时日。
4日下午，细萱从“大和”号上收到的电报时断时续。参谋长中泽佑判断南方战场可能出了问题，“综合得到的信息，得到的印象是第一机动部队可能遭到了意想不到的重创，不禁为此感到万分担忧”。
空袭荷兰港的机群刚刚出发，角田就接到“大和”号发来的命令，“第二机动部队迅速南下与南云会合”。随后又有新命令传来，对中途岛和基斯卡岛的登陆延期实施。于是角田在回收攻击机群后掉头南下，前往与南云第一机动部队会合。
4日18时对美军来说是一个重要转折点，他们开始从寻求胜利转向扩大战果。弗莱彻的首要问题是妥善处理已被打成半身不遂的“约克城”号。在留下“休斯”号暂时看护“约克城”号之后，弗莱彻率剩余舰只逐渐向斯普鲁恩斯靠拢。留在原地很可能与日军发生水面夜战，6艘驱逐舰上挤满了航母幸存人员，水面战斗对美军无疑是非常不利的。
虽然之前并未就此沟通过，但在不与日军进行水面夜间战斗这点上，斯普鲁恩斯和弗莱彻可谓不谋而合。对日军无线电情报的分析提供了以下明显迹象：一支庞大的舰队正从西北方向快速驶来，西南方向也出现了不断逼近的另一支舰队，曾经袭击荷兰港的那支日军航母舰队可能也正从北方挤压过来。中途岛以西海域刹那间剑拔弩张、风声鹤唳。
如果舰队继续西进，斯普鲁恩斯判断自己很可能与日军占绝对优势的水面舰艇迎头相遇。即使雷达使他拥有夜间更明亮的眼睛，但他不敢断定自己能在日本人擅长的夜战中占得上风，夜间追逐南云已遭重大打击的舰队可能使他和弗莱彻白天赢得的胜利前功尽弃。之前的交战已使战场形势明显有利于自己，但美军也为此付出了惨痛代价。此时尚能作战的飞机包括65架俯冲轰炸机、54架战斗机和区区3架鱼雷机。“约克城”号毫无战力且已成为累赘。美国人缺乏足够的护航驱逐舰，它们的油料已处于警戒状态。根据战前情报，日军舰队中有数量可观的战列舰——?事实上没算上山本主力舰队，南云和近藤会合后将拥有4艘快速战列舰，各配有8门356毫米主炮。美国人没有战列舰，其重巡洋舰最大主炮口径只有203毫米。
作为大舰巨炮派的忠实拥趸，斯普鲁恩斯当然明白用巡洋舰和战列舰对抗结果将是灾难性的。现在他依然有2艘航母，对手很可能已经没有了。如果自己端着冲锋枪去和手持匕首的敌人近身肉搏，那才真正是脑子进水。航母的攻击力来自舰载机，它们在夜间无法起降，黑夜中的航母由攻击利器变成了不折不扣的累赘。与舰体低矮的巡洋舰和驱逐舰相比，“企业”号和“大黄蜂”号就像水面上矗立的两座摩天大楼，它们缺乏重型装甲和大口径火炮，如果进入对方战列舰的火炮射程，则会被敌人毫不费力地摧毁。
斯普鲁恩斯无法判定，白天击沉或重创的是不是敌人全部4艘航母。战前情报显示日军在战场可能存在第5艘航母。况且斯威尼的空中堡垒在攻击“飞龙”号返航时，曾被来历不明的零战追击。这些战斗机可能来自那艘燃烧的航母，也可能敌军另1艘航母已抵达战场。日本人绝不会就此罢休，中途岛依然面临着严重威胁。为应对第二天可能出现的意外，保存现有战力十分必要。斯普鲁恩斯始终牢记，自己的首要任务是保卫中途岛，同时尽可能减少舰船特别是航母的损失，“遵循不轻易冒险的原则”是临行前尼米兹再三叮嘱过的。重创敌军4艘航母，而自己仅1艘受损，这样的结果完全可以欣然接受，现在为了日军残余部队拿宝贵的航母再去冒险显然不明智。
“我认为冒险同可能占优势的敌人进行水面夜战完全是不可取的，”这是斯普鲁恩斯思忖再三得出的结论，“另外，我不想在第二天上午距中途岛太远。”他希望第二天晨曦初现时到达中途岛东北320公里处，“这样进可追击溃逃的敌人，退可确保中途岛无虞。”于是19时15分，斯普鲁恩斯下令完成飞机收容作业的舰队掉头东行，直至午夜，速度是中性的15节，之后向北航行1小时，黎明前再转回西行。这样，他的舰队就可以与敌人保持一定距离，处在一个相对安全的范围之内。这一决定尽管之后遭受了诸多非议，但无疑可以继续保持当前的优势，明智地保证了中途岛战役美军的绝对胜利。
做好上述安排，斯普鲁恩斯回到住舱安然入睡。数年后，他在接受采访时如此说：“我身边的战友都很优秀，他们明白自己的职责并能完美地执行。我为什么不能好好地睡一觉呢？”他深知第二天的行动依然危险，必须保持清醒头脑去冷静面对。事实正如斯普鲁恩斯所料。如继续西进，他们将与南云和近藤会合后的日军迎头相遇，一场以舰炮和鱼雷为主要攻击手段的水面夜战将不可避免，这正是日本人迫切希望的。斯普鲁恩斯退避三舍的做法让日军挽回败局的希望彻底落空。
从登上“长良”号那一刻起，鱼雷战专家南云就一直积极做着进行水面对决的各种努力。即使目睹了“飞龙”号的覆灭，南云打夜战的期望仍丝毫未减，他甚至准备抽调救助受伤航母的驱逐舰参与夜战的侦察和攻击。但随后“筑摩”号2号机发回了一条令人沮丧的消息：“敌军东撤，航向70度，航速20节。”这说明之前打得顺风顺水的美国人并未乘胜追击，而是诡异地掉头返航了。不管敌人意图何在，南云精心策划的夜战计划很可能因此泡汤。首席参谋大石保建议，派出“长良”号唯一一架夜视侦察机继续搜寻美军舰队行踪。区区一架侦察机在暗夜里捕捉茫茫大海上的一支舰队——?美军实施灯火管制是毫无疑问的——?成功概率和朝黑暗中开枪毫无二致。但求战心切的南云毅然下达了侦察机出击的命令，他对于诱敌夜战已到了急不可耐的地步。
草鹿后来将机动部队的行动形象地形容为“追踪天边的彩虹”，“坦率地讲，我们的处境非常困难。但为了帝国海军的荣誉，我们绝不能轻易后退，只有一往无前。现在看来，我们当时只是盲目地乱跑一气，一厢情愿地想打一场夜战”。
正快速驰援的近藤同样进行着夜战的积极准备，他于17时50分电令所部：
一、利用月色，以密集战斗队形与敌作战。
二、第五巡洋舰战队、第二驱逐舰战队、第四驱逐舰战队可相机单独行动。
三、攻敌鱼雷深度定为4米。
很快，“筑摩”号二号机又来添乱。18时30分，“筑摩”号向南云发来灯光信号说：“我二号机于14时13分发现敌航母4艘、巡洋舰6艘、驱逐舰15艘，在燃烧倾斜的那艘敌航母以东30海里，敌部队正向西运动。我机发现它们后不久遭敌舰载机追击，后失去目标。”
18时36分，山本和宇垣收到了那份“敌军东撤”的电报。在海图上简单测算之后，宇垣发现撤退中的美军舰队距近藤仅185公里。于是19时15分，他以联合舰队司令部的名义下达了第158号作战命令：
一、敌舰队实际已被击溃，正向东退却。
二、附近所属各部立即全速追歼残敌，同时占领中途岛。
三、南云部队、近藤部队（缺栗田部）及潜艇部队应立即接敌并攻击之。
20时30分，山本再次补发电令：“炮击摧毁中途岛航空基地的任务23时前由‘伊-168’号潜艇承担，23时后由第七巡洋舰战队承担。”
接到电令的南云认为，司令部发出上述命令源于对敌情的错误估计。之前“筑摩”号二号机提供的信息表明，美军航空兵力占据绝对优势，自己的大部分驱逐舰正守护在几艘受伤航母身边，无法抽身。南云据此判断，如果贸然在夜间向美军靠近，一旦夜战无法进行，第二天白昼来临时，自己只能像蹲在海上的鸭子那样任人宰割了。意识到这种危险的南云最终决定放弃夜战，选择暂时撤退以图来日再战的明智方针，同时尽力挽救尚可依靠自身动力航行的“飞龙”号。南云将上述意图电告山本，“敌军总兵力为航母5艘、巡洋舰6艘及驱逐舰15艘，向西航行。我们正保护‘飞龙’号以18节航速向西北撤退”。
南云的做法彻底激怒了山本。宇垣认为，第一机动部队司令官已被眼前的失败吓昏了头，如此公开违抗命令说明他“根本不想进行夜间战斗”。宇垣清楚美军在太平洋上怎样也凑不出5艘航母，他估计最多只有2艘。当前挽救危局的唯一办法，“是由最高司令部立即发出严厉斥责命令”。山本当即发出电令，除“赤城”号和“飞龙”号及护卫舰只，第一机动部队其余兵力统统交由近藤指挥。半年以来风光无限的南云被战场免职。
此时近藤正从西南疾驰而来，他身边有战列舰2艘、重巡洋舰4艘、轻巡洋舰1艘和驱逐舰7艘，还有轻型航母“瑞凤”号。在近藤南面，田中已抛下登陆船队率1艘轻巡洋舰和8艘驱逐舰匆忙北上与他会合。栗田炮击分队正星夜兼程冲向中途岛。近藤还指望南云的2艘战列舰、2艘重巡洋舰、1艘轻巡洋舰和4艘驱逐舰能与自己合兵一处，为晚上可能发生的夜战助阵。接到山本电令的近藤，立即致电各部：在中途岛西北325公里处会合，“积极东进寻敌，自午夜起发起攻击”。
此时在上午发生激战的海域，日军3艘主力航母已到了弥留之际。中弹仅几分钟，“苍龙”号主机已经停车，舵轮系统无法操纵导致动力全失，消防管路悉数被炸毁。10时40分，“苍龙”号已侧倾在海水之中，舰首到舰尾一片火海，白色浓烟从舰体左舷喷涌而出，机库完全被大火包围。漂亮神气的“苍龙”号短短半小时内变成了一座可怕的焚尸炉。
舰长柳本很快得出了显而易见的结论，“苍龙”号已无可救药。10时45分，绝望的柳本下达了“弃舰”命令，同时扯着嗓子大喊：“所有人全撤下去，一个都不许留下！”舰桥下方那条狭窄的通道挤满了人，他们甚至不得不将手臂高高举过头顶以节约空间，但仍有许多人为躲避机库中到处肆虐的大火不断挤进来，有些人只好站在别人肩上。更多的人直接跳入海中。加上那些先前被爆炸掀进大海的人员，一时间，“苍龙”号周围的海面上人头攒动，“滨风”号和“矶风”号立即靠前奋力打捞幸存者。
之前被爆炸气浪掀入大海的金尾仍死死抓着那根救命绳子，悬在半空进退不得。看到长官如此窘迫，他的一名下属奋力游了过来，帮他将绳子系在腰间。这样虽然可以保证金尾不被淹死，但他的行动因此完全受制于船体。航母仍在剧烈晃动，绳子不断将他从海里拉出来然后猛烈撞向船体，金尾只好借助伤腿来缓冲撞击。
不知道过了多长时间，金尾突然发现舰桥上有人通过窗户朝外张望。他认出那是舰长柳本。在他下一刻再向上望时，那张通红的脸已经不见了。很多幸存者都看到，瘦小的柳本站在舰桥右舷边上向海里的人大声劝诫。在日本海军中，再没人像柳本那样深得水兵喜爱了。他集合舰员训话时，水兵总会提早一小时甚至更长时间赶到现场，以便站在前排能听得更清楚一些——?老酒开会总想坐在后排角落或门口，以便散会时跑得更快或随时溜号——?柳本在官兵中的威信由此可见一斑。不久，这位颇受官兵爱戴的舰长消失在“苍龙”号的熊熊烈火之中。
金尾禁不住为柳本，也为自己的命运悲伤。突然一名船员将绳子系在护栏上迅速爬了过来，他一把抓住金尾，随后两人被一起拉回甲板上。上边有四五十人。几名船员打开了一只箱子，里边装的是桃子罐头。一名水手用刀子打开一瓶递给金尾，“长官，请慢用”。看到金尾仍在犹豫，水手就告诉他罐头有很多，足够所有人吃。饥饿的金尾把罐头喝得连汤都一滴不剩，感觉从未吃过如此美味的东西。
16时55分，南云命令“滨风”号舰长折田常雄，“与‘矶风’号一起为‘苍龙’号护航，同时向西北撤退”。但5分钟后，向第四驱逐舰分队司令官有贺请示的变成了“矶风”号舰长丰岛俊一：“‘苍龙’号已完全失去航行能力，怎么办？”半小时后，有贺命令丰岛“在‘苍龙’号附近待命”，同时询问：“如果火势得以控制，它是否还能航行？”一小时内毫无回音。有贺再次发报给“滨风”号及“加贺”号的护航驱逐舰“舞风”号：“‘加贺’号和‘苍龙’号有无沉没的危险，请回答。”2分钟后，丰岛对第一个问题勉强做出了答复：“靠自身动力航行毫无希望，幸存者均已转至我舰。”
数百名幸存者被救上了“矶风”号。突然上来这么多人，小小驱逐舰随时有倾覆的危险。丰岛只好下令所有人不得随意走动。他的命令明显多余，那些救上来的人，要么筋疲力尽，要么身负重伤，让他们动也动不了。舰上一片凄惨的号哭和呻吟声。不断有人因伤重死去，尸体一具接一具被抬进一个单独的舱室。
18时30分，“筑摩”号发给南云的灯光信号显示那些“该死的美国人”很快要杀过来了。有贺只好给“赤城”号和“苍龙”号的护航驱逐舰发出电报：“各舰要保护自己分管的航母，防止敌军潜艇及特混舰队的袭击。如敌特混舰队攻上来，就采用打了就跑的战术消灭之。”发令时连有贺自己都觉得好笑，让区区2艘驱逐舰与美军庞大的特混舰队交战并消灭之，这不是开玩笑吗？应该是被消灭才更现实吧！况且那2艘舰上装满了幸存者，舰体吃水已到舷边上缘，想跑都不一定跑得了。
在“苍龙”号甲板上，金尾看到一艘军舰正快速靠近。忽然他想到航母前端的防空火炮还能使用，如果来的是敌舰，他们就可以死战到底。他下令所有人进入炮位。但那艘舰上的日本海军军旗逐渐变得清晰起来，原来那是“滨风”号。所有人都挥舞手臂或帽子向驱逐舰欢呼。舰上向他们发出了离舰信号，并示意美军正在接近。金尾带领部下高呼了三声“‘苍龙’号万岁”，之后开始将伤员抬到驱逐舰派出的救生艇上。随后所有活着的人都安全离开。他们身后的“苍龙”号依然浓烟滚滚。
当落日将余晖毫无保留地洒向浩瀚无际的太平洋时，“苍龙”号迎来了它的最后时刻。1架美军“卡塔琳娜”就在炮火射程之外的半空中幸灾乐祸地盘旋，远远跟踪这艘即将沉没的航空母舰。大约19时，“苍龙”号的火势略有减弱，飞行长楠木几登立即组织人员试图登舰做最后努力。楠木等人尚未动身，“飞龙”号上再次发生了一次剧烈的爆炸。有人本能地发出了呼喊：“‘苍龙’号万岁！”听到这一喊声的人也都呼应着叫喊起来。19时13分，“苍龙”号舰首以怪异的方式向上翘起，船尾开始徐徐下沉。海水扑灭舰上的火焰，发出阵阵令人心悸的咝咝声。5分钟后，水下再次发生了一次惊天动地的爆炸。随后海面渐渐恢复宁静，夕阳将空旷的海面映得血红。
“苍龙”号的沉没位置是北纬30度38分、西经179度13分，随它沉没的有1103名船员中的711人，包括爬上舰桥的柳本。事实上，当美军最后1架“无畏式”投弹结束后，已有1/3舰员阵亡。“苍龙”号是日军损失的4艘航母中死亡率最高的。
19时10分前后，最后9架零战燃油耗尽在海上迫降。驱逐舰迅速上前将飞行员救起。统算起来，“飞龙”号战斗机飞行员全部战死，幸存者全部来自“苍龙”号和“加贺”号。以海军航空兵称霸海上的第一机动部队现在完全没有空中保护了。
所幸夜幕即将降临，美军飞机暂时不会来找麻烦了。“夕云”号上，一名日军水兵的话代表了此时大部分人的复杂心情：“舰队的命运取决于时间。我们决心尽最大的努力，但明天的命运只能听从神的安排了。”
与“苍龙”号相比，被命中4弹的“加贺”号同样好不到哪里去。虽然刚开始速度还有可怜的2～3节，但12时50分到13时之间，这艘完全失去动力的航母就停在水面上一动不动了，同时预示着损控的所有希望已经破灭。13时25分，天皇御像紧贴着1名大尉的胸脯被转移到了“萩风”号上。
在数千米之外的海面上，阴魂不散的“鹦鹉螺”号再次升起了潜望镜。布罗克曼少校跟踪这艘航母已近3个小时，他认为它应该是“苍龙”号——?“加贺”号和“苍龙”号舰岛都位于右侧。在少校眼中，虽然这艘受损航母的顶部明显已被摧毁，但它看似“仍平稳地待在海面上，舰体似乎没有受损，大火好像也控制住了，还能看见前甲板上有很多人在忙碌”。航母两侧3000米处各有1艘“巡洋舰”负责警戒——?其实那是驱逐舰“萩风”号和“舞风”号。布罗克曼决定将这艘受伤的航母击沉，免得日本人拖回去修复。13时59分，他从航母尾部、2500米外以125度角向静止的“加贺”号射出了4条鱼雷。美军mk14型鱼雷有“哑弹之王”的“美誉”，这次果真不例外。第一条鱼雷并未射出，另两条严重跑偏，分别从舰首和舰尾一掠而过，剩下那条在水中划出一道雪白的航迹，直奔航母而去。
损控指挥官国贞义雄正组织人员抢险，不经意间看到了正不断逼近的鱼雷，那情景简直恐怖极了。偏偏“加贺”号毫无机动能力，只能眼睁睁地等着挨炸。惊恐万状的国贞向周围的人发出狂呼，让大家尽快跳海逃命，同时他也纵身跳了下去。所有人都发疯似的游离“加贺”号，以免被即将到来的爆炸波及。那条鱼雷虽准确命中舰体中部，却断成两截，并未爆炸。鱼雷弹头迅速沉入水中，带着气仓的中央和尾部连在一起在水上晃荡，滑稽极了。附近水面挣扎的几名水兵见此情景，又惊又喜，立即游上去抓住了这只上天恩赐的“救生筏”，一人甚至翻身上去骑在上边。看见同伴把美军鱼雷当马骑，旁边的落水者禁不住哈哈大笑，暂时忘却了眼前的烦恼。这些人似乎觉得此时是不该笑的，但仍忍不住笑出声来。
布罗克曼认为自己发射的鱼雷全部命中了目标，因为航母“从舰首到中部都燃起了红色大火，许多人正从上边跳下”。实际上，“加贺”号伤势不断加重并非“鹦鹉螺”号的功劳，它依然倔强地浮在水面上。
美军潜艇立即遭到日驱逐舰的攻击。14时10分，岩上次一指挥“萩风”号气势汹汹地冲了过来，布罗克曼迅速掉头下潜至60米处。14时22分，“萩风”号一口气投下了11颗深水炸弹。但炸弹下沉深度不够，爆炸位置大都位于潜艇上方，只有一些小碎片崩到潜艇里造成几处轻微的渗漏。岩上在14时31分再次发起攻击，这次炸弹离潜艇更远，毫无效果。见此情景，中杉清治指挥“舞风”号前来帮忙。接下来的2个小时，2艘驱逐舰投下的42颗深水炸弹让布罗克曼痛不欲生。但他最终仍侥幸逃脱。大家为一天的辛勤努力换来击沉1艘敌军航母的战绩感到由衷的高兴。虽然他们的不懈努力并未得到应有回报，但布罗克曼和兄弟们也真是尽力了。
跳入水中的国贞看到了不远处的通信官小田。小田腿部严重受伤，血流不止，一只手还高高举着一大摞电报纸。国贞被小田忠于职守的精神打动，劝小田把那些该死的电报扔掉，先保住命再说。有了长官的指示，小田才如释重负地把那些废纸丢弃在海里。两人找到一块浮木紧紧抓住，一直到16时才被“萩风”号救起。同时被救起的还有鱼雷机小队长吉野晴夫，他参与了凌晨的搜索行动。吉野在舰上邂逅了同在海军服役的一位亲戚。亲戚的出现让他颇为尴尬，因为日军战败了，而他仍然活着。耻辱让吉野拒绝接受亲戚拿来的干衣服，并再三叮嘱不要把自己的可耻行为告诉家人。
事实上，即使没有“鹦鹉螺”号的打诨插科，“加贺”号同样无可救药。尽管飞行长天谷率消防人员与不断蔓延的烈火搏斗，形势还是变得越来越无法挽救。库存弹药和鱼雷被接连诱爆，惊天动地的爆炸声此起彼伏。巨大的气浪把人和几十吨重的航母构件像火柴杆一样抛入大海。钢筋因长时间燃烧变得通红，在压力作用下逐渐崩碎。天谷决定将甲板下边的机械工救出来，但传令兵为大火所阻，无法下去。肯定有人擅自离岗，323名机械工只有213名死亡，其中包括机械长内海八郎。很多人要么在之前已经死了，要么在逃跑无望后被困在下边。大火烧进去，他们的最终命运可想而知。
因舰长、副舰长等高级军官均已死亡，做出弃舰决定的尴尬任务戏剧性地落在天谷头上。天谷觉得那些飞行员在舰上不但帮不上忙，反倒成了累赘。他同时觉得富有实战经验的航空兵是海军最宝贵的财富，于是下令飞行员和地勤人员迅速离舰。他自己并没离开，作为舰上的最高指挥官，他必须对航母的命运负责。天谷想到了自杀，如果选择一死了之，自己对“加贺”号的责任会被一笔勾销，家人也会因此得到荣誉和优待。16时40分，天谷断然下达了“弃舰”命令。
很多人纵身跳入了大海，只有俯冲轰炸机分队长小川正一例外。他在“加贺”号中弹时严重受伤，从这样高的地方跳下去必死无疑。小川微笑着催促天谷和其他人尽快离舰。天谷最终没有自杀，而是选择离开，最后他和小川拥抱告别，带着几名飞行员跳下海去。从海面上，他们回头，依然可以看见小川趴在栏杆上向大家挥手致意，呼喊着给他们加油。所有人眼睁睁看着小川倒了下去，以后再也没人见到过他。
天谷看到了离他不远处的军需长松川健。松川显然已筋疲力尽，但现在所有人都自身难保，无法提供及时援助。松川对身边漂浮的人说“我不行了”，然后慢慢没入海中。最后他的一只手在空中抓了几把，完全从海面上消失。
17时15分，“萩风”号电告有贺：“天皇御像已安全移至我舰，因水兵们接到了弃舰命令，我舰已将他们全部收容。”报告显然很不准确，舰上有800余人或已死亡，或被烈火封在甲板下无法出来。17时50分，“舞风”号再次电告南云；“‘加贺’号已无法行动，幸存者均被接上我舰。”南云随即向“大和”号上的山本和宇垣做了报告。
18时，成功脱离险境的“鹦鹉螺”号再次升起了潜望镜。布罗克曼发现被他攻击过的那艘航母上浓烟滚滚，黑色烟柱高达300多米。19时整，三屋看见“加贺”号上连续发生了2次爆炸，巨大的舰体似乎要跃出水面，接着开始慢慢下沉，但舰体始终保持平稳。“舞风”号舰长中杉清治回忆说，“看到如此巨大的战舰沉没是一种可怕的场景，但它是为战而死，高贵地逝去”。19时25分，海水淹没了前端飞行甲板，“加贺”号带着800名水兵沉入北纬30度20分、西经179度17分，深5000米的冰冷海底，海面上只留下无数泡沫和漂浮的残骸。驱逐舰上的天谷哽咽着低下了头，为自己未能自杀殉舰而羞愧：“我原本应当和它一起死去的。”
1999年9月，美国海军海洋测量局和一家水下勘探公司联合宣布，在中途岛外海发现了“加贺”号的部分残骸，包括两座防空炮台及一部分飞行甲板等，但航母的主舰体至今仍未发现。
在中弹后相当长一段时间里，“飞龙”号显然还未到不可收拾的地步。21时，“卷云”号舰长藤田勇报告南云：“‘飞龙’号航速仍达28节。”但因舰桥难以立足无法驾驶，“飞龙”号最终在21时23分停了下来。“风云”号、“卷云”号和“谷风”号冒着巨大危险靠上前去，用水管向航母泼水灭火。21时30分，“夕云”号驶向“筑摩”号，让后者传来更长的水管。机库积水导致“飞龙”号左倾超过15度，连“卷云”号的桅杆都被撞断。伤员开始向驱逐舰转移，飞行员加藤觉在早上攻岛时腿部受伤，实在找不到合适地方，军医在一个洗澡间为他进行了截肢手术。
到午夜时分，“飞龙”号已没有任何希望了。虽然火势一度得到控制，但23时58分，航母上再次发生了一次剧烈诱爆，连舰桥外的悬吊弹盾都着了火。山口、加来和副舰长庚隆史、飞行长川口益及一众参谋只好撤离舰桥来到了飞行甲板上。
所有活着的人都聚到了未被大火占领的飞行甲板左后部，“飞龙”号已无可挽救。工程参谋久间武雄向首席参谋伊藤清六建议，无论如何也要把山口转移到安全之地，必要时可以使用武力。伊藤并不赞同，“你就是将他硬拖下去，我敢肯定这位意志坚定的将军以后还会自杀。他已决心与航母共存亡，让他做自己想做的事才是正确的方式”。
尽管平时御下极严，但所有下属都愿与山口同生共死。大家一致推举伊藤将众人的心愿转告司令官。山口坚决反对：“诸位愿陪我一同为国捐躯的美意令我不胜感动，甚感欣慰。但你们年轻人必须离舰，这是我的命令。”加来提出自己作为舰长，已决意与舰同沉，恳求山口尽快离舰，山口笑着摇头拒绝。皎洁的月光照在残破的甲板上，两位指挥官就要跟部下诀别了。
5日2时30分，加来下令“弃舰”。20分钟后，两人向舰上约800名水兵发表了诀别讲话。先发言的加来鼓励所有将士今后继续为天皇战斗，相信他们一定会成为日益强大的日本海军之中流砥柱。随后矮个子的山口站在了一个铁饼干盒上，发表了慷慨激昂的告别演说。他讲话的大意是：身为第二航空战队司令官，他对“飞龙”号和“苍龙”号的损失负全部责任。“我将与舰共存亡。现在我命令你们全体离舰，继续为天皇陛下的伟大事业效忠。”全体人员转向东京方向，由山口领头三呼“天皇万岁”。军乐队奏响了悲哀的军号，船员齐声唱起《君之代》，山口的将旗和“飞龙”号的战旗在歌声中徐徐落下。
仪式结束之后，伊藤根据久马的建议向山口索要一件纪念品。山口摘下黑色军帽递给了他，接着与加来一起同参谋作诀别之饮。大家喝的是从驱逐舰上送上来的一小桶水。山口转身告诉加来：“今晚月色如此皎洁，你我一同仰月沉水如何？”
“确实看起来非常明亮，”加来表示赞同，“这应该是第二十一天的月亮吧？”
军需官提醒加来，保险柜里还放着不少日元，请示如何处置。加来告诉他：“就放在那里吧，我们在穿过冥河时可能需要它们。”山口大笑着接过了话头：“说得对呀，我们需要用它们在阴间美美饱餐一顿！”
伊藤问司令官还有什么遗言，山口沉吟片刻后说：“是的，我还有两句话。请你转告南云将军，对今天发生的一切我没有任何抱歉之语。我只希望日本海军越来越强大，并且能报今日之仇。”山口最后一句话显然是带给第十驱逐舰分队司令官阿部俊雄的，“用鱼雷击沉‘飞龙’号吧。”
5日3时15分，加来下令全体离舰。首先登上“卷云”号的是一位身强力壮的大尉，他的胸前紧紧贴着天皇御像。撤离工作进行得有条不紊。一直到4时30分，伊藤和久马才最后离开。他们顺着挂在左舷的一根绳索攀缘而下，随后上了一只小艇。久马忍不住回头去看，依稀看到山口和加来站在那里向他们挥手。此刻，他彻底失去了冷静，眼泪哗啦啦流淌下来。从1940年12月起，久马就一直跟着山口，在他身边工作的时间最长。“长期以来我一直很崇拜他，我至今仍然认为他是我一生中遇到的最伟大的男人。”
作为山口的同学，一向自视甚高的宇垣在6月6日的日记里写道：“他的确是一位有远见的人。他能体谅别人，为人忠厚，行动果断。他向上司很有力地提出的积极建议，对作战的胜利贡献很大。在这方面他比其他司令官更为突出，由此赢得了一个高尚的地位。”当山口的死讯传到北方时，第二机动部队司令官角田为此痛苦不已，他同样对山口颂扬备至。角田坦诚地向奥宫吐露了心声：“山口将军要是能担任机动部队司令长官该有多好，我情愿在他的手下工作！”要知道，山口不但比角田小一岁，从“海兵”毕业也晚了一年。作为对手，美国人对山口同样评价颇高。在总结中途岛海战的战绩时，他们将日军损失山口这样有魄力的海军将领视为一项重大战果。
5日5时10分，太阳从海平面上徐徐升起，“卷云”号准备执行山口的最后命令。驱逐舰左舷的鱼雷进入了发射状态，甲板上的水兵紧紧抓住栏杆，默默抽泣，很多人甚至哭出了声。第一条鱼雷因发射太深未能命中，舰长藤田勇绕到右舷又发射了一条。剧烈的爆炸将航母舰首抬出了水面。断定航母铁定沉没的藤田掉头返航，那边阿部正召唤他呢。
如果要在日军中找一个类似美军格雷那样的人，这个人无疑正是藤田勇。就在“卷云”号转身离去之时，“飞龙”号甲板上忽然蹿出一大群人，向正在离去的驱逐舰挥舞手臂和帽子。因担心天亮之后遭到美军空袭，藤田勇相当冷酷地决定将那些新出现的活人留在那里，事实上他完全有时间派小艇将他们接走。
藤田勇的判断绝对有误，顽强的“飞龙”号依然停在海面上，迟迟不肯入水。7时30分，宇垣致电阿部：“‘飞龙’号是否已经沉没？希报告事态发展情况及该舰具体位置。”南云闻讯，立即派“长良”号的一架水上飞机前往查明。飞机到达指定海域上空，看到的是一片汪洋大海。真实情况并非如此。
日军千方百计欲保全的莫过于“赤城”号了，这艘第一航空舰队的旗舰可以说是日本海军航空兵的象征。虽然仅中了1颗炸弹，但随后产生的一系列诱爆彻底毁掉了这艘航母。南云和草鹿离开后不久，11时30分，青木就下令所有伤员和飞行员撤离。5分钟后，机库中的鱼雷和炸弹接连爆炸，导致火势更加猛烈。青木和参谋之前被大火逼出舰桥，已退到了飞行甲板前部，现在又不得不转移到前锚机甲板。
12时03分，“赤城”号突然向右转动，这一莫名其妙的转圈救了藤田恰与藏的命。浮在水面许久的藤田恰与藏发现一根巨大的烟柱逐渐接近，最后变成了一艘航母，他认出那是“赤城”号。当航母距他大约2公里时，藤田开始奋力朝它和护航驱逐舰游去。“野分”号的一挺机枪瞄准了他，藤田立即打手势示意是自己人。“野分”号副舰长青木广一和领航主任金井敏郎都是藤田“海兵”的同学，他们认出在水上挣扎的老熟人并将他拉上了驱逐舰。藤田换上今井拿来的干衣服后吃了点东西，严重的体力透支使他很快坐在甲板上睡着了。
13时38分，绝望的青木下令将天皇御像转移到“野分”号上。毫无疑问，它依然紧贴在某一位不知名军官的胸膛上。13时45分，青木向山本和南云报告“赤城”号火势依然很猛。15时45分，机库里再次发生了一次殉爆，前机库隔板被彻底炸穿，熊熊大火开始朝甲板前段和中段蔓延。到19时15分，一切希望都成了泡影。轮机长冒着烟雾和烈火冲上甲板报告青木，“航母靠自身动力航行已无任何指望”。青木当即下令轮机舱内的人统统撤出来，但显然已经太晚了，派出的传令兵一去不返，轮机人员全被封死在下面。经请示南云批准，青木下令所有幸存者撤离。两小时后，包括青木在内的约500人挤上了“岚”号，另有200人上了“野分”号。
青木从驱逐舰上致电南云，请求批准将“赤城”号击沉。“大和”号上的山本和宇垣截听到这份电报后震惊异常。主力舰队正快速东进寻敌夜战，此时放弃“赤城”号为时尚早。22点25分，山本电令南云，“暂缓处置‘赤城’号”。这一命令隐含着对青木的责备，于是他独自返回航母，回到尚未被大火波及的抛锚甲板，把自己绑在起锚绞盘上等死。
夜色无情吞噬了太平洋，山本和宇垣在焦急中等待近藤与美军接触的消息。直到午夜，前方再无新消息传来，日本人欲通过夜战挽回败局的希望越来越渺茫。23时30分，离日出只有4小时了。宇垣推断说，“在黎明之前与敌人进行水面夜战希望不大，”同时提出警告，“不要让参加夜战的部队走得太远，否则黎明之后局势更加难以控制。”
众参谋在海图上比画了一番，揭示了另一事实：肯定将在黎明之后才能抵达中途岛的栗田炮击舰队，势必在第二天上午暴露在美军航空兵的打击之下。5日零时20分，山本下令致电栗田：取消炮击计划，以最快速度返航向主力靠拢。司令部内乱作一团，无人想到要将上述命令传达给同样执行炮击任务的“伊-168”号潜艇。
渡边随即提出一个新见解：让主力战列舰于5日在光天化日之下冲向中途岛，利用威力强大的巨炮对该岛实施轰击，黑岛立即表示赞同。两人兴奋地把这一计划向山本和宇垣做了汇报。听完渡边的解释，山本和颜悦色地告诉这位他最亲近的参谋：“你肯定在海军参谋学院学习过。综观海军历史，用海军舰艇攻击地面部队是极端愚蠢的。”渡边尴尬地低下了头：“是的，长官，我知道。”
山本接着说：“你的计划违背了海军最基本的准则。现在进行这样的作战为时已晚。本次作战已接近尾声。在下棋时，过多拼杀只会导致满盘皆输，最后输得一干二净。”
宇垣显然没山本那么克制，他大声训斥两人的主意简直是“老妇之见”：“这完全是个没有经过大脑的愚蠢计划。你们应该明白，用舰队火炮进攻陆上堡垒是多么荒唐。眼下敌人不仅舰载机实力依然雄厚，还有相当强大的陆基航空兵力，占有岛上完好无损的机场。即使是威力强大的战列舰，也可能在发动有效炮击之前就被敌人的空中力量和潜艇击败。”
可能以前老不得宠，受压抑惯了，逮住机会的宇垣得理不饶人：“如果情况允许，等角田部队到达后，我们还能发起一次攻势。即便最终不能发动攻势只好认输的话，我们还没有输掉整个战争。虽然损失了4艘航母，但我们依然将有8艘。在今后的战斗中，我们还是大有希望的。”他转头以尖刻的语气告诉黑岛和渡边，“一盘棋败局已定，还一再逞强硬拼，只有毫无头脑的笨蛋才会做出这样的计划。”
宇垣终于发威，一向受宠的黑岛和渡边被训得哑口无言，只好躲一边反省去了。渡边明显觉得山本认为局势已无可挽回，现在最明智的选择就是退却。他匆忙起草了一份中止战斗、安排会合地点的电文，在措辞上居然避免了“撤退”一词。山本随即予以批准。5日2时55分，“大和”号向参战各部下达了联合舰队第161号命令：
一、撤销攻占中途岛计划。
二、主力舰队负责集合近藤、南云部队（缺“飞龙”号及护航舰只），于6月7日上午在北纬33度、东经170度位置加油。
三、登陆船队向西行驶，脱离中途岛美军陆基飞机的攻击范围。
电文中并未提及对“赤城”号的处置。作战室里，山本召集众参谋认真讨论了这一问题。是同意青木的意见将之击沉，还是冒再打一仗的风险冲进去把它拖走？黑岛据理力争说，如果轻易放弃“赤城”号，美国人会把它“拖到旧金山去展览”。黑岛再次痛哭失声，哽咽着说：“我们怎能用天皇陛下的鱼雷，来击沉天皇陛下的战舰啊？！”众参谋个个泪流满面，连气都喘不上来。在这个无比漫长的夜晚，众精英参谋的情绪已到了崩溃的边缘。
宇垣也忍不住落了泪。但他意识到，“感情归感情，理智是理智”，现在不应再让其他军舰冒不必要的危险去护卫它，将之击沉总比落在敌人手中要好。宇垣不敢轻易开口，但他相信山本一定能做出理智的决定。
渡边认为，“司令官心里肯定也在哭，但他眼里没有泪水”，现在只有山本才能做出最后的决定。沉吟良久，山本终于开了口，语调缓慢而沉重：“我曾担任过‘赤城”号舰长，但现在，我必须下令将它击沉。对此我心中万分遗憾。下令向‘赤城’号发射鱼雷。”
宇垣明显赞成山本的做法，后来他在日记中如此写道：“绝不能把感情与理智混为一谈。”但不是所有人都赞成他的观点，不知是谁——?这人显然不敢面对山本——?哪壶不开提哪壶地质问宇垣：“我们如何就此次失败向天皇陛下谢罪？”“交给我，”山本一字一顿接过了话头，“向天皇陛下谢罪的只有我山本一人。”
尽管不太赞同山本力主的中途岛作战，但本次战役毕竟事关国家的生死存亡，此刻东京军令部作战室里，总长永野、次长伊藤、作战部长福留、作战课长富冈等大腕正襟危坐，神情肃穆。前方接连传来的坏消息令现场气氛几近窒息。收到“飞龙”号起火的噩耗，大家普遍认为本次作战失败已成定局。南云损失了全部4艘最好的航空母舰，而美军中途岛陆基航空兵并未被完全歼灭，至少还有1～2艘完好无损的航母。这种情况下，东京的战略家认为继续战斗下去无疑是愚蠢的。
永野最担心的还不是眼下的损失，他担心山本为挽回败局，用全部兵力孤注一掷去跟美军占压倒优势的航空兵力死拼。鉴于山本的倔强个性和巨大威望，永野并未贸然对前线作战做出干预。后来富冈回忆说：“虽然当时大家都非常担心，但一直沉默地注视着战局的发展，没有发出任何命令或建议，完全听任山本大将自行指挥作战。”当前方传来联合舰队全线撤退的消息，永野等人终于松了一口气。
此时最伤心的莫过三代。为反对中途岛作战他曾痛哭流涕，现在那可怕的预言终于成了现实。从这时起，三代知道日本已经输掉了整个战争。飞行员出身的他明白损失那么多航母、飞机和飞行员最终意味着什么。
5日零时30分，青木已在“赤城”号绑了快2个小时。增田非常担心，他让“岚”号放下1艘小艇，自己与航海长三浦义四郎再次登舰，敦劝青木放弃与舰共存亡的决心。三浦劝诫舰长：航母最终将由自己的鱼雷击沉，而不是被敌人击沉，舰长无须为此做出不必要的牺牲。青木不予认可。随后，资历比青木深的有贺登舰，严令青木必须即刻离舰，青木才半推半就同意撤离。随后，众人安全转移到驱逐舰上。对青木来说，还不如当时死了好，作为唯一生还的舰长，青木回国不久就被打入预备役，耻辱、愧疚和自责将陪伴他度过余生。
5日4时50分，有贺接到了南云转来的击沉“赤城”号的命令。拂晓前的海面上，大雾中的“赤城”号隐约可见。有贺率“岚”号、“野分”号、“萩风”号、“舞风”号以12节航速从船尾向前绕过“赤城”号，像一队执枪行刑的士兵。4舰各自向航母发射1条鱼雷，之后在舰首处集合。剧烈爆炸在右舷激起了冲天水柱。驱逐舰的栏杆处挤满了泪流满面的幸存水兵，目睹“赤城”号低下高傲的头向大海屈服。5时20分，航母舰尾高高竖起，指向空中，“舞风”号舰长中杉回忆说，它的沉没“就像是被一只巨大的手拉入海中”。众人一起高呼：“万岁！‘赤城’号万岁！”开战以来横行霸道的南云旗舰，终于缓缓消失在北纬30度30分、西经179度08分的海面上，267名水兵随舰陪葬。海面上泛起的无数泡沫证明了它的逝去。
“野分”号舰长古闲孙太郎回忆起当时的一幕，当他用强大的氧气鱼雷射击自己的航母时是多么痛心。“赤城”号竟成了他战争中射击的第一个目标。“三大祥瑞”之一“野分”号从此一发而不可收，继续“发扬传统”击沉友舰无数，最终荣膺“补枪王”的称号。
从截获的往来电文中，细萱已知晓南云第一机动部队遭遇重大挫折的消息。与参谋长中泽佑商议之后，细萱于5日8时致电“大和”号：“从全局出发，建议暂时终止阿留申作战，将全部力量集中于中途岛方向。”最后细萱指出，截至目前，只有角田暴露了行踪，他和高须均未被美军发现。
中途岛之战注定已经失败，北方部队再空手而归，归国后如何向天皇和民众交代？宇垣适时提出建议，适当增强北方实力，阿留申作战按原计划照常进行，务求必胜，以挽回最后一点面子。对此，山本表示赞同。中午前后，细萱收到宇垣的电报，要给北方部队再增加部分舰只，同时询问作战能否按计划进行。细萱立即心领神会，这正是他求之不得的事情。原来的主战场从中途岛移到了阿留申，这是之前捞不到仗打的第五舰队建功立业的绝佳机会。细萱和中泽简单沟通后迅疾回电：“在得到部分增援后，攻略作战可顺利进行。”
细萱将之前的计划做了一个微小变动，取消了在阿达克岛登陆的计划。因为新发现的美军沃特角机场距那里只有650公里，处于美军陆基战机的打击范围之内。他电令在阿达克岛西南415公里处的大森仙太郎，率攻略部队回师攻占阿图岛。
既然主战场已经北移，第二机动部队南下已毫无意义。山本于6日12时59分同时电令角田、细萱和高须：“第二机动部队交还北方部队。”
山本预料由于取消中途岛作战，美国人会誓死保卫阿留申。当天23时20分，他向北方部队调去了“金刚”号、“比叡”号战列舰，“利根”号和“筑摩”号重巡洋舰，轻型航母“瑞凤”号也受命前往北方补充角田的攻击力量，同时前往阿留申的还有“神川丸”号水上飞机母舰及第二潜艇战队、第十三潜艇分队的14艘潜艇。山本希望北方作战能够创造歼敌机会，用宇垣的话就是“联合舰队希望有机会能报中途岛一箭之仇”。
在华盛顿，美国海军部已被谨慎地守卫起来了。6月5日上午发布的最新消息表明，太平洋上正在进行一场事关国家命运的大海战，形势对美国人似乎有利。金上将始终关注着战局进展。尽管日军在中途岛遭遇挫折，但他们的战略意图依然不明。金猜测日军第二个航母打击群可能已离开阿留申群岛，“我认为该部队的一部分或者全部极有可能在4日夜或5日晨离开了北方区域，去西南与中途岛撤退的部队——可能还包含联合舰队其他部分——会合”。金的意见遭到西北海疆司令查尔斯·弗里曼少将的反对，他认为北方战局在持续恶化，日本人采取了令人头疼的“猫戏老鼠”战术，“在发动全面进攻前就已使我军疲于奔命”。既然中途岛大局已定，金当然应该迅速增援“即将陷入绝境的阿拉斯加”。
金随后果真改变了主意，要求尼米兹考虑派出“萨拉托加”号或一支强大的特混舰队前往北方，应对那里即将出现的威胁。