绝命反击
绝命反击
军中不可一时无帅。就在南云率一众幕僚恓恓惶惶奔往“长良”号之时，阿部弘毅接过了机动部队的指挥权。虽然名气比阿部更大，能力也远比阿部更强，但可怜的山口又成了打酱油的，威克岛第二次攻防战时的情景再次重演。不过机动部队现在仅存“飞龙”号，山口自然取得了航空战的指挥权。现在，日军最后取胜的渺茫希望就寄托在山口身上了。沉着、自信、智勇双全的山口在日本海军深孚众望，被公认为山本的最佳接班人。与斯普鲁恩斯在美国海军被称作“海军上将中的海军上将”类似，山口在日本海军同样被誉为“水军提督中的水军提督”。他甚至赢得了对手美国人的高度赞誉，就像日本人高度评价斯普鲁恩斯那样。从随后进程来看，连南云都不放在眼里的山口根本没将阿部当盘菜看。
阿部将护航舰只一分为二，一部支援正在燃烧的3艘航母，另一部则护卫“飞龙”号快速驶向东北。10时50分，阿部向山口下达了作战命令：“迅速起飞舰载机攻击敌航空母舰！”山口根本不需要他的指示，他迅速给阿部回复信号：“我部飞机正准备起飞，前往消灭敌人！”一向自命不凡的山口终于有了大显身手的机会。如果能以孤军力挽危局，返航时让那个牛皮哄哄的南云像孙子一样跟在自己身后闻屁，那是多么惬意和开心的事呀！由于在对中途岛的第一轮攻击中损失最大，“飞龙”号此时只剩37架飞机——战斗机10架、俯冲轰炸机18架、鱼雷机9架。空中尚有27架零战盘旋，它们大部分属于另外3艘燃烧的航母。刚返航不久的鱼雷机仍在加油挂雷，当阿部下令进攻时，山口派不出由鱼雷机和轰炸机组成的最佳组合。如果等友永的鱼雷机装备完毕，至少还要1个小时。山口没有丝毫迟疑，迅疾把能升空的俯冲轰炸机悉数派出。
攻击机群由小林道雄统一指挥。小林亲率第一中队的9架俯冲轰炸机，第二中队的9架由山下途二指挥。重松康弘率6架零战负责护航。重松和几个战斗机飞行员刚从中途岛返回，人困机乏，但危难之际只好受命再次出击。
此时“飞龙”号上气氛肃穆，飞行员之间完全没了平时的嬉笑打闹。舰长加来亲自为出征飞行员做最后指示，他指着不远处3条巨大的黑色烟柱告诉众人，现在他们是机动部队仅存的一支编队。他要求大家不仅要尽快找到敌人发出致命的攻击，而且要尽可能返回母舰。攻击必须明智而不能轻率出击，以最大限度保存自己。
山口以刚毅沉稳的语调告诉飞行员：“现在我们只剩‘飞龙’号了。我们将牺牲自己，消灭该死的敌人。值此生死存亡之际，你们身上寄托着大日本帝国海军的希望。我命令你们，誓死奋战杀敌，为帝国争光，为正在燃烧的‘赤城’号、‘加贺’号和‘苍龙’号报仇！”
山口和加来走上前去，和站成一排的飞行员依次握手。“拜托了！”山口最后在指挥官小林面前站定，双手板住他的肩膀用力晃了晃：“皇国兴衰，在此一举！”在山口充满期许的目光注视下，小林激动得两腮青筋暴跳，牙齿咯咯作响，一句话也说不出来。设备参谋久马武男清楚这并非胆怯，而体现了小林誓死完成任务的“决心和信心”。后来他回忆说，“如此感人的场面我还从来没见到过”。小林向山口立正敬礼，毅然转身登上了飞机。10时59分，小林机队开始起飞。7分钟后，攻击机群完成空中编队向东北方向疾驰而去。站在甲板上的人都眼含热泪，以目光默默为出击的飞行员壮行——这回终于不挥舞手臂和帽子欢呼了。
小林机群出发之后，“飞龙”号继续沿30度向东北高速航行，与美军舰队距离不断拉近。其间，“飞龙”号收容了“赤城”号7架零战，现在它们完全成了没娘的孩子。不远处的海面上，“苍龙”号甲板上大火肆虐，黑色浓烟从航母内部喷涌而出，气势恢宏。“飞龙”号1名军官如此形容当时那艘航母的场景，“它就像被切成两半的萝卜，在航母某些部分，甚至可以透过空隙直接看到另一侧”。山口问通信参谋“还能与‘苍龙’号联系上吗”，并发出了“奋力抢救航母”的命令，姊妹舰上毫无回音。
此前“筑摩”号五号机已接替了甘利，岳琦在10时45分准确定位第十七特混舰队。弗莱彻此时位于“飞龙”号东北176公里，斯普鲁恩斯大致在同一方向，距离仅170公里。比岳琦更早，“苍龙”号那架新式侦察机早在10时就抵达甘利提供的敌军位置附近，但什么也没找到。飞行员饭田昌宗继续向南搜索，1小时后发现了2支美军舰队，并正确识别了所有3艘航母。中途岛海战日本人的运气简直背到姥姥家了，就在此时，电报员近藤勇的无线电设备失灵，电报无法及时发出。近藤只好立即返航，回舰队当面汇报情况。因此一直临近中午，山口才得知美军作战力量分为2部分，其中至少有3艘航母。
11时整，阿部电令侦察机“报告敌军航母位置，为攻击队群带路”。10分钟后岳琦回电，“敌舰位于70度方位，距我舰队90海里”。这岳琦素质显然比甘利高不少，发回的位置非常准确。11时30分，山口不耐烦地打信号给阿部，“请派出水上侦察机，采取有效措施，掌握那艘敌军航母的行踪”。这种口气不像是下属，倒像是上司在给部下发布命令。实际阿部只当了40分钟指挥官，11时30分，“长良”号上的南云已继续行使指挥权了。
山口迅速将岳琦电报发给小林攻击机群：“敌军在我70度方向，距离90海里。”岳琦发现的正是弗莱彻的第十七特混舰队。敌人竟然在自己眼皮底下，小林一小时左右就有可能发起攻击。以前总为找不到他们发愁，现在敌人近在眼前，却派不出更多攻击力量了，此时山口的郁闷心情可想而知。11时20分，他第二次同时向山本、近藤、南云、阿部发出通报：“第二波18架俯冲轰炸机和6架战斗机已出发，一小时内将放飞由9架鱼雷机和3架战斗机组成的第三攻击波。”
10分钟后，“赤城”号铃木繁驾驶的1架鱼雷机意外降落在“飞龙”号上。这在以前再平凡不过了，但现在铃木受到了热烈欢迎。对损失惨重的“飞龙”号来说，现在每1架飞机都弥足珍贵，它很快就完成了加油挂雷。
“长良”号上，已收回指挥权的南云倒不在乎有没有中将将旗，他脑海里已有了一个更大的作战计划。岳琦电报表明，敌人竟然就在170公里之外，这是他目前接到的最好消息。敌人显然在不断靠近，如果运气好，相向高速而行的两军白天就可能爆发一场水面战斗，这是鱼雷战专家南云最拿手的事情。
南云没有半点踌躇，迅速下定决心继续战斗，试图通过水面决战来挽回败局。“长良”号开始驶离浓烟滚滚的“赤城”号向前快速航行。现在南云要用手头的1艘航母、2艘战列舰、3艘巡洋舰去独自面对胜利或失败，至少要将刚才受到的侮辱还回去一部分。因“矶风”号和“滨风”号陪在“苍龙”号身边，“野分”号和“岚”号护卫“赤城”号，“萩风”号和“舞风”号绕着“加贺”号转圈，南云可以使用的驱逐舰只有5艘，但他的斗志丝毫未减。
很快就有好消息传来。正午，近藤发来电报，“我部正向你靠近，航向50度，航速28节”。南云闻此，信心倍增。他确信之前已有效打击了美军鱼雷机队。一旦美军无法实施有效的鱼雷攻击，他们想击沉自己的水面舰艇就会显得力不从心。充分利用自己的优势舰炮和鱼雷，贴近敌人实施近身肉搏的可能性就会大大增加。如果“飞龙”号再能成功瘫痪1艘或更多美军航母，这种可能就将变得更加现实。
在放飞攻击机群之后的一段时间里，“约克城”号上的弗莱彻对前线战况所知甚少。8时57分，他曾截收到一封斯威尼发出的电报，说陆军b-17击伤敌1艘航空母舰，但并未说明具体方位。虽然对b-17攻击水面舰艇的水平以及陆军飞行员战果评估的准确性心存疑虑，但弗莱彻衷心希望那是真的。“企业”号上，一向沉稳的斯普鲁恩斯已流露出明显不安。他和参谋长勃朗宁认为，攻击机群应在9时20分左右发现敌军舰队。但这个时间过了许久，依然没有任何接触报告发回。相比弗莱彻而言，斯普鲁恩斯的飞机起飞早近2个小时，此时燃油已经很紧张了。9时52分，格雷发回的那份关于日军舰队组成和要求返航的电报，对局势判断和下步作战用处不大。此时2支舰队已拉开一段距离，彼得森少校从“企业”号道少校手里接管了“约克城”号空中巡逻战斗机的指挥权。
到11时，肖特的17架侦察轰炸机已在甲板上静静躺了近2个小时。迟迟收不到中途岛发来的进一步报告，令弗莱彻苦恼异常。虽然尚未发现日军第二个航母群，可他实在等不起了。再过45分钟，航母必须腾出甲板供战斗巡逻的“野猫”和返航的攻击机着舰。考虑到第十六特混舰队提前放飞了攻击机群，弗莱彻于11时04分发信号给斯普鲁恩斯，“你的飞机返航后，告诉我敌军位置、航速和航向，我有一个中队的轰炸机尚未出动”。
11时20分，莱斯利机队出现在弗莱彻视野之中。闪光灯发出的信号表示“击沉敌军1艘航母”。大喜过望的弗莱彻立即通过信号旗将好消息通知了整支舰队，并告诉斯普鲁恩斯：“敌军1艘航母沉没，‘约克城’号立功了。”此时林赛的鱼雷机和萨奇的战斗机依然踪影皆无。由于此前空中已多次出现敌军侦察机的魅影，11时20分，弗莱彻升起了信号旗：“我军可能已被敌人发现。”
弗莱彻必须尽快处置待机了3个小时的肖特机队。综合之前收到的消息，他认为现在已有足够攻击机对敌人发起了进攻，肖特的17架“无畏式”就是立即前往也不会起到太大作用。当务之急是尽快定位日军第二个航母群。弗莱彻相信那2～3艘航母肯定就在2艘前锋舰北面或西北面，11时35分，他命令其中10架侦察轰炸机起飞，在西北和北方搜索390公里——正是这一举措准确定位了“飞龙”号。另外7架已加油挂弹的“无畏式”则放回进机库以清空甲板。在回收第一波飞机后，它们可加入其中参加下一波攻击。6架原定随肖特出击的“野猫”立即升空，替换空中巡逻的6架战斗机。
甲板清空之后，“企业”号2架受伤的“无畏式”在11时50分砰然降落。紧随其后的是空中巡逻的6架和萨奇的4架“野猫”。莱斯利机队此刻还在上空盘旋，林赛鱼雷机队依然毫无踪影——它们几乎都回不来了。
随后斯普鲁恩斯发信号说，他的飞机只攻击了敌军2艘航母，第十六特混舰队将“再次攻击”，但必须回收第一攻击波并补充油弹。鉴于位置可能已经暴露，弗莱彻适时打破无线电静默致电尼米兹，“我军已进攻了之前发现的那2艘航母”，但“还没有得到其他航母的消息，我军已被敌人发现”。
11时52分，“约克城”号的cxam舰载雷达在西南255度60公里外测到了强烈的回波，目标很快化作了“大队机群”。雷达显示机群正在逐渐爬升，如果是返航的自己人，那降落前的动作正好相反。日本人的进攻已迫在眉睫，彼得森迅速升空了12架“野猫”，以2架为一组前往截击，同时向“企业”号的道少校发出了紧急求援信号。
巴克马斯特立即下令停止为甲板上的战斗机加油，所有人员全部进入战斗岗位。舰上还采取了一项特殊措施，用二氧化碳吹洗航空汽油管道系统，并在储油罐周围注满这种气体。这是航空加油机械师奥斯卡·迈尔斯根据“列克星敦”号在珊瑚海的悲惨遭遇，同时结合“约克城”号受伤及后来的维修经历特意设计的“二氧化碳吹洗系统”——这一创新后来在美军航母上广泛推广。一个装有“约800加仑纯净航空汽油的辅助油罐”被扔进海里。敌机正在不断逼近，“约克城”号提速至25节并发出信号，“各护航舰只立即排成v形编队以对付空袭”。“阿斯托利亚”号和“波特兰”号立即加速至30节，驶至航母舰首两侧2000～3000米处展开，5艘驱逐舰则填补防卫圈中的空当。所有高射炮齐刷刷昂起了头，黑洞洞的炮口指向了敌机来袭的西南方向。
此时，美军2支舰队距离已拉大到28公里。“企业”号和“大黄蜂”号相距约18公里，正在回收返航的飞机，空中巡逻的“野猫”有19架。2舰另有25架“野猫”，但因收容工作占用了甲板，无法起飞。道倾其所能，帮助彼得森，派出8架战斗机前往拦截55公里外的敌机。这样就有20架阵形松散的“野猫”来保卫“约克城”号，如此力量对付日军24架飞机明显是不太宽裕的。
前方不断逼近的正是小林攻击机群。俯冲轰炸机通常采用高空飞行，狡猾的小林知道美军配有雷达，特意在开始阶段采取低空飞行，到后半段才渐渐爬升，这正是美军雷达未能在更远距离上发现敌机的原因。飞行途中，重松发现有敌鱼雷机从下方飞过——实际那是查尔斯·威尔上尉率领的“企业”号俯冲轰炸机队——于是决定发起攻击。此时进攻对自己航母不构成直接威胁的“鱼雷机”显然极不明智，重松再次忘了自己的任务是“保护孩子”而不是“打狼”。威尔那些投过弹的“无畏式”始终保持密集阵形，日军零战无从下手。轻装“无畏式”同样具有出色的格斗性能，重松一味斗狠的无聊攻击没有击落1架美机，峰岸义次郎和佐佐木齐的2架零战反被美军击成重伤，只好提前掉头返航。前者成功飞回航母，经简单维修后得以掩护下一波的友永机队。后者因伤势过重迫降海上。当重松率其余4架零战前往追赶小林时，它们早已消失得无影无踪。即便此时战斗机护航是如此必要，但小林在攻击前失去了重松的掩护。日本人的呆板和鲁莽由此可见一斑。
11时55分，小林发现了前方海面上的“约克城”号。眼见敌机快速迫近，彼得森向空中战斗机飞行员发出了激励呼号：“上啊，红衣小伙子们，干掉他们！”此时弗莱彻正在指挥所伏案查看海图，一名参谋匆匆跑进来告诉他：“长官，敌机来了！”弗莱彻笑着双手举过头顶，“哦，我已经戴上我的钢盔了，现在别的事儿我也干不了”，随后，他带着参谋长刘易斯上校和一众参谋登上舰桥，观摩日军的进攻。
小林机群大约还在30公里外，美军“野猫”已经迎面扑了上去。激烈的空战随即打响，场面惨烈。空中格斗离“约克城”号越来越近，7架日机相继中弹坠海，阵形被彻底冲散的残余日机毫不畏惧，从不同方向向“约克城”号猛冲。护航舰只高射炮火在12时06分轰然打响，天空朵朵黑色蘑菇云，连30公里外的斯普鲁恩斯都看得清清楚楚。美军水兵对敌人俯冲轰炸机纷纷投以敬佩的目光，他们看到的正是敌人最富攻击力和最有经验的一群家伙。他们攻击凌厉、冷静而谨慎，当凶狠的对空火力射来时，他们往往能采取极限操作来摆脱威胁。从表现看，他们完全无愧于“a级攻击部队”的称号。
就在此时，重松率4架战斗机姗姗来到战场。随后爆发的是性能优越的零战与数量占优的“野猫”间的一场空战。美军飞行员竭尽全力试图弥补双方的差距，但日军的顽强搏杀还是为残余的轰炸机开辟了一条空中通道。除重松13时38分回到“飞龙”号外，他身后的户高升、由本末吉、千代岛丰全部战死。
仅7架日军俯冲轰炸机冲出重围抵达俯冲点。12时11分，第一架日机从“约克城”号船尾方向呼啸而下，直到最后一秒依然保持着俯冲姿态。在目击者眼中，这名日军飞行员根本没打算活着回去。巴克马斯特再次使出机动技巧实施规避，但显然已无济于事。美军28毫米和20毫米高炮将日机生生扯为3截，但飞机投下的242公斤炸弹仍然准确命中航母，将中部升降机后面4米处的飞行甲板炸开了一个大洞。剧烈爆炸导致两个28毫米高炮炮组成员17人阵亡、18人受伤。机库内3架“无畏式”起火，埃默森上尉立即带人打开消防装置将火扑灭，才没引发更大灾难。
第二架日机依然沿着相同航线从舰尾一路俯冲下来，同样被美军高射炮火撕成碎片，一头扎进航母尾流之中。飞落的炸弹啸叫着紧擦舰尾入水爆炸，飞溅的弹片杀死杀伤了后左舷炮的几名炮手，在尾部甲板引起了几处小火，但迅速被美军扑灭。
第三架轰炸机飞行员土屋孝义以极陡峭的75度角俯冲，投下的炸弹同样落在了舰尾水流之中。土屋逃脱了战死的噩运，成功驾机贴水面逃脱。松本贞雄认为沿土屋的飞行轨迹适当调整，以稍缓角度投弹就可命中，但他的炸弹还是落在了航母尾迹里。
中泽岩男驾机从2400米高度陡直向下俯冲，他显然瞄得很准，投下的第五颗炸弹穿透舰岛左侧3米处的飞行甲板，深深钻入要害部位，穿过副舰长办公室闯进了侦察轰炸机中队待机室。飞行计划参谋查理·科纳斯特少尉当时正在里边忙着，炸弹把一只大咖啡壶撞飞，咖啡淌得到处都是。那颗炸弹一路势如破竹，最后在航母巨大的排烟道中爆炸。引发的火灾虽然不大，但6台锅炉排烟道被炸裂，其中2台无法使用，3台全部熄火。火灾产生的浓烟和无法排泄的废气四处乱窜，使救援工作更加困难。“约克城”号航速迅速下降到6节，这就大大降低了它抵御下一次攻击的能力。
中川静夫在2300米朝航母右舷船头俯冲下来，他投下的第六颗炸弹击穿前部升降机平台，一直钻到第三层甲板后爆炸，诱发的火灾严重威胁到弹药库和航母前部的油库。之前美军采取的预防措施此时起到了关键作用，已经抽空的供油管道充满了二氧化碳，才未酿成更大灾祸。损控指挥官克拉伦斯·奥尔德里奇中校立即组织人员灭火，他们在早期战斗中积累的经验此刻得到了充分展示，事先安放好的可随时供水的水泵发挥了积极作用，火势迅速得到控制，附近一个弹药库被注水淹没。
最后一架日机由濑尾铁男驾驶，他从2400米对准“约克城”号右舷俯冲。可能他的俯冲稍缓了一些，也可能航母上冒出的浓烟干扰了他，反正最后一颗炸弹几乎擦着右舷落入水中。
7架飞机发起攻击，3弹命中，2弹近失，阵亡的小林完全可以为自己的部下自豪。从航母上升起的滚滚浓烟和锐减的航速可以看出，“约克城”号受到了严重甚至是致命的打击。日军同样付出了惨重代价，包括小林、山下在内的13架轰炸机和3架战斗机被击落，其中2架毁于美军高射炮火。美军也有1架“野猫”被自己的防空炮火击落。
小林应该看到有炸弹命中目标。他曾向“飞龙”号发出了报告“敌航母中弹起火”。但战斗结束时，小林神秘失踪了，没人再见到过他。现在中山俊松成了日本海军最优秀俯冲轰炸机队唯一幸存的军官，他与其他5架幸存日机各自凄凉返航。
“约克城”号烟囱、舰岛和前部机库甲板均冒出了浓烟，航速只有可怜的6节。不到20分钟，这艘航母就停在海面上纹丝不动了。在海上漫长的日子里，巴克马斯特总是让水兵针对各种可能出现的紧急情况进行训练。因此现在不用指挥，大家都知道该干什么。珊瑚海受伤和在珍珠港维修时，大部分水兵都参与了，积累了相对丰富的经验。木工扛着沉重的木料赶到飞行甲板，只用25分钟就修复了甲板。轮机兵则尽力修理锅炉舱，试图让锅炉恢复工作以让航母尽快行动起来。在珍珠港并未完成彻底维修的“约克城”号带着大量维修材料和设备，现在全部派上了用场。
因航母雷达失灵通信设施停止运转，巴克马斯特请求“波特兰”号接管雷达警戒，同时命令航母所有飞机及空中巡逻的战斗机全部转移到另2艘航母上。仅存的2架鱼雷机在附近迫降，15架“无畏式”全选择了“企业”号——不包括莱斯利和霍姆伯格迫降的那2架。它们的到来受到米切尔和默里的热烈欢迎。虽然一开始它们曾被误认为敌机，“企业”号为此还打出了几发炮弹，幸好没中。第十六特混舰队在之前的攻击中损失惨重，这些新来者对他们恰似雪中送炭。
从4日早上开始，初次参战的“大黄蜂”号就霉运连连，日子过得恓恓惶惶。派出的鱼雷机队全军覆没，根本未找到敌人的俯冲轰炸机，或返航，或迫降，或去了中途岛，战斗机也因油料耗尽全部迫降海上。现在就是干点收容难民的事儿也不得安生。1架受伤的“野猫”摔降时忘记关上机枪保险，降落时的冲撞触发了机枪。子弹打在航母上部结构上，击穿了25毫米钢板和一根工字钢梁。流弹导致5人死亡、20余人受伤。5人中就有小罗亚尔·英格索尔，他是美国大西洋舰队司令官的儿子。
在金凯德眼中，不远处的“约克城”号似乎“正在爆炸——黑色烟柱直冲云霄”，斯普鲁恩斯猜测它可能已遭到重创。由于要连续回收战斗机和攻击机群，斯普鲁恩斯不得不继续迎着微风朝东南方向航行，而不是向西北援助受伤的同伴。但他仍从护航舰只中抽出一部前往支援弗莱彻。在“文森斯”号舰长弗雷德里克·利科尔上校带领下，“彭萨科拉”号、“巴尔奇”号、“本纳姆”号以30节高速向西北驰援第十七特混舰队。
很显然，几乎静止、雷达失灵、通信瘫痪、编队指挥所到处“云雾缭绕”的“约克城”号作为指挥舰的功能已完全丧失。弗莱彻面临两种选择。第一是选择“大黄蜂”号作为新旗舰。尽管稍嫌麻烦，但并非完全不具可操作性。两舰的距离驱逐舰一小时就能跑完。战前尼米兹曾明确指出，弗莱彻负责战场的战术指挥，登上航母继续指挥全局对他来说名正言顺，毫无争议。况且此时战局已朝有利于美军的方向发展，弗莱彻心里清楚得很，谁作为第一指挥官赢得了这场至关重要的战役，谁就将成为众望所归的国民英雄，并以海战的伟大胜利名垂青史。但根据战场形势，弗莱彻认为那样做并非上策，势必造成指挥上的混乱。何况斯普鲁恩斯之前打得那么好，他身边又有以勃朗宁为首的精明强干的参谋班子。于是弗莱彻毅然决定，将指挥权交给斯普鲁恩斯——这是一种无私、真诚、顾全大局的行为。
弗莱彻决定将司令部就近转移到1艘重巡洋舰上去。相比南云犹抱琵琶半遮面，弗莱彻的举动显得自然、简捷、落落大方，根本无须刘易斯或巴克马斯特的规劝，这是美国人的特有思维，也是弗莱彻一贯务实的工作作风。他希望第十六特混舰队能继续战斗，自己则集中精力去拯救“约克城”号。
弗莱彻选择了“阿斯托利亚”号作为新旗舰。不仅在于他之前曾长期在该舰服役，还因同学兼好友史密斯少将也在这艘舰上。12时38分，他向史密斯发出信号，尽快派小艇把自己和司令部成员接走。当时英国海军联络官麦克尔·兰恩中校——他曾任“暴怒”号航母副舰长——也在现场观摩战斗，他如此形容弗莱彻和刘易斯，“两人均镇定自若，处乱不惊”。
救生艇到达之后，参谋一个个攀绳而下。当轮到弗莱彻时，这位已57岁的将军拉着绳子试了试，却无力攀爬。“干这玩意儿，我他妈的是有点老啦，”他自嘲道，“你们最好是用绳把我吊下去。”于是2名水手把一根揽绳套在他腋下，将他像条大鱼似的拴在单套结绳子一端，小心翼翼地放了下去。13时23分，司令部成员全部登上了“阿斯托利亚”号。随军记者福斯特·黑利风趣地说，“这些满面烟火色的人看上去就像被铁链拴在一起的难民”。在信号平台上，弗莱彻看到了史密斯。当小艇接完第二船人时，2架俯冲轰炸机几乎挨着舷梯迫降下来。那正是油料耗尽的莱斯利和霍姆伯格。他们和机枪手敏捷地从橡皮筏跨上救生艇，顺绳梯爬上巡洋舰。4人选择的时机极佳，动作娴熟如攀岩队员。
弗莱彻的第一条命令发给了“波特兰”号舰长劳伦斯·杜博斯上校，让他用重巡洋舰拖曳受伤的“约克城”号。很快，利科尔上校率4艘支援舰只赶到了现场。因“彭萨科拉”号的cxam雷达优于其他舰的sc雷达，该舰接管了舰队的雷达警戒任务。为避免日军情报人员通过电讯探知几乎静止的“约克城”号的具体方位，弗莱彻让“阿斯托利亚”号派2架寇蒂斯水上飞机前往中途岛，向珍珠港汇报现场的详细情况。弗莱彻告诉尼米兹，“约克城”号中3弹后无法航行，但“显然仍具有适航性”，同时由斯普鲁恩斯第十六特混舰队继续与敌交战。若无其他指示，第十七特混舰队将“保护并抢救受伤航母”。
13时35分，当“波特兰”号准备向航母传递牵引索时，奇迹出现。几乎静止的“约克城”号竟慢慢移动了，烟囱里接着冒出一团团蒸汽。在珊瑚海历经磨砺的“约克城”号的确不同凡响。在轮机官约翰·德拉尼少校指挥下，轮机工和锅炉工创造了奇迹。一等武器军士查尔斯·克兰史密斯和一号锅炉的水兵冒着令人窒息的呛人烟雾以及随时会被炸得粉身碎骨的危险，迅速烧出了足够的蒸汽，带动了辅助动力系统。技术娴熟的轮机工努力修复了排烟通道，3台锅炉恢复运转，这意味着“约克城”号的速度很快可以提高到20节以上。
“约克城”号上爆发出阵阵惊天动地的欢呼声。护航舰船将受伤航母团团围住，舰上传出兴奋与亲切的呼喊声，与航母上的欢呼声遥相呼应，此起彼伏。这一切温暖着巴克马斯特的心田，眼含热泪的上校不仅将“求救”旗换成了“我舰速度5节”的信号旗，同时在桅杆顶处升起了一面崭新的战旗。见此情景，弗莱彻立即取消了拖曳命令，重整队形向东南方向缓缓退却。
14时09分，东方天幕下爆出了一团火花。已跟踪美军长达3个小时的“筑摩”号五号机在2架“野猫”的夹击下化成碎片。美军看到1名机组成员跳伞，但岳琦正孝和飞行员原屋尚、电报员田口博也无一幸存。
到14时20分，“约克城”号航速已恢复到15节，14时37分更上升到19节。10架执行侦察任务的“无畏式”接到命令，完成搜索后不必返回航母直接飞往中途岛。当弗莱彻将航向调向正东时，水兵顿时欣喜若狂：“布雷默顿，我们来了！”尼米兹亲口许诺的“绝对不止两个星期”的度假仿佛就在眼前。
但英勇的“约克城”号注定再看不到任何陆地了。14时27分，“彭萨科拉”号的雷达已发出预警，西北方向80公里处另一批不明目标正快速逼近——那正是不屈不挠的山口派出的又一波攻击机队。
放飞小林机队之后，“飞龙”号一直到12时45分才收到前方传回的消息：“敌1艘航母起火，视线范围内看不到友机，我正在返航。”发来电报的不是小林、山下或近藤武宪3个大尉，而是第二小队中山俊松少尉。电报让山口和加来喜忧参半。喜的是攻击取得了显赫战果，成功瘫痪敌航母1艘。忧的是通常情况下中山是不会越过上级汇报的，他的电报预示着3个大尉可能已全部死亡。
山口在13时整得到了更确切的消息，它是从木村“长良”号上发过来的。曾为美军导航的“岚”号从海面上抓获了1名俘虏，他是“约克城”号的鱼雷机飞行员——来自芝加哥的威斯利·奥斯马斯少尉。“岚”号鱼雷长谷川清澄是舰上唯一懂点英文的人，审讯俘虏任务因此由他承担。谷川持刀进行威胁，23岁的少尉向日本人供认：美军参战航母有“约克城”号、“企业”号和“大黄蜂”号3艘，还有6艘巡洋舰和大约10艘驱逐舰。“约克城”号由2艘巡洋舰和3艘驱逐舰护航，单独作战。他们于5月31日离开珍珠港，6月1日抵达中途岛附近。这一事实也侧面说明了日军精心布置的潜艇警戒线为什么最终一事无成。
年轻人选择和日本人合作显然不会有好结果。当天下午，舰长渡边下令处决已无利用价值的俘虏，并将尸体抛入海中。渡边未能活过战争，如果他能幸存，也肯定会因战争罪行被美军处死。
奥斯马斯的供词很快得到证实。因发报机故障无奈返航的彗星新式侦察机回到机动部队上空时，“苍龙”号已中弹起火，只好降落在唯一的飞行甲板上。近藤勇告诉山口，“因发报机故障未能及时发回报告。敌舰队包含3艘航空母舰，其中一支编队位于受小林攻击那支编队的南方不远处”。
现在，孑然一身的“飞龙”号要独自面对3艘美军一流的航空母舰，显然日本人已毫无胜算。即使小林成功瘫痪了美军1艘航母，“飞龙”号残缺的攻击队也无法在与美军2艘航母对垒中取胜。投入军事力量越弱、受到的伤亡就越惨重——这是人类自有战争以来参与者都清楚的道理。如果之前小林的18架轰炸机只能重创敌1艘航母，指望更脆弱的10架鱼雷机击沉剩余2艘航母几无可能。但山口依然斗志昂扬，毫无惧色。他决心发起不间断的持续攻击，摧毁或重创美所有航母，为占据压倒性优势的水面舰艇开辟出一条胜利之路。
“飞龙”号舰桥上，加来正在给率第三攻击机群出击的友永丈市、桥本敏男和森茂3个大尉做最后指示：“不要再攻击被小林击中起火的那艘，尽量攻击另外2艘。如果附近海域未能发现其他航母，就再攻击那艘已受伤的航母。”山口和3人一一握手。多年以后，桥本仍清晰记得山口宽大柔软的手掌与他相握时的情景。随后，他们来到了甲板上，山口与每一位出击人员依次握手：“望勇敢战斗！我不会只让你们去牺牲。你们前面有小林君，你们先去，我随后就来。”可见山口此时已有了必死之心。
奉命出击的飞行员非常清楚，他们中的绝大多数人都不会回来。但在登上飞机座舱时，他们个个面带微笑。10架鱼雷机分成2组，友永和桥本各率5架。森茂的6架零战有4架原属“飞龙”号，其余2架来自正熊熊燃烧的“加贺”号。
尽管之前被打漏的油箱还未来得及修补，只带了一半油料的友永毅然坚持带队出击。有人认为友永只带一个油箱属于单程的敢死攻击，其实不然。美军舰队仅在160公里之外，当桥本要将飞机换给他时，友永谢绝道：“敌人离得很近，我完成攻击之后是可以返航的。”友永最后扫视了一眼正在发动的十几架飞机，这支小小的机队与早上壮观的机群相比，是何等寒碜。桥口信誓旦旦地表示：“我们决心击沉1艘敌舰，即使撞也要把它撞沉。”
13时15分，小林机队的第一架飞机返回航母。第二波攻击只有5架轰炸机和1架零战返航，几位大尉均不在其中。飞行员告诉山口，在东北方向160公里处发现了敌1艘航母和5艘巡洋舰，航母已经受攻起火，但不远处还有2艘。这进一步证明美军被俘飞行员的供述和近藤的汇报是准确无误的。
友永机队于13时31分开始升空。山口一动不动地望着飞机依次起飞。在场每个人都神情肃穆，默默向它们挥手告别，一些人泪水夺眶而出。
此时，“约克城”号位于“飞龙”号东北仅150公里处，第十六特混舰队约在200公里开外。14时30分，友永发现了65公里外的一支美军舰队。舰队中心的那艘航母正以24节正常速度行驶，舰上毫无起火迹象。他因此断定它绝不是小林刚攻击过的那艘航母，其实，它正是经紧急抢修，恢复了一定航速的“约克城”号。
此时，“约克城”号上空只有6架“野猫”可供彼得森抵御新一波入侵。这些飞机立即受命前往拦截，由萨奇率领的8架战斗机已在甲板后部列队等待出击，它们油箱里只有23加仑油料，但用于局部作战绰绰有余。航母再次停止加油并用二氧化碳吹洗航空汽油系统。斯普鲁恩斯的2艘航母远在东南37公里和65公里之外，无法立即提供支援。道只留下7架战斗机负责第十六特混舰队的上空保护，急调另外8架赶往西北驰援。但因距离过远，它们注定已无法及时阻止日机对“约克城”号的攻击。
14时40分，巴克马斯特操纵航母向右急转，迎风放飞了萨奇的8架“野猫”。美军战斗机飞出28公里后，与来袭的日机迎头相遇，随后爆发的空战是中午那场格斗的重演。尽管数量在不断减少，但日鱼雷机依然竭力摆脱“野猫”的拦截，向航母快速逼近。“约克城”号左后方的“彭萨科拉”号动用203毫米主炮和127毫米副炮对不断接近的敌机猛烈炮击，护航艘驱逐舰也纷纷开火。他们采用了史密斯少将发明的方法，用主炮对敌机前方海面实施炮击，掀起一串串倒挂的瀑布。萨奇率一众“野猫”拼死拦截来袭者。14时34分，友永狂呼：“全体攻击！”日机迅速分成2组，友永居右，桥本居左，对“约克城”号形成了两面夹击之势。
迅速逼近的友永第一分队飞行高度仅60米，甚至更低。飞机掠过护航舰只时，甲板上美军炮手甚至可以看见日军飞行员向他们挥舞拳头以示蔑视。一名炮手气得大骂：“小鬼子真他妈的玩命，竟然飞得这么低！”友永成为美军重点关照的对象，萨奇的“野猫”直接冲到友永右侧，一连串射击导致友永飞机起火。友永竭力保持飞机水平飞行，对航母右舷发动了一次教科书般的鱼雷攻击。鱼雷射出，他的飞机左翼变形，带着友永一头栽进航母的尾流之中。能死在后来的海军上将萨奇手上，友永也算死得其所，不过他投射的鱼雷并未命中。友永僚机投下的鱼雷同样未命中，在飞离战场时被第十六特混舰队前来支援的3架“野猫”击落。
第一分队剩余2机同样遇到麻烦。第一架飞机中弹起火后抛弃鱼雷，试图向“约克城”号发起自杀式撞击，被拍马杀到的比尔·莱纳德上尉成功击落。最后1架日机油箱中弹爆炸，投出的鱼雷也被航母成功规避。
桥本第二分队以v字形穿越“彭萨科拉”号和“拉塞尔”号之间的空隙，呼啸着向“约克城”号猛扑过来。在森茂、山本亨和山本旭3架零战拼死掩护下——其间森茂被“野猫”击落——桥本在近距离投下鱼雷，其身后2机同样投雷成功。只有来自“赤城”号西森进的发射装置出现故障，挂在飞机上的鱼雷就是不掉下去。完成投雷的日机迅速脱离战场遁向西方。
到达会合点的桥本清点队伍，发现5架鱼雷机和2架零战没能回来，其中包括友永和森茂的飞机。剩余5架鱼雷机有3架受损严重，别说继续参加战斗，连飞回航母都非常困难。14时45分，尽职尽责的桥本向山口发回了电报，“2条鱼雷准确命中1艘‘企业级’航母”，随后强调，“不是之前报告炸过的那艘”。
因日机发射鱼雷距离太近，巴克马斯特舰长难以完全规避。14时43分和44分，2条鱼雷相隔很近拦腰击中“航母左舷最脆弱的部分”，撕开了一个高9米、宽18米的大洞，造成了“比原先以为的更大的内部破坏”。“阿斯托利亚”号上，弗莱彻看到“棕色的烟雾和水柱在舰岛旁边冲天而起”。
日军的九一式航空鱼雷同样威力惊人。剧烈爆炸不仅使航母左舷3个锅炉舱被海水淹没，冲击波还导致所有锅炉熄火，蒸汽压力骤然下降。电力中断，全舰上下一片漆黑，舰舵卡死在左偏15度位置。航母再次停在海面上无法动弹，左倾17度——10分钟后已达到26度。飞行甲板急遽倒向海面，水兵连站立都非常困难。见此情景，“阿斯托利亚”号舰长弗朗西斯·斯康兰上校惊呼道：“上帝呀，它要翻了！”因电力中断，巴克马斯特无法靠反向注水扶正船身。奥尔德里奇和德拉尼的所有努力均无济于事。被炸坏的油舱淌出的燃油在倾斜的航母上四处流淌，形成一层薄薄的油膜，一丁点火星就能酿成席卷全舰的大火。接连遭受两轮痛击的“约克城”号已基本报销。巴克马斯特担心老伙计会继续倾斜，带着船上2300名水兵一起翻进海里，他必须尽快让大家下船。
无论发生何种情况，要舰长做出弃舰决定都是非常残酷的事情。与副舰长迪克西·基弗中校和飞行长阿诺德中校沟通之后，巴克马斯特痛苦地做出了弃舰决定。14时55分，上校下令升起了一面令人悲伤的蓝白信号旗──“弃舰”！
弗莱彻立即派4艘驱逐舰靠上前去撤离人员，其余舰只则继续执行反潜警戒。在“阿斯托利亚”号舰桥上，弗莱彻焦躁不安地注视着不远处的撤离，觉得它太不紧不慢、按部就班了。他说：“我都急坏了，觉得巴克马斯特做出弃舰的决定太晚了。”后来很多人指责巴克马斯特的弃舰决定太过草率，一向不爱吵架的弗莱彻对这种说法坚决反对。一直到很多年以后，他在回顾当时的情景时仍坚持认为：“我本人当时是真他妈的急，想快点把人撤下来。在我看来，把军官和那些优秀的水兵救出来是至关重要的。”他始终坚信巴克马斯特“在做出弃舰决定时进行了明智的判断”，根据“命令发出时‘约克城’号的外观，其他任何决定都是极其不可靠的”。
水兵将救生筏和一切能漂浮的物品全都扔进海里，在船舷外垂下了一条条绳索。4艘驱逐舰纷纷放下小艇，驶到近前搭救落水者。开战以来，“约克城”号虽进行过多次预防特殊危机的训练，但从未搞过救生演习。巴克马斯特认为弃舰演习将“严重打击官兵士气和自信心”。幸运的是，当时“海面像地毯一样平滑”，救援工作得以顺利进行。从航母上把伤员撤下来极为困难，甲板很滑，舰身严重倾斜，根本无法抬着担架在舰上行走，只好把担架放在甲板上拖，有时甚至直接肩背手抬。水兵纷纷纵身跳入海中，海上瞬间人头攒动。一些人戏谑地朝救生艇高喊：“喂！出租汽车！出租汽车！”
撤离进行得从容不迫，井然有序，没有出现任何恐慌。驱逐舰在塞满浸透油污的幸存者后迅速驶离，另一艘舰再开上去接班。“贝纳姆”号、“鲍尔奇”号、“拉塞尔”号接走了1700人。仅“贝纳姆”号就挤上去725人，舰长约瑟夫·沃辛顿少校开玩笑说，“船上只剩下立足之地了”。“莫里斯”号和“安德森”号救起了450人，最后上阵的“哈曼”号、“休斯”号只搭救了100多人。截至16时46分，救援暂时告一段落。驱逐舰共救起2280人。众多幸存者登舰严重影响了驱逐舰的稳定性和机动能力。
直到确认诸事均已就绪，巴克马斯特才离开指挥位置，对全舰进行了一次最后检查。上校希望借此机会对服役多年的航母倾诉衷肠，默默与它做最后的告别。他必须用手扶着栏杆一点点移动才不至于摔倒，甲板上某些地方“淌满了油，滑得很”。左舷机库甲板已泡在水中，他满意地看到活着的人全部撤离——其实漏掉了两人——来到舰尾抓住绳子，两手交替着沿舷边攀了下去。当接触到水面时，听到有人呼救，巴克马斯特迅速游过去，将在水中挣扎的一名炊事兵托上了救生筏，然后自己也爬了上去。
“哈曼”号将巴克马斯特送上了“阿斯托利亚”号。已登上巡洋舰的莱斯利少校满怀同情地回忆当时的情景：“这位英勇的军官沉默而吃力地爬上舷梯的境况，令人在心情沉重悲伤之余有了一丝欣慰，在继续行动前，他终于能够喘口气了。”个子很高的巴克马斯特“没戴帽子，没穿外套，没打领带，衬衫领口敞开，浑身被汗水和海水湿透，除了秉承天意继续战斗下去的不屈意志，他现在完全一无所有了”。
夜幕即将降临，弗莱彻猜测日军很可能正在策划夜间水面战斗，这是他们最擅长的。一旦毫无机动能力的“约克城”号被日军发现，其水面舰艇一定会毫不犹豫地冲上来将它击沉。他的6艘驱逐舰上挤满了幸存者，稳定性极差，再进行水面交战极为不利。17时32分，弗莱彻明智选择带剩余护卫舰只离开，向斯普鲁恩斯靠拢。初步核查救起的人数之后，弗莱彻下令只搭载23名幸存者的“休斯”号守在“约克城”号身边，通宵护卫。舰长唐纳德·拉姆齐少校受命禁止所有人登舰，并在“必要时击沉它以防落入敌手或大火蔓延”。如果上述情况并未出现，弗莱彻将在第二天早上再度返回。此前他已经致电珍珠港，请求尼米兹派拖船将航母拉走。绝望的“约克城”号就这样成为一艘被抛弃的船，尽管之前它那么英勇地顽强战斗。当“休斯”号于18时30分掉头驶向航母身边时，22公里之外，“阿斯托利亚”号上的弗莱彻凝视着掩映于夕阳之下的“约克城”号，久久不愿回头——将军将再也无法见到他壮丽的旗舰！
在随后发往珍珠港的电报中，弗莱彻说：“在遭到第二轮攻击后‘约克城’号显然正在下沉，未掌握攻击第十七特混舰队的敌军航母的位置。”
虽然弗莱彻对“约克城”号遭遇第二次打击并不感到意外，但不远处“企业”号上的斯普鲁恩斯和勃朗宁大惊失色。之前两人错误判断，日军全部航母均已失去战斗力，中途岛战役的航空战至此已经打赢了。对“约克城”号实施第一次攻击的敌机可能是10时30分在其母舰中弹前出发的。第十六特混舰队完全可以慢慢舔舐伤口，等空中巡逻的那些零战全部迫降后再“痛打落水狗”。现在两人突然发现，日军至少有1艘航母仍具备攻击力，或者另1艘生力军已抵达战场。
在此前3小时里，第十六特混舰队的2艘航母几乎毫无作为。作为几乎算无遗策的二战名将，斯普鲁恩斯正是凭借中途岛海战声名鹊起的。但他的声誉在6月4日中午时分摇摇欲坠。历史学家托马斯·比尔博士在《沉默的勇士——海军上将雷蒙德·斯普鲁恩斯传记》一书中明确指出，“奇怪的是，（此时）斯普鲁恩斯似乎犯了一个致命错误，他并没有派出任何侦察机。他本可以使用舰载机或者巡洋舰上的水上飞机，但事实上他什么也没有用”。他只是请求上级“尽可能提供敌军部队的方位和跟踪数据”，并未显出多少紧迫感。显然，他想让别人替自己发现敌舰，比如中途岛上的“卡塔琳娜”，比如“约克城”号已放飞的“无畏式”。
还有一个原因，第十六特混舰队同样遭受了巨大损失。这天上午，美军3艘航母共损失舰载机70架，其中战斗机12架、俯冲轰炸机21架、鱼雷机37架，折损率达40％。所幸飞行员折损率小很多，许多人最终被“卡塔琳娜”、巡逻艇或驱逐舰救起。“企业”号只有10架“无畏式”能够执行第二次攻击任务，不过，13时从“约克城”号上转过来的15架“无畏式”让“企业”号大大恢复了元气。鱼雷机只剩下区区3架，派出去也起不了多大作用。“大黄蜂”号情况更惨，鱼雷机队全军覆没，10架战斗机和14架俯冲轰炸机不知所终，后来发现有11架去了中途岛。之前寸功未立的米切尔少将急于改变首秀中的拙劣表现，在13时10分发信号给斯普鲁恩斯，“大黄蜂”号有20架俯冲轰炸机已在甲板上完成定位，随时可以出发攻敌。
在消灭日军残存航母之前，美国人根本没有安全可言。斯普鲁恩斯显然非常幸运，14时45分，在刚刚得知日军还有1艘航母时，他就收到了一封至关重要的明文电报：“发现敌1艘航母、1艘战列舰、3艘重巡洋舰、4艘驱逐舰，西经179度05分、北纬31度16分，航速15节，方向正北。”美军侦察机发现的正是日军仅存的航母“飞龙”号。
准确定位“飞龙”号，得益于弗莱彻之前为清空甲板仓促派出的那10架侦察轰炸机。塞缪尔·亚当斯上尉和哈兰·迪克森上尉在完成300度和320度扇区的指定搜索后，一无所获。两人没有直接返回，而是自作主张继续向南方侦察。亚当斯怀疑敌航母北上的距离可能不如预计的远，他们的极限搜索得到了丰厚回报。亚当斯在返航路线上准确定位了日军舰只的尾流。14时20分，“筑摩”号忽然升起烟雾并开始射击视野中出现的2架美机，10分钟后，“利根”号也开火了。日军的零战迅速前来拦截，但2架美机还是在击退了1架零战的攻击后成功逃逸。
如果没有亚当斯适时发回“飞龙”号的准确方位，斯普鲁恩斯不一定会发起攻击。日落之前，他已没有足够的时间先进行搜索再发起一轮进攻了。现在，被亚当斯成功定位的“飞龙”号已注定在劫难逃！
斯普鲁恩斯当即决定，出动2艘航母上所有俯冲轰炸机发起进攻——他始终坚持进攻必须不遗余力。15时10分，他发信号给米切尔，“攻击机群立即做好起飞准备，详情稍后提供”。3分钟后，他通报了敌舰构成、位置和航向。15时25分，第1架轰炸机开始起飞。到15时42分，“企业”号已升空“无畏式”25架——14架来自“约克城”号——其中11架携带454公斤炸弹，其余载227公斤炸弹。麦克拉斯基上次出击时手臂受伤，总指挥由资历仅次他的加拉赫上尉担任。考虑到日军至少还有1艘具备攻击能力的航母，优先照顾第十六特混舰队空中保护，没有派战斗机为攻击机群护航。
15时39分，斯普鲁恩斯命令“大黄蜂”号起飞攻击机群。4日这天的米切尔实在倒霉，并未收到亚当斯发出的电报，不知道再次发现了1艘敌军航母。虽然过早将20架轰炸机摆上了甲板，但从15时10分开始，他把主要精力用来回收刚从中途岛返回的11架轰炸机。这些飞机在中途岛降落之后，赛马德立即为之加油挂弹，命令它们到西北搜索并攻击日军航母，随后直接返回“大黄蜂”号，实在找不到自己的航母再返回中途岛。但这些飞机根本没有索敌，而是经过短途飞行直接飞回了“家”，它们的表现再次给米切尔脸上抹了一层锅灰。
一直到16时13分，“大黄蜂”才放飞了第一批16架轰炸机。米切尔利用空出的甲板回收了3架战斗机和2架刚起飞就出现故障的“无畏式”。16时16分，他再次出现失误，过早将舰队转向西方，整个起飞过程戛然而止。机库里预热的15架轰炸机连同大队长林、两个中队长和两个副中队长都被撂在了甲板上，等于当官的都没飞起来。时间紧迫，在匆忙弄清头顶盘旋的14架飞机的机组成员谁资历最深之后，16时24分，米切尔命令埃德加·斯特宾斯上尉“担任指挥并执行此次攻击”。斯特宾斯于是率队沿287度方向前往追赶“企业”号的攻击机群。米切尔的做法引起了飞行员特别是林和几个中队长的强烈不满。
美军这一波机群共有飞机38架——“企业”号1架飞机因故障中途返航。即使到了这个时候，只有2艘航母，出动的是单一的俯冲轰炸机，美国人也无法实现良好的协同。所幸战斗已到了收官阶段，38架“无畏式”足以撕开“飞龙”号孱弱的防御。
攻击机群起飞之后，斯普鲁恩斯在18时11分发信号给弗莱彻：“第十六特混舰队的机群现正准备攻击你部侦察机发现的第4艘航母，‘大黄蜂’号大约在我以东30海里之外，我部拟向西航行至回收攻击机群为止。你对今后的作战有何指示？”如此彬彬有礼的请示使弗莱彻必须尽快做出抉择。他不能靠遥控实施空战指挥，更不能在信号传递和无线电联络之类的繁文缛节上浪费时间。他要么登上“大黄蜂”号，要么授权斯普鲁恩斯全权指挥。前者要花费很多时间，等于彻底改组了特混舰队，势必造成新的混乱。弗莱彻不忌讳他人分享功劳，立即回信号说：“没有，同意你的所有行动。”战后，斯普鲁恩斯回忆说，他永远都感激弗莱彻的这一决定，“他是我的上级，我不知道他自己打算怎么做，也不知道他希望我怎么做。他的回复是令我感激至今的消息”。可以说，是哈尔西和弗莱彻联手成全了斯普鲁恩斯的一世英名。战史专家戈登·布兰奇将这一举动评价为“高尚无私之举和爱国精神的具体体现”。但弗莱彻这一大度的举动为众多无聊者贬低他在中途岛海战中所起的作用打开了方便之门。后来在官方圈子中出现了“弗莱彻自愿将战术指挥权交给下级”的批评言论，老酒猜测这种无聊说法很可能来自对弗莱彻不太感冒的金。
15时40分，“飞龙”号开始收容友永机队的幸存者，过程充满了悲伤气氛。正如山口和加来所料，友永不在返航之列。只有9架飞机返航——鱼雷机5架、战斗机4架，其中分别有2架和3架伤重无法使用。
虽然残余兵力少得可怜且几乎所有人都精疲力竭，但在听取了桥本的汇报之后，山口依然决定第四次攻击，他对此前两波攻击的战果相当满意。现在正是他集结残余力量，一举击沉美军最后一艘航母的绝佳机会。“飞龙”号在海上劈波斩浪，往返驰骋，舰上及护航船只的水兵齐声振臂高呼：“‘飞龙’号，报仇雪恨！”但这不过是回光返照而已，美国人很快就会告诉他们什么叫“旧仇未报，又添新恨”。
16时30分，山口发信号给南云：“拟使用现存全部5架轰炸机、5架鱼雷机、10架零战于黄昏时发起进攻，歼灭残敌。”山口不知道小林和友永攻击的是同一艘航母——以后也永远不会知道了。17时，山口再次致电南云，“第三波攻击结果，敌1艘‘企业级’航母中了至少2条鱼雷”，并强调“不是之前说过的那艘航母”。以日军鱼雷的巨大威力，谁都清楚被命中2条是致命的。
看到飞行员个个累得头都抬不起来，舰长加来决定给他们服用兴奋剂。从医务室取来的药瓶上标有神秘的“航空药片a”字样。飞行长川口益觉得这些药片看上去像催眠药，加来因此大发脾气，迅速叫来医务人员予以确认。见此情景，山口决定将第四次攻击推迟90分钟，让飞行员得到食物和片刻喘息，他们到现在还没吃午饭。桥本累得连饭都无法下咽，直接到待命室的棕色皮革长椅上躺下，很快就进入了梦乡。
日军的侦察工作再次因一次意外事件得到加强。16时30分刚过，“长良”号发现前方水面上出现了不明红色物体，木村遂命“卷云”号前往查明。如系美国人，就要“审问俘虏，查明敌情，然后予以适当处理”，随后他们俘获了“企业”号飞行员弗兰克·弗莱哈迪少尉和机枪手布鲁诺·盖博二等兵。刚开始日军并没虐待他们，还派医生给两人疗伤，有些水兵还给烟抽。但当他们拒绝回答问题时，负责审讯的胜又隆一掏出匕首以死相胁。两名俘虏供述了有关中途岛防务极为准确的情报，但对两支特混舰队的情况只字未提。几天后，“卷云”号受命前往阿留申群岛，舰长藤田勇认为俘虏已毫无作用，于是用两人的私人财产——其中一件是弗莱哈迪那只镌刻着充满无限柔情的“赠给举世无双的丈夫”字样的打火机——作为奖赏，但仍然没人愿充当刽子手。当天深夜，两个美国人被蒙住双眼带上甲板，身体绑上灌满水的5加仑油箱悬挂在船的一侧，随后被残忍抛入大海。
16时45分，加拉赫机群发现了55公里外的“飞龙”号，也看到了南面海天相接处袅袅升起的3柱黑烟。从5800米高度下降的美军机群逐渐进入攻击轨道。加拉赫下令“企业”号的飞机跟随他一起攻击“飞龙”号，沙姆韦则率“约克城”号的14架飞机解决附近一艘漂亮的战列舰——那无疑正是“榛名”号。在主攻目标毫发未损的情况下，将半数以上攻击力量调作他用无疑是极不明智的。
17时01分，“筑摩”号发现左舷方向出现美机并立即鸣炮示警。此时“飞龙”号上空有13架零战，全部来自那3艘燃烧的航母。混合编队中有9架来自“苍龙”号和“加贺”号，带队者是“加贺”号的饭塚雅夫，其余4架来自“赤城”号，指挥官是白根斐夫。虽然已经精疲力竭，但日军飞行员的阻击近乎疯狂，他们非常清楚一旦唯一的“飞龙”号被美军击沉，他们只有战死或迫降两条路可走。双方甫一短兵相接，美军2架轰炸机就中弹坠入大海。
眼见美机不断逼近，舰长加来操舰急速向右转舵，将舰首对准来袭者，高炮也在瞬间打响。“长良”号上，记者牧岛痛苦地闭上了眼睛。加拉赫对准“飞龙”号甲板上鲜红的圆圈直冲而下。加来操舰来了个急转，加拉赫的瞄准完全落空。他努力想把炸弹投下去，却因用力过猛腰部扭伤。炸弹落在“飞龙”号尾流之中，美军随后投下的2弹均未命中。
看到同伴投下的炸弹连续落空，沙姆韦毅然决定放弃攻击“榛名”号，掉头向“飞龙”号发起俯冲。他的决定无疑非常明智。面对加拉赫、沙姆韦、贝斯特3支高速俯冲的机队，“飞龙”号显然已无力应付。沙姆韦投下的炸弹准确命中航母——也算为老东家“约克城”号报了仇。紧接着有3颗炸弹相继命中。“看，它烧起来了，那些畜生！”加拉赫对着话筒大喊道。后来美军飞行员说，他们都是以航母甲板上的“日之丸”作为瞄准目标的。
“飞龙”号的飞行甲板被炸得向上翻起，无法控制的大火吞噬了整个机库，也毁掉了山本挽回败局的一切希望。大火阻断了舰桥通往舰首的通道，前部机库中的19架零战全被烧毁，附近人员无一幸存。一颗炸弹炸毁了前部升降机，电梯同时被炸成碎片。在船尾的空中控制站，川口益被爆炸激起的气浪直接抛到甲板上。他身边的有村嘉一左半边身子严重受伤，下颌破裂，肺部扎伤，左腿骨折，软软地倒在了飞机控制塔下。但川口竟然并未受伤，当另一颗炸弹落下来时，他已经逃离了飞行甲板。
“飞龙”号依然疯了似的以30节高速航行。此时加来进退两难，只要美军轰炸机还在空中，为躲避攻击他就只能让航母高速前进。火借风势，风助火威，大火迅速向全舰蔓延，消防作业变得越发困难。记者牧岛的担心最终战胜了理智，他睁开眼，看到前方的“飞龙”号从头到尾全是大火，依然“像头发了狂的牛一样拼命奔跑”。
“飞龙”号第四波攻击原定由桥本指挥，此时他正躺在待命室的长椅上睡觉。第一次爆炸把他从长椅上震落下来，刹那间他就被浓烟包围。过道上挤满了底舱里爬上来的人。又一声爆炸把航母震得剧烈颤动，所有灯都熄灭了。几乎窒息的桥本朝一个有亮光的地方跑去，那原来是一个被炸出的洞，洞外的一切都在燃烧。幸亏桥本戴着手套，才冒死从洞里爬了出来。但他没戴帽子，溅在头上的火星把头发都点着了。旁边有人递给他一个防毒面具，尽管它烧得只剩一半且全是灰尘，桥本还是十分感激地接过来扣在脸上。
看到“飞龙”号已无可挽救，美军最后几架飞机转而攻击“榛名”号。舰长高间轻松躲过了所有攻击，只是两舷各挨了1颗“超近失弹”。
正待加拉赫率队撤离时，“大黄蜂”号轰炸机群适时赶到，此时是17时12分。熊熊燃烧的“飞龙”号显然已无攻击价值，斯特宾斯率队向2艘重巡洋舰发起了攻击。“利根”号舰首、舰尾附近都落下了炸弹，最近的距舰仅50米。“筑摩”号避开了落在舰首左舷外侧100米处的炸弹。
17时52分，“筑摩”号再次发现了2支来袭美军机群。从硕大的体形可以看出，那无疑是美国陆军的空中堡垒。中途岛同样收到了亚当斯发出的接敌电报，拉姆齐和赛马德立即命令斯威尼率6架b-17前往攻击。恰好乔治·布莱基少校率6架空中堡垒从夏威夷前来增援，拉姆齐命令他们先不降落，直接前往攻击日军第四艘航空母舰。
在日军的阵阵叫骂声中，美陆军飞行员把炸弹全部丢在了大海里，炸死了不少鱼鳖虾蟹。几架飞机对“飞龙”号扫射导致几名水兵伤亡。返航之后他们宣称，“命中1艘航空母舰、1艘战列舰或重巡洋舰”。
撤退的b-17遭到了零战的追击。此时日军飞行员已濒临崩溃，“飞龙”号再也无法接纳他们了，他们只能迫降海上等待驱逐舰的救援。被烈火和浓烟围绕的“飞龙”号依然在高速向西北航行。
在不被人注意的一处海面，幸运的盖伊栖伏在那块坐垫上，目睹了战斗的全过程。夜幕降临时，日军舰队绝望地向北驶去。他总算可以充起橡皮筏了。被“卡塔琳娜”救起的盖伊乘“文森斯”号回到珍珠港，得到了尼米兹的亲自接见。他向司令官讲述了战友们的悲壮牺牲，确认了3艘日军航母被击沉的事实。1942年8月31日，美国《生活》杂志对盖伊的经历做了专题报道，他因此被授予海军十字勋章。康复后的盖伊重返前线，参加了更为血腥的瓜岛战役，随后成为飞行教官，战争结束后以中校军衔退役，成为一名民航飞行员。英俊潇洒且口才极佳的盖伊，经常受邀向公众讲述自己在中途岛的亲身经历，并撰写了回忆录《唯一的幸存者》。1975年，盖伊充当了电影《中途岛战役》的特别顾问，在1992年4月11日出席了“中途岛”号航空母舰的退役典礼。1994年10月21日，盖伊因心脏病在佐治亚州去世，骨灰被撒在沃尔德伦等29位同伴英勇捐躯的那一片海域。
在珍珠港，尼米兹在焦灼不安中度过了跌宕起伏的6月4日，这一天后来被称作太平洋战争最重要的一天。战斗打响之后，这位战役总设计师反倒没事儿可做了。事实证明，远隔重洋关注一场事关国家命运和个人荣辱的海空大战是异常折磨神经的。10时刚过，通信中心听到“企业”号电台在频繁呼叫“进攻”！有人听出那是勃朗宁的声音，表明美军已经发现敌舰并得到了进攻命令，之后又陷入了长时间的沉寂。
参谋们认为，此时没有消息可能正是好消息，至少不能说是坏消息。大约11时，h站截获了一份直接用日文发出的电报片断，“报告敌军航母位置”。电报显然是发给1架侦察机的，意味着至少有1艘日军航母已做好了反击准备。15分钟后，罗彻福特再次截获到一份收件人不详的密码长电。电台呼号是南云的，但发报的已不是“赤城”号那位手法极重的报务员了。罗彻福特的一位属下从指法判断出，发报的是“长良”号的报务主任，说明此时南云可能已转移到轻巡洋舰上。战斗正在激烈进行，南云不可能忙里偷闲登上1艘巡洋舰视察。这就透露出两个消息：一是“赤城”号可能遭遇不测，不能再作为旗舰使用；二是其他航母很可能也出了类似问题，南云临时选择1艘轻巡洋舰作为新旗舰。这对焦虑万分的尼米兹无疑是个好消息。
但很快就有坏消息传来，弗莱彻来电说“约克城”号遭遇攻击，暂时失去战斗能力。此后一个大喜讯让刚在司令部升起的阴霾一扫而空。斯普鲁恩斯来电称，他们的飞机不仅找到了全部4艘日军航母还痛击了它们。随后到来的是“约克城”号第二次遭袭的坏消息。显而易见，敌人尚有一条完好无损的飞行甲板。接踵而至的又一条信息及时扭转了局面，1架侦察机准确定位了2次袭击“约克城”号的罪魁祸首，斯普鲁恩斯有望在天黑之前摧毁它。紧接着1架“卡塔琳娜”发来了大快人心的消息，西奥多·楚森少尉的电报称“日军3艘航母正在燃烧”。后来又有消息说，“鹦鹉螺”号的鱼雷击中了1艘先前受伤的敌军航母，这不禁让潜艇兵出身的尼米兹心花怒放。
但楚森电报的最后一句话让尼米兹再次担心起来，“发现了本应在上午攻击后就无法升空的零战”。18时47分，太平洋舰队司令部提醒各部：“战场上可能仍存在未遭打击的敌军航母。”尼米兹在19时07分致电弗莱彻和斯普鲁恩斯，截至18时29分，日本人“据信正在引导飞机”，说明敌军空中力量尚未被完全摧毁。实际上，楚森最后一句话是错误的，他只遭到了1架零战的攻击，并已目睹其在海上迫降。
斯普鲁恩斯没有继续提供关于第四艘航母的消息。持续积累的巨大压力加上情报的缺乏，让一贯镇定自若的尼米兹略显失态。莱顿回忆说，“他不断向柯茨索要最新报告，我从未见他如此狂躁过”。对司令官的质问，柯茨坦承“不知道”，表示也不想发出催问电报。尼米兹同意他的做法。此刻，他必须让两人集中精力用于作战，而不是分心向自己汇报。
22时，珍珠港终于收到了斯普鲁恩斯发来的电报，“从17时到18时，‘企业’号和‘大黄蜂’号轰炸了一支包括1艘航母、2艘战列舰，至少2艘重巡洋舰和多艘驱逐舰的日军舰队，导致那艘航母燃烧，还有1艘战列舰也被点着，敌军以15节速度西撤，在该方向更远处还有3艘起火的军舰，据信是先前被我军攻击过的敌人航母”。斯普鲁恩斯同时请求，由中途岛的“卡塔琳娜”继续及时提供第二天的敌情。
尼米兹脸上终于露出了灿烂的微笑，看来战局已被决定性扭转，敌军4艘航母可以肯定已无法挽救。只要斯普鲁恩斯不犯下大错，美国人就胜券在握。他相信一向谨慎的斯普鲁恩斯是不会犯大错的。尼米兹在1时45分欣然回电：“第二次攻击简直棒极了！”
午夜时分，尼米兹仔细回味了当天的战况，不失本色地做出了鼓舞人心的表态。他授权特雷梅尔以自己的名义向参战部队发出了祝捷电报——同时抄送金和埃蒙斯：“你们这些参加中途岛之战的战士已经为我国历史写下了辉煌一页。与你们共事令我骄傲。我估计再全力奋战一天，你们就能彻底击败敌人。”
5日零时过后不久，尼米兹再次发出了通报：“目前战报尚不完整，但敌人如能集结起足够的飞机，将会继续与我剩余的2艘航母进行作战，以求实现对中途岛的登陆。”之后他特意加了一句——这话显然说给金听的——“我军将实施适当形式的夜袭”。在电报最后，尼米兹指出，“萨拉托加”号将于6月6日抵达珍珠港，“将在加油后立即出战”。
由于是从西海岸起航，“萨拉托加”号携带的飞机多达107架——战斗机47架、俯冲轰炸机45架、鱼雷机15架，其中包括10架最新型的“复仇者”。上述飞机分属7个完整或不完整的中队。事实上，从4日10时28分起，日军已输掉了这场至关重要的战役。
军中不可一时无帅。就在南云率一众幕僚恓恓惶惶奔往“长良”号之时，阿部弘毅接过了机动部队的指挥权。虽然名气比阿部更大，能力也远比阿部更强，但可怜的山口又成了打酱油的，威克岛第二次攻防战时的情景再次重演。不过机动部队现在仅存“飞龙”号，山口自然取得了航空战的指挥权。现在，日军最后取胜的渺茫希望就寄托在山口身上了。沉着、自信、智勇双全的山口在日本海军深孚众望，被公认为山本的最佳接班人。与斯普鲁恩斯在美国海军被称作“海军上将中的海军上将”类似，山口在日本海军同样被誉为“水军提督中的水军提督”。他甚至赢得了对手美国人的高度赞誉，就像日本人高度评价斯普鲁恩斯那样。从随后进程来看，连南云都不放在眼里的山口根本没将阿部当盘菜看。
阿部将护航舰只一分为二，一部支援正在燃烧的3艘航母，另一部则护卫“飞龙”号快速驶向东北。10时50分，阿部向山口下达了作战命令：“迅速起飞舰载机攻击敌航空母舰！”山口根本不需要他的指示，他迅速给阿部回复信号：“我部飞机正准备起飞，前往消灭敌人！”一向自命不凡的山口终于有了大显身手的机会。如果能以孤军力挽危局，返航时让那个牛皮哄哄的南云像孙子一样跟在自己身后闻屁，那是多么惬意和开心的事呀！由于在对中途岛的第一轮攻击中损失最大，“飞龙”号此时只剩37架飞机——战斗机10架、俯冲轰炸机18架、鱼雷机9架。空中尚有27架零战盘旋，它们大部分属于另外3艘燃烧的航母。刚返航不久的鱼雷机仍在加油挂雷，当阿部下令进攻时，山口派不出由鱼雷机和轰炸机组成的最佳组合。如果等友永的鱼雷机装备完毕，至少还要1个小时。山口没有丝毫迟疑，迅疾把能升空的俯冲轰炸机悉数派出。
攻击机群由小林道雄统一指挥。小林亲率第一中队的9架俯冲轰炸机，第二中队的9架由山下途二指挥。重松康弘率6架零战负责护航。重松和几个战斗机飞行员刚从中途岛返回，人困机乏，但危难之际只好受命再次出击。
此时“飞龙”号上气氛肃穆，飞行员之间完全没了平时的嬉笑打闹。舰长加来亲自为出征飞行员做最后指示，他指着不远处3条巨大的黑色烟柱告诉众人，现在他们是机动部队仅存的一支编队。他要求大家不仅要尽快找到敌人发出致命的攻击，而且要尽可能返回母舰。攻击必须明智而不能轻率出击，以最大限度保存自己。
山口以刚毅沉稳的语调告诉飞行员：“现在我们只剩‘飞龙’号了。我们将牺牲自己，消灭该死的敌人。值此生死存亡之际，你们身上寄托着大日本帝国海军的希望。我命令你们，誓死奋战杀敌，为帝国争光，为正在燃烧的‘赤城’号、‘加贺’号和‘苍龙’号报仇！”
山口和加来走上前去，和站成一排的飞行员依次握手。“拜托了！”山口最后在指挥官小林面前站定，双手板住他的肩膀用力晃了晃：“皇国兴衰，在此一举！”在山口充满期许的目光注视下，小林激动得两腮青筋暴跳，牙齿咯咯作响，一句话也说不出来。设备参谋久马武男清楚这并非胆怯，而体现了小林誓死完成任务的“决心和信心”。后来他回忆说，“如此感人的场面我还从来没见到过”。小林向山口立正敬礼，毅然转身登上了飞机。10时59分，小林机队开始起飞。7分钟后，攻击机群完成空中编队向东北方向疾驰而去。站在甲板上的人都眼含热泪，以目光默默为出击的飞行员壮行——这回终于不挥舞手臂和帽子欢呼了。
小林机群出发之后，“飞龙”号继续沿30度向东北高速航行，与美军舰队距离不断拉近。其间，“飞龙”号收容了“赤城”号7架零战，现在它们完全成了没娘的孩子。不远处的海面上，“苍龙”号甲板上大火肆虐，黑色浓烟从航母内部喷涌而出，气势恢宏。“飞龙”号1名军官如此形容当时那艘航母的场景，“它就像被切成两半的萝卜，在航母某些部分，甚至可以透过空隙直接看到另一侧”。山口问通信参谋“还能与‘苍龙’号联系上吗”，并发出了“奋力抢救航母”的命令，姊妹舰上毫无回音。
此前“筑摩”号五号机已接替了甘利，岳琦在10时45分准确定位第十七特混舰队。弗莱彻此时位于“飞龙”号东北176公里，斯普鲁恩斯大致在同一方向，距离仅170公里。比岳琦更早，“苍龙”号那架新式侦察机早在10时就抵达甘利提供的敌军位置附近，但什么也没找到。飞行员饭田昌宗继续向南搜索，1小时后发现了2支美军舰队，并正确识别了所有3艘航母。中途岛海战日本人的运气简直背到姥姥家了，就在此时，电报员近藤勇的无线电设备失灵，电报无法及时发出。近藤只好立即返航，回舰队当面汇报情况。因此一直临近中午，山口才得知美军作战力量分为2部分，其中至少有3艘航母。
11时整，阿部电令侦察机“报告敌军航母位置，为攻击队群带路”。10分钟后岳琦回电，“敌舰位于70度方位，距我舰队90海里”。这岳琦素质显然比甘利高不少，发回的位置非常准确。11时30分，山口不耐烦地打信号给阿部，“请派出水上侦察机，采取有效措施，掌握那艘敌军航母的行踪”。这种口气不像是下属，倒像是上司在给部下发布命令。实际阿部只当了40分钟指挥官，11时30分，“长良”号上的南云已继续行使指挥权了。
山口迅速将岳琦电报发给小林攻击机群：“敌军在我70度方向，距离90海里。”岳琦发现的正是弗莱彻的第十七特混舰队。敌人竟然在自己眼皮底下，小林一小时左右就有可能发起攻击。以前总为找不到他们发愁，现在敌人近在眼前，却派不出更多攻击力量了，此时山口的郁闷心情可想而知。11时20分，他第二次同时向山本、近藤、南云、阿部发出通报：“第二波18架俯冲轰炸机和6架战斗机已出发，一小时内将放飞由9架鱼雷机和3架战斗机组成的第三攻击波。”
10分钟后，“赤城”号铃木繁驾驶的1架鱼雷机意外降落在“飞龙”号上。这在以前再平凡不过了，但现在铃木受到了热烈欢迎。对损失惨重的“飞龙”号来说，现在每1架飞机都弥足珍贵，它很快就完成了加油挂雷。
“长良”号上，已收回指挥权的南云倒不在乎有没有中将将旗，他脑海里已有了一个更大的作战计划。岳琦电报表明，敌人竟然就在170公里之外，这是他目前接到的最好消息。敌人显然在不断靠近，如果运气好，相向高速而行的两军白天就可能爆发一场水面战斗，这是鱼雷战专家南云最拿手的事情。
南云没有半点踌躇，迅速下定决心继续战斗，试图通过水面决战来挽回败局。“长良”号开始驶离浓烟滚滚的“赤城”号向前快速航行。现在南云要用手头的1艘航母、2艘战列舰、3艘巡洋舰去独自面对胜利或失败，至少要将刚才受到的侮辱还回去一部分。因“矶风”号和“滨风”号陪在“苍龙”号身边，“野分”号和“岚”号护卫“赤城”号，“萩风”号和“舞风”号绕着“加贺”号转圈，南云可以使用的驱逐舰只有5艘，但他的斗志丝毫未减。
很快就有好消息传来。正午，近藤发来电报，“我部正向你靠近，航向50度，航速28节”。南云闻此，信心倍增。他确信之前已有效打击了美军鱼雷机队。一旦美军无法实施有效的鱼雷攻击，他们想击沉自己的水面舰艇就会显得力不从心。充分利用自己的优势舰炮和鱼雷，贴近敌人实施近身肉搏的可能性就会大大增加。如果“飞龙”号再能成功瘫痪1艘或更多美军航母，这种可能就将变得更加现实。
在放飞攻击机群之后的一段时间里，“约克城”号上的弗莱彻对前线战况所知甚少。8时57分，他曾截收到一封斯威尼发出的电报，说陆军b-17击伤敌1艘航空母舰，但并未说明具体方位。虽然对b-17攻击水面舰艇的水平以及陆军飞行员战果评估的准确性心存疑虑，但弗莱彻衷心希望那是真的。“企业”号上，一向沉稳的斯普鲁恩斯已流露出明显不安。他和参谋长勃朗宁认为，攻击机群应在9时20分左右发现敌军舰队。但这个时间过了许久，依然没有任何接触报告发回。相比弗莱彻而言，斯普鲁恩斯的飞机起飞早近2个小时，此时燃油已经很紧张了。9时52分，格雷发回的那份关于日军舰队组成和要求返航的电报，对局势判断和下步作战用处不大。此时2支舰队已拉开一段距离，彼得森少校从“企业”号道少校手里接管了“约克城”号空中巡逻战斗机的指挥权。
到11时，肖特的17架侦察轰炸机已在甲板上静静躺了近2个小时。迟迟收不到中途岛发来的进一步报告，令弗莱彻苦恼异常。虽然尚未发现日军第二个航母群，可他实在等不起了。再过45分钟，航母必须腾出甲板供战斗巡逻的“野猫”和返航的攻击机着舰。考虑到第十六特混舰队提前放飞了攻击机群，弗莱彻于11时04分发信号给斯普鲁恩斯，“你的飞机返航后，告诉我敌军位置、航速和航向，我有一个中队的轰炸机尚未出动”。
11时20分，莱斯利机队出现在弗莱彻视野之中。闪光灯发出的信号表示“击沉敌军1艘航母”。大喜过望的弗莱彻立即通过信号旗将好消息通知了整支舰队，并告诉斯普鲁恩斯：“敌军1艘航母沉没，‘约克城’号立功了。”此时林赛的鱼雷机和萨奇的战斗机依然踪影皆无。由于此前空中已多次出现敌军侦察机的魅影，11时20分，弗莱彻升起了信号旗：“我军可能已被敌人发现。”
弗莱彻必须尽快处置待机了3个小时的肖特机队。综合之前收到的消息，他认为现在已有足够攻击机对敌人发起了进攻，肖特的17架“无畏式”就是立即前往也不会起到太大作用。当务之急是尽快定位日军第二个航母群。弗莱彻相信那2～3艘航母肯定就在2艘前锋舰北面或西北面，11时35分，他命令其中10架侦察轰炸机起飞，在西北和北方搜索390公里——正是这一举措准确定位了“飞龙”号。另外7架已加油挂弹的“无畏式”则放回进机库以清空甲板。在回收第一波飞机后，它们可加入其中参加下一波攻击。6架原定随肖特出击的“野猫”立即升空，替换空中巡逻的6架战斗机。
甲板清空之后，“企业”号2架受伤的“无畏式”在11时50分砰然降落。紧随其后的是空中巡逻的6架和萨奇的4架“野猫”。莱斯利机队此刻还在上空盘旋，林赛鱼雷机队依然毫无踪影——它们几乎都回不来了。
随后斯普鲁恩斯发信号说，他的飞机只攻击了敌军2艘航母，第十六特混舰队将“再次攻击”，但必须回收第一攻击波并补充油弹。鉴于位置可能已经暴露，弗莱彻适时打破无线电静默致电尼米兹，“我军已进攻了之前发现的那2艘航母”，但“还没有得到其他航母的消息，我军已被敌人发现”。
11时52分，“约克城”号的cxam舰载雷达在西南255度60公里外测到了强烈的回波，目标很快化作了“大队机群”。雷达显示机群正在逐渐爬升，如果是返航的自己人，那降落前的动作正好相反。日本人的进攻已迫在眉睫，彼得森迅速升空了12架“野猫”，以2架为一组前往截击，同时向“企业”号的道少校发出了紧急求援信号。
巴克马斯特立即下令停止为甲板上的战斗机加油，所有人员全部进入战斗岗位。舰上还采取了一项特殊措施，用二氧化碳吹洗航空汽油管道系统，并在储油罐周围注满这种气体。这是航空加油机械师奥斯卡·迈尔斯根据“列克星敦”号在珊瑚海的悲惨遭遇，同时结合“约克城”号受伤及后来的维修经历特意设计的“二氧化碳吹洗系统”——这一创新后来在美军航母上广泛推广。一个装有“约800加仑纯净航空汽油的辅助油罐”被扔进海里。敌机正在不断逼近，“约克城”号提速至25节并发出信号，“各护航舰只立即排成v形编队以对付空袭”。“阿斯托利亚”号和“波特兰”号立即加速至30节，驶至航母舰首两侧2000～3000米处展开，5艘驱逐舰则填补防卫圈中的空当。所有高射炮齐刷刷昂起了头，黑洞洞的炮口指向了敌机来袭的西南方向。
此时，美军2支舰队距离已拉大到28公里。“企业”号和“大黄蜂”号相距约18公里，正在回收返航的飞机，空中巡逻的“野猫”有19架。2舰另有25架“野猫”，但因收容工作占用了甲板，无法起飞。道倾其所能，帮助彼得森，派出8架战斗机前往拦截55公里外的敌机。这样就有20架阵形松散的“野猫”来保卫“约克城”号，如此力量对付日军24架飞机明显是不太宽裕的。
前方不断逼近的正是小林攻击机群。俯冲轰炸机通常采用高空飞行，狡猾的小林知道美军配有雷达，特意在开始阶段采取低空飞行，到后半段才渐渐爬升，这正是美军雷达未能在更远距离上发现敌机的原因。飞行途中，重松发现有敌鱼雷机从下方飞过——实际那是查尔斯·威尔上尉率领的“企业”号俯冲轰炸机队——于是决定发起攻击。此时进攻对自己航母不构成直接威胁的“鱼雷机”显然极不明智，重松再次忘了自己的任务是“保护孩子”而不是“打狼”。威尔那些投过弹的“无畏式”始终保持密集阵形，日军零战无从下手。轻装“无畏式”同样具有出色的格斗性能，重松一味斗狠的无聊攻击没有击落1架美机，峰岸义次郎和佐佐木齐的2架零战反被美军击成重伤，只好提前掉头返航。前者成功飞回航母，经简单维修后得以掩护下一波的友永机队。后者因伤势过重迫降海上。当重松率其余4架零战前往追赶小林时，它们早已消失得无影无踪。即便此时战斗机护航是如此必要，但小林在攻击前失去了重松的掩护。日本人的呆板和鲁莽由此可见一斑。
11时55分，小林发现了前方海面上的“约克城”号。眼见敌机快速迫近，彼得森向空中战斗机飞行员发出了激励呼号：“上啊，红衣小伙子们，干掉他们！”此时弗莱彻正在指挥所伏案查看海图，一名参谋匆匆跑进来告诉他：“长官，敌机来了！”弗莱彻笑着双手举过头顶，“哦，我已经戴上我的钢盔了，现在别的事儿我也干不了”，随后，他带着参谋长刘易斯上校和一众参谋登上舰桥，观摩日军的进攻。
小林机群大约还在30公里外，美军“野猫”已经迎面扑了上去。激烈的空战随即打响，场面惨烈。空中格斗离“约克城”号越来越近，7架日机相继中弹坠海，阵形被彻底冲散的残余日机毫不畏惧，从不同方向向“约克城”号猛冲。护航舰只高射炮火在12时06分轰然打响，天空朵朵黑色蘑菇云，连30公里外的斯普鲁恩斯都看得清清楚楚。美军水兵对敌人俯冲轰炸机纷纷投以敬佩的目光，他们看到的正是敌人最富攻击力和最有经验的一群家伙。他们攻击凌厉、冷静而谨慎，当凶狠的对空火力射来时，他们往往能采取极限操作来摆脱威胁。从表现看，他们完全无愧于“a级攻击部队”的称号。
就在此时，重松率4架战斗机姗姗来到战场。随后爆发的是性能优越的零战与数量占优的“野猫”间的一场空战。美军飞行员竭尽全力试图弥补双方的差距，但日军的顽强搏杀还是为残余的轰炸机开辟了一条空中通道。除重松13时38分回到“飞龙”号外，他身后的户高升、由本末吉、千代岛丰全部战死。
仅7架日军俯冲轰炸机冲出重围抵达俯冲点。12时11分，第一架日机从“约克城”号船尾方向呼啸而下，直到最后一秒依然保持着俯冲姿态。在目击者眼中，这名日军飞行员根本没打算活着回去。巴克马斯特再次使出机动技巧实施规避，但显然已无济于事。美军28毫米和20毫米高炮将日机生生扯为3截，但飞机投下的242公斤炸弹仍然准确命中航母，将中部升降机后面4米处的飞行甲板炸开了一个大洞。剧烈爆炸导致两个28毫米高炮炮组成员17人阵亡、18人受伤。机库内3架“无畏式”起火，埃默森上尉立即带人打开消防装置将火扑灭，才没引发更大灾难。
第二架日机依然沿着相同航线从舰尾一路俯冲下来，同样被美军高射炮火撕成碎片，一头扎进航母尾流之中。飞落的炸弹啸叫着紧擦舰尾入水爆炸，飞溅的弹片杀死杀伤了后左舷炮的几名炮手，在尾部甲板引起了几处小火，但迅速被美军扑灭。
第三架轰炸机飞行员土屋孝义以极陡峭的75度角俯冲，投下的炸弹同样落在了舰尾水流之中。土屋逃脱了战死的噩运，成功驾机贴水面逃脱。松本贞雄认为沿土屋的飞行轨迹适当调整，以稍缓角度投弹就可命中，但他的炸弹还是落在了航母尾迹里。
中泽岩男驾机从2400米高度陡直向下俯冲，他显然瞄得很准，投下的第五颗炸弹穿透舰岛左侧3米处的飞行甲板，深深钻入要害部位，穿过副舰长办公室闯进了侦察轰炸机中队待机室。飞行计划参谋查理·科纳斯特少尉当时正在里边忙着，炸弹把一只大咖啡壶撞飞，咖啡淌得到处都是。那颗炸弹一路势如破竹，最后在航母巨大的排烟道中爆炸。引发的火灾虽然不大，但6台锅炉排烟道被炸裂，其中2台无法使用，3台全部熄火。火灾产生的浓烟和无法排泄的废气四处乱窜，使救援工作更加困难。“约克城”号航速迅速下降到6节，这就大大降低了它抵御下一次攻击的能力。
中川静夫在2300米朝航母右舷船头俯冲下来，他投下的第六颗炸弹击穿前部升降机平台，一直钻到第三层甲板后爆炸，诱发的火灾严重威胁到弹药库和航母前部的油库。之前美军采取的预防措施此时起到了关键作用，已经抽空的供油管道充满了二氧化碳，才未酿成更大灾祸。损控指挥官克拉伦斯·奥尔德里奇中校立即组织人员灭火，他们在早期战斗中积累的经验此刻得到了充分展示，事先安放好的可随时供水的水泵发挥了积极作用，火势迅速得到控制，附近一个弹药库被注水淹没。
最后一架日机由濑尾铁男驾驶，他从2400米对准“约克城”号右舷俯冲。可能他的俯冲稍缓了一些，也可能航母上冒出的浓烟干扰了他，反正最后一颗炸弹几乎擦着右舷落入水中。
7架飞机发起攻击，3弹命中，2弹近失，阵亡的小林完全可以为自己的部下自豪。从航母上升起的滚滚浓烟和锐减的航速可以看出，“约克城”号受到了严重甚至是致命的打击。日军同样付出了惨重代价，包括小林、山下在内的13架轰炸机和3架战斗机被击落，其中2架毁于美军高射炮火。美军也有1架“野猫”被自己的防空炮火击落。
小林应该看到有炸弹命中目标。他曾向“飞龙”号发出了报告“敌航母中弹起火”。但战斗结束时，小林神秘失踪了，没人再见到过他。现在中山俊松成了日本海军最优秀俯冲轰炸机队唯一幸存的军官，他与其他5架幸存日机各自凄凉返航。
“约克城”号烟囱、舰岛和前部机库甲板均冒出了浓烟，航速只有可怜的6节。不到20分钟，这艘航母就停在海面上纹丝不动了。在海上漫长的日子里，巴克马斯特总是让水兵针对各种可能出现的紧急情况进行训练。因此现在不用指挥，大家都知道该干什么。珊瑚海受伤和在珍珠港维修时，大部分水兵都参与了，积累了相对丰富的经验。木工扛着沉重的木料赶到飞行甲板，只用25分钟就修复了甲板。轮机兵则尽力修理锅炉舱，试图让锅炉恢复工作以让航母尽快行动起来。在珍珠港并未完成彻底维修的“约克城”号带着大量维修材料和设备，现在全部派上了用场。
因航母雷达失灵通信设施停止运转，巴克马斯特请求“波特兰”号接管雷达警戒，同时命令航母所有飞机及空中巡逻的战斗机全部转移到另2艘航母上。仅存的2架鱼雷机在附近迫降，15架“无畏式”全选择了“企业”号——不包括莱斯利和霍姆伯格迫降的那2架。它们的到来受到米切尔和默里的热烈欢迎。虽然一开始它们曾被误认为敌机，“企业”号为此还打出了几发炮弹，幸好没中。第十六特混舰队在之前的攻击中损失惨重，这些新来者对他们恰似雪中送炭。
从4日早上开始，初次参战的“大黄蜂”号就霉运连连，日子过得恓恓惶惶。派出的鱼雷机队全军覆没，根本未找到敌人的俯冲轰炸机，或返航，或迫降，或去了中途岛，战斗机也因油料耗尽全部迫降海上。现在就是干点收容难民的事儿也不得安生。1架受伤的“野猫”摔降时忘记关上机枪保险，降落时的冲撞触发了机枪。子弹打在航母上部结构上，击穿了25毫米钢板和一根工字钢梁。流弹导致5人死亡、20余人受伤。5人中就有小罗亚尔·英格索尔，他是美国大西洋舰队司令官的儿子。
在金凯德眼中，不远处的“约克城”号似乎“正在爆炸——黑色烟柱直冲云霄”，斯普鲁恩斯猜测它可能已遭到重创。由于要连续回收战斗机和攻击机群，斯普鲁恩斯不得不继续迎着微风朝东南方向航行，而不是向西北援助受伤的同伴。但他仍从护航舰只中抽出一部前往支援弗莱彻。在“文森斯”号舰长弗雷德里克·利科尔上校带领下，“彭萨科拉”号、“巴尔奇”号、“本纳姆”号以30节高速向西北驰援第十七特混舰队。
很显然，几乎静止、雷达失灵、通信瘫痪、编队指挥所到处“云雾缭绕”的“约克城”号作为指挥舰的功能已完全丧失。弗莱彻面临两种选择。第一是选择“大黄蜂”号作为新旗舰。尽管稍嫌麻烦，但并非完全不具可操作性。两舰的距离驱逐舰一小时就能跑完。战前尼米兹曾明确指出，弗莱彻负责战场的战术指挥，登上航母继续指挥全局对他来说名正言顺，毫无争议。况且此时战局已朝有利于美军的方向发展，弗莱彻心里清楚得很，谁作为第一指挥官赢得了这场至关重要的战役，谁就将成为众望所归的国民英雄，并以海战的伟大胜利名垂青史。但根据战场形势，弗莱彻认为那样做并非上策，势必造成指挥上的混乱。何况斯普鲁恩斯之前打得那么好，他身边又有以勃朗宁为首的精明强干的参谋班子。于是弗莱彻毅然决定，将指挥权交给斯普鲁恩斯——这是一种无私、真诚、顾全大局的行为。
弗莱彻决定将司令部就近转移到1艘重巡洋舰上去。相比南云犹抱琵琶半遮面，弗莱彻的举动显得自然、简捷、落落大方，根本无须刘易斯或巴克马斯特的规劝，这是美国人的特有思维，也是弗莱彻一贯务实的工作作风。他希望第十六特混舰队能继续战斗，自己则集中精力去拯救“约克城”号。
弗莱彻选择了“阿斯托利亚”号作为新旗舰。不仅在于他之前曾长期在该舰服役，还因同学兼好友史密斯少将也在这艘舰上。12时38分，他向史密斯发出信号，尽快派小艇把自己和司令部成员接走。当时英国海军联络官麦克尔·兰恩中校——他曾任“暴怒”号航母副舰长——也在现场观摩战斗，他如此形容弗莱彻和刘易斯，“两人均镇定自若，处乱不惊”。
救生艇到达之后，参谋一个个攀绳而下。当轮到弗莱彻时，这位已57岁的将军拉着绳子试了试，却无力攀爬。“干这玩意儿，我他妈的是有点老啦，”他自嘲道，“你们最好是用绳把我吊下去。”于是2名水手把一根揽绳套在他腋下，将他像条大鱼似的拴在单套结绳子一端，小心翼翼地放了下去。13时23分，司令部成员全部登上了“阿斯托利亚”号。随军记者福斯特·黑利风趣地说，“这些满面烟火色的人看上去就像被铁链拴在一起的难民”。在信号平台上，弗莱彻看到了史密斯。当小艇接完第二船人时，2架俯冲轰炸机几乎挨着舷梯迫降下来。那正是油料耗尽的莱斯利和霍姆伯格。他们和机枪手敏捷地从橡皮筏跨上救生艇，顺绳梯爬上巡洋舰。4人选择的时机极佳，动作娴熟如攀岩队员。
弗莱彻的第一条命令发给了“波特兰”号舰长劳伦斯·杜博斯上校，让他用重巡洋舰拖曳受伤的“约克城”号。很快，利科尔上校率4艘支援舰只赶到了现场。因“彭萨科拉”号的cxam雷达优于其他舰的sc雷达，该舰接管了舰队的雷达警戒任务。为避免日军情报人员通过电讯探知几乎静止的“约克城”号的具体方位，弗莱彻让“阿斯托利亚”号派2架寇蒂斯水上飞机前往中途岛，向珍珠港汇报现场的详细情况。弗莱彻告诉尼米兹，“约克城”号中3弹后无法航行，但“显然仍具有适航性”，同时由斯普鲁恩斯第十六特混舰队继续与敌交战。若无其他指示，第十七特混舰队将“保护并抢救受伤航母”。
13时35分，当“波特兰”号准备向航母传递牵引索时，奇迹出现。几乎静止的“约克城”号竟慢慢移动了，烟囱里接着冒出一团团蒸汽。在珊瑚海历经磨砺的“约克城”号的确不同凡响。在轮机官约翰·德拉尼少校指挥下，轮机工和锅炉工创造了奇迹。一等武器军士查尔斯·克兰史密斯和一号锅炉的水兵冒着令人窒息的呛人烟雾以及随时会被炸得粉身碎骨的危险，迅速烧出了足够的蒸汽，带动了辅助动力系统。技术娴熟的轮机工努力修复了排烟通道，3台锅炉恢复运转，这意味着“约克城”号的速度很快可以提高到20节以上。
“约克城”号上爆发出阵阵惊天动地的欢呼声。护航舰船将受伤航母团团围住，舰上传出兴奋与亲切的呼喊声，与航母上的欢呼声遥相呼应，此起彼伏。这一切温暖着巴克马斯特的心田，眼含热泪的上校不仅将“求救”旗换成了“我舰速度5节”的信号旗，同时在桅杆顶处升起了一面崭新的战旗。见此情景，弗莱彻立即取消了拖曳命令，重整队形向东南方向缓缓退却。
14时09分，东方天幕下爆出了一团火花。已跟踪美军长达3个小时的“筑摩”号五号机在2架“野猫”的夹击下化成碎片。美军看到1名机组成员跳伞，但岳琦正孝和飞行员原屋尚、电报员田口博也无一幸存。
到14时20分，“约克城”号航速已恢复到15节，14时37分更上升到19节。10架执行侦察任务的“无畏式”接到命令，完成搜索后不必返回航母直接飞往中途岛。当弗莱彻将航向调向正东时，水兵顿时欣喜若狂：“布雷默顿，我们来了！”尼米兹亲口许诺的“绝对不止两个星期”的度假仿佛就在眼前。
但英勇的“约克城”号注定再看不到任何陆地了。14时27分，“彭萨科拉”号的雷达已发出预警，西北方向80公里处另一批不明目标正快速逼近——那正是不屈不挠的山口派出的又一波攻击机队。
放飞小林机队之后，“飞龙”号一直到12时45分才收到前方传回的消息：“敌1艘航母起火，视线范围内看不到友机，我正在返航。”发来电报的不是小林、山下或近藤武宪3个大尉，而是第二小队中山俊松少尉。电报让山口和加来喜忧参半。喜的是攻击取得了显赫战果，成功瘫痪敌航母1艘。忧的是通常情况下中山是不会越过上级汇报的，他的电报预示着3个大尉可能已全部死亡。
山口在13时整得到了更确切的消息，它是从木村“长良”号上发过来的。曾为美军导航的“岚”号从海面上抓获了1名俘虏，他是“约克城”号的鱼雷机飞行员——来自芝加哥的威斯利·奥斯马斯少尉。“岚”号鱼雷长谷川清澄是舰上唯一懂点英文的人，审讯俘虏任务因此由他承担。谷川持刀进行威胁，23岁的少尉向日本人供认：美军参战航母有“约克城”号、“企业”号和“大黄蜂”号3艘，还有6艘巡洋舰和大约10艘驱逐舰。“约克城”号由2艘巡洋舰和3艘驱逐舰护航，单独作战。他们于5月31日离开珍珠港，6月1日抵达中途岛附近。这一事实也侧面说明了日军精心布置的潜艇警戒线为什么最终一事无成。
年轻人选择和日本人合作显然不会有好结果。当天下午，舰长渡边下令处决已无利用价值的俘虏，并将尸体抛入海中。渡边未能活过战争，如果他能幸存，也肯定会因战争罪行被美军处死。
奥斯马斯的供词很快得到证实。因发报机故障无奈返航的彗星新式侦察机回到机动部队上空时，“苍龙”号已中弹起火，只好降落在唯一的飞行甲板上。近藤勇告诉山口，“因发报机故障未能及时发回报告。敌舰队包含3艘航空母舰，其中一支编队位于受小林攻击那支编队的南方不远处”。
现在，孑然一身的“飞龙”号要独自面对3艘美军一流的航空母舰，显然日本人已毫无胜算。即使小林成功瘫痪了美军1艘航母，“飞龙”号残缺的攻击队也无法在与美军2艘航母对垒中取胜。投入军事力量越弱、受到的伤亡就越惨重——这是人类自有战争以来参与者都清楚的道理。如果之前小林的18架轰炸机只能重创敌1艘航母，指望更脆弱的10架鱼雷机击沉剩余2艘航母几无可能。但山口依然斗志昂扬，毫无惧色。他决心发起不间断的持续攻击，摧毁或重创美所有航母，为占据压倒性优势的水面舰艇开辟出一条胜利之路。
“飞龙”号舰桥上，加来正在给率第三攻击机群出击的友永丈市、桥本敏男和森茂3个大尉做最后指示：“不要再攻击被小林击中起火的那艘，尽量攻击另外2艘。如果附近海域未能发现其他航母，就再攻击那艘已受伤的航母。”山口和3人一一握手。多年以后，桥本仍清晰记得山口宽大柔软的手掌与他相握时的情景。随后，他们来到了甲板上，山口与每一位出击人员依次握手：“望勇敢战斗！我不会只让你们去牺牲。你们前面有小林君，你们先去，我随后就来。”可见山口此时已有了必死之心。
奉命出击的飞行员非常清楚，他们中的绝大多数人都不会回来。但在登上飞机座舱时，他们个个面带微笑。10架鱼雷机分成2组，友永和桥本各率5架。森茂的6架零战有4架原属“飞龙”号，其余2架来自正熊熊燃烧的“加贺”号。
尽管之前被打漏的油箱还未来得及修补，只带了一半油料的友永毅然坚持带队出击。有人认为友永只带一个油箱属于单程的敢死攻击，其实不然。美军舰队仅在160公里之外，当桥本要将飞机换给他时，友永谢绝道：“敌人离得很近，我完成攻击之后是可以返航的。”友永最后扫视了一眼正在发动的十几架飞机，这支小小的机队与早上壮观的机群相比，是何等寒碜。桥口信誓旦旦地表示：“我们决心击沉1艘敌舰，即使撞也要把它撞沉。”
13时15分，小林机队的第一架飞机返回航母。第二波攻击只有5架轰炸机和1架零战返航，几位大尉均不在其中。飞行员告诉山口，在东北方向160公里处发现了敌1艘航母和5艘巡洋舰，航母已经受攻起火，但不远处还有2艘。这进一步证明美军被俘飞行员的供述和近藤的汇报是准确无误的。
友永机队于13时31分开始升空。山口一动不动地望着飞机依次起飞。在场每个人都神情肃穆，默默向它们挥手告别，一些人泪水夺眶而出。
此时，“约克城”号位于“飞龙”号东北仅150公里处，第十六特混舰队约在200公里开外。14时30分，友永发现了65公里外的一支美军舰队。舰队中心的那艘航母正以24节正常速度行驶，舰上毫无起火迹象。他因此断定它绝不是小林刚攻击过的那艘航母，其实，它正是经紧急抢修，恢复了一定航速的“约克城”号。
此时，“约克城”号上空只有6架“野猫”可供彼得森抵御新一波入侵。这些飞机立即受命前往拦截，由萨奇率领的8架战斗机已在甲板后部列队等待出击，它们油箱里只有23加仑油料，但用于局部作战绰绰有余。航母再次停止加油并用二氧化碳吹洗航空汽油系统。斯普鲁恩斯的2艘航母远在东南37公里和65公里之外，无法立即提供支援。道只留下7架战斗机负责第十六特混舰队的上空保护，急调另外8架赶往西北驰援。但因距离过远，它们注定已无法及时阻止日机对“约克城”号的攻击。
14时40分，巴克马斯特操纵航母向右急转，迎风放飞了萨奇的8架“野猫”。美军战斗机飞出28公里后，与来袭的日机迎头相遇，随后爆发的空战是中午那场格斗的重演。尽管数量在不断减少，但日鱼雷机依然竭力摆脱“野猫”的拦截，向航母快速逼近。“约克城”号左后方的“彭萨科拉”号动用203毫米主炮和127毫米副炮对不断接近的敌机猛烈炮击，护航艘驱逐舰也纷纷开火。他们采用了史密斯少将发明的方法，用主炮对敌机前方海面实施炮击，掀起一串串倒挂的瀑布。萨奇率一众“野猫”拼死拦截来袭者。14时34分，友永狂呼：“全体攻击！”日机迅速分成2组，友永居右，桥本居左，对“约克城”号形成了两面夹击之势。
迅速逼近的友永第一分队飞行高度仅60米，甚至更低。飞机掠过护航舰只时，甲板上美军炮手甚至可以看见日军飞行员向他们挥舞拳头以示蔑视。一名炮手气得大骂：“小鬼子真他妈的玩命，竟然飞得这么低！”友永成为美军重点关照的对象，萨奇的“野猫”直接冲到友永右侧，一连串射击导致友永飞机起火。友永竭力保持飞机水平飞行，对航母右舷发动了一次教科书般的鱼雷攻击。鱼雷射出，他的飞机左翼变形，带着友永一头栽进航母的尾流之中。能死在后来的海军上将萨奇手上，友永也算死得其所，不过他投射的鱼雷并未命中。友永僚机投下的鱼雷同样未命中，在飞离战场时被第十六特混舰队前来支援的3架“野猫”击落。
第一分队剩余2机同样遇到麻烦。第一架飞机中弹起火后抛弃鱼雷，试图向“约克城”号发起自杀式撞击，被拍马杀到的比尔·莱纳德上尉成功击落。最后1架日机油箱中弹爆炸，投出的鱼雷也被航母成功规避。
桥本第二分队以v字形穿越“彭萨科拉”号和“拉塞尔”号之间的空隙，呼啸着向“约克城”号猛扑过来。在森茂、山本亨和山本旭3架零战拼死掩护下——其间森茂被“野猫”击落——桥本在近距离投下鱼雷，其身后2机同样投雷成功。只有来自“赤城”号西森进的发射装置出现故障，挂在飞机上的鱼雷就是不掉下去。完成投雷的日机迅速脱离战场遁向西方。
到达会合点的桥本清点队伍，发现5架鱼雷机和2架零战没能回来，其中包括友永和森茂的飞机。剩余5架鱼雷机有3架受损严重，别说继续参加战斗，连飞回航母都非常困难。14时45分，尽职尽责的桥本向山口发回了电报，“2条鱼雷准确命中1艘‘企业级’航母”，随后强调，“不是之前报告炸过的那艘”。
因日机发射鱼雷距离太近，巴克马斯特舰长难以完全规避。14时43分和44分，2条鱼雷相隔很近拦腰击中“航母左舷最脆弱的部分”，撕开了一个高9米、宽18米的大洞，造成了“比原先以为的更大的内部破坏”。“阿斯托利亚”号上，弗莱彻看到“棕色的烟雾和水柱在舰岛旁边冲天而起”。
日军的九一式航空鱼雷同样威力惊人。剧烈爆炸不仅使航母左舷3个锅炉舱被海水淹没，冲击波还导致所有锅炉熄火，蒸汽压力骤然下降。电力中断，全舰上下一片漆黑，舰舵卡死在左偏15度位置。航母再次停在海面上无法动弹，左倾17度——10分钟后已达到26度。飞行甲板急遽倒向海面，水兵连站立都非常困难。见此情景，“阿斯托利亚”号舰长弗朗西斯·斯康兰上校惊呼道：“上帝呀，它要翻了！”因电力中断，巴克马斯特无法靠反向注水扶正船身。奥尔德里奇和德拉尼的所有努力均无济于事。被炸坏的油舱淌出的燃油在倾斜的航母上四处流淌，形成一层薄薄的油膜，一丁点火星就能酿成席卷全舰的大火。接连遭受两轮痛击的“约克城”号已基本报销。巴克马斯特担心老伙计会继续倾斜，带着船上2300名水兵一起翻进海里，他必须尽快让大家下船。
无论发生何种情况，要舰长做出弃舰决定都是非常残酷的事情。与副舰长迪克西·基弗中校和飞行长阿诺德中校沟通之后，巴克马斯特痛苦地做出了弃舰决定。14时55分，上校下令升起了一面令人悲伤的蓝白信号旗──“弃舰”！
弗莱彻立即派4艘驱逐舰靠上前去撤离人员，其余舰只则继续执行反潜警戒。在“阿斯托利亚”号舰桥上，弗莱彻焦躁不安地注视着不远处的撤离，觉得它太不紧不慢、按部就班了。他说：“我都急坏了，觉得巴克马斯特做出弃舰的决定太晚了。”后来很多人指责巴克马斯特的弃舰决定太过草率，一向不爱吵架的弗莱彻对这种说法坚决反对。一直到很多年以后，他在回顾当时的情景时仍坚持认为：“我本人当时是真他妈的急，想快点把人撤下来。在我看来，把军官和那些优秀的水兵救出来是至关重要的。”他始终坚信巴克马斯特“在做出弃舰决定时进行了明智的判断”，根据“命令发出时‘约克城’号的外观，其他任何决定都是极其不可靠的”。
水兵将救生筏和一切能漂浮的物品全都扔进海里，在船舷外垂下了一条条绳索。4艘驱逐舰纷纷放下小艇，驶到近前搭救落水者。开战以来，“约克城”号虽进行过多次预防特殊危机的训练，但从未搞过救生演习。巴克马斯特认为弃舰演习将“严重打击官兵士气和自信心”。幸运的是，当时“海面像地毯一样平滑”，救援工作得以顺利进行。从航母上把伤员撤下来极为困难，甲板很滑，舰身严重倾斜，根本无法抬着担架在舰上行走，只好把担架放在甲板上拖，有时甚至直接肩背手抬。水兵纷纷纵身跳入海中，海上瞬间人头攒动。一些人戏谑地朝救生艇高喊：“喂！出租汽车！出租汽车！”
撤离进行得从容不迫，井然有序，没有出现任何恐慌。驱逐舰在塞满浸透油污的幸存者后迅速驶离，另一艘舰再开上去接班。“贝纳姆”号、“鲍尔奇”号、“拉塞尔”号接走了1700人。仅“贝纳姆”号就挤上去725人，舰长约瑟夫·沃辛顿少校开玩笑说，“船上只剩下立足之地了”。“莫里斯”号和“安德森”号救起了450人，最后上阵的“哈曼”号、“休斯”号只搭救了100多人。截至16时46分，救援暂时告一段落。驱逐舰共救起2280人。众多幸存者登舰严重影响了驱逐舰的稳定性和机动能力。
直到确认诸事均已就绪，巴克马斯特才离开指挥位置，对全舰进行了一次最后检查。上校希望借此机会对服役多年的航母倾诉衷肠，默默与它做最后的告别。他必须用手扶着栏杆一点点移动才不至于摔倒，甲板上某些地方“淌满了油，滑得很”。左舷机库甲板已泡在水中，他满意地看到活着的人全部撤离——其实漏掉了两人——来到舰尾抓住绳子，两手交替着沿舷边攀了下去。当接触到水面时，听到有人呼救，巴克马斯特迅速游过去，将在水中挣扎的一名炊事兵托上了救生筏，然后自己也爬了上去。
“哈曼”号将巴克马斯特送上了“阿斯托利亚”号。已登上巡洋舰的莱斯利少校满怀同情地回忆当时的情景：“这位英勇的军官沉默而吃力地爬上舷梯的境况，令人在心情沉重悲伤之余有了一丝欣慰，在继续行动前，他终于能够喘口气了。”个子很高的巴克马斯特“没戴帽子，没穿外套，没打领带，衬衫领口敞开，浑身被汗水和海水湿透，除了秉承天意继续战斗下去的不屈意志，他现在完全一无所有了”。
夜幕即将降临，弗莱彻猜测日军很可能正在策划夜间水面战斗，这是他们最擅长的。一旦毫无机动能力的“约克城”号被日军发现，其水面舰艇一定会毫不犹豫地冲上来将它击沉。他的6艘驱逐舰上挤满了幸存者，稳定性极差，再进行水面交战极为不利。17时32分，弗莱彻明智选择带剩余护卫舰只离开，向斯普鲁恩斯靠拢。初步核查救起的人数之后，弗莱彻下令只搭载23名幸存者的“休斯”号守在“约克城”号身边，通宵护卫。舰长唐纳德·拉姆齐少校受命禁止所有人登舰，并在“必要时击沉它以防落入敌手或大火蔓延”。如果上述情况并未出现，弗莱彻将在第二天早上再度返回。此前他已经致电珍珠港，请求尼米兹派拖船将航母拉走。绝望的“约克城”号就这样成为一艘被抛弃的船，尽管之前它那么英勇地顽强战斗。当“休斯”号于18时30分掉头驶向航母身边时，22公里之外，“阿斯托利亚”号上的弗莱彻凝视着掩映于夕阳之下的“约克城”号，久久不愿回头——将军将再也无法见到他壮丽的旗舰！
在随后发往珍珠港的电报中，弗莱彻说：“在遭到第二轮攻击后‘约克城’号显然正在下沉，未掌握攻击第十七特混舰队的敌军航母的位置。”
虽然弗莱彻对“约克城”号遭遇第二次打击并不感到意外，但不远处“企业”号上的斯普鲁恩斯和勃朗宁大惊失色。之前两人错误判断，日军全部航母均已失去战斗力，中途岛战役的航空战至此已经打赢了。对“约克城”号实施第一次攻击的敌机可能是10时30分在其母舰中弹前出发的。第十六特混舰队完全可以慢慢舔舐伤口，等空中巡逻的那些零战全部迫降后再“痛打落水狗”。现在两人突然发现，日军至少有1艘航母仍具备攻击力，或者另1艘生力军已抵达战场。
在此前3小时里，第十六特混舰队的2艘航母几乎毫无作为。作为几乎算无遗策的二战名将，斯普鲁恩斯正是凭借中途岛海战声名鹊起的。但他的声誉在6月4日中午时分摇摇欲坠。历史学家托马斯·比尔博士在《沉默的勇士——海军上将雷蒙德·斯普鲁恩斯传记》一书中明确指出，“奇怪的是，（此时）斯普鲁恩斯似乎犯了一个致命错误，他并没有派出任何侦察机。他本可以使用舰载机或者巡洋舰上的水上飞机，但事实上他什么也没有用”。他只是请求上级“尽可能提供敌军部队的方位和跟踪数据”，并未显出多少紧迫感。显然，他想让别人替自己发现敌舰，比如中途岛上的“卡塔琳娜”，比如“约克城”号已放飞的“无畏式”。
还有一个原因，第十六特混舰队同样遭受了巨大损失。这天上午，美军3艘航母共损失舰载机70架，其中战斗机12架、俯冲轰炸机21架、鱼雷机37架，折损率达40％。所幸飞行员折损率小很多，许多人最终被“卡塔琳娜”、巡逻艇或驱逐舰救起。“企业”号只有10架“无畏式”能够执行第二次攻击任务，不过，13时从“约克城”号上转过来的15架“无畏式”让“企业”号大大恢复了元气。鱼雷机只剩下区区3架，派出去也起不了多大作用。“大黄蜂”号情况更惨，鱼雷机队全军覆没，10架战斗机和14架俯冲轰炸机不知所终，后来发现有11架去了中途岛。之前寸功未立的米切尔少将急于改变首秀中的拙劣表现，在13时10分发信号给斯普鲁恩斯，“大黄蜂”号有20架俯冲轰炸机已在甲板上完成定位，随时可以出发攻敌。
在消灭日军残存航母之前，美国人根本没有安全可言。斯普鲁恩斯显然非常幸运，14时45分，在刚刚得知日军还有1艘航母时，他就收到了一封至关重要的明文电报：“发现敌1艘航母、1艘战列舰、3艘重巡洋舰、4艘驱逐舰，西经179度05分、北纬31度16分，航速15节，方向正北。”美军侦察机发现的正是日军仅存的航母“飞龙”号。
准确定位“飞龙”号，得益于弗莱彻之前为清空甲板仓促派出的那10架侦察轰炸机。塞缪尔·亚当斯上尉和哈兰·迪克森上尉在完成300度和320度扇区的指定搜索后，一无所获。两人没有直接返回，而是自作主张继续向南方侦察。亚当斯怀疑敌航母北上的距离可能不如预计的远，他们的极限搜索得到了丰厚回报。亚当斯在返航路线上准确定位了日军舰只的尾流。14时20分，“筑摩”号忽然升起烟雾并开始射击视野中出现的2架美机，10分钟后，“利根”号也开火了。日军的零战迅速前来拦截，但2架美机还是在击退了1架零战的攻击后成功逃逸。
如果没有亚当斯适时发回“飞龙”号的准确方位，斯普鲁恩斯不一定会发起攻击。日落之前，他已没有足够的时间先进行搜索再发起一轮进攻了。现在，被亚当斯成功定位的“飞龙”号已注定在劫难逃！
斯普鲁恩斯当即决定，出动2艘航母上所有俯冲轰炸机发起进攻——他始终坚持进攻必须不遗余力。15时10分，他发信号给米切尔，“攻击机群立即做好起飞准备，详情稍后提供”。3分钟后，他通报了敌舰构成、位置和航向。15时25分，第1架轰炸机开始起飞。到15时42分，“企业”号已升空“无畏式”25架——14架来自“约克城”号——其中11架携带454公斤炸弹，其余载227公斤炸弹。麦克拉斯基上次出击时手臂受伤，总指挥由资历仅次他的加拉赫上尉担任。考虑到日军至少还有1艘具备攻击能力的航母，优先照顾第十六特混舰队空中保护，没有派战斗机为攻击机群护航。
15时39分，斯普鲁恩斯命令“大黄蜂”号起飞攻击机群。4日这天的米切尔实在倒霉，并未收到亚当斯发出的电报，不知道再次发现了1艘敌军航母。虽然过早将20架轰炸机摆上了甲板，但从15时10分开始，他把主要精力用来回收刚从中途岛返回的11架轰炸机。这些飞机在中途岛降落之后，赛马德立即为之加油挂弹，命令它们到西北搜索并攻击日军航母，随后直接返回“大黄蜂”号，实在找不到自己的航母再返回中途岛。但这些飞机根本没有索敌，而是经过短途飞行直接飞回了“家”，它们的表现再次给米切尔脸上抹了一层锅灰。
一直到16时13分，“大黄蜂”才放飞了第一批16架轰炸机。米切尔利用空出的甲板回收了3架战斗机和2架刚起飞就出现故障的“无畏式”。16时16分，他再次出现失误，过早将舰队转向西方，整个起飞过程戛然而止。机库里预热的15架轰炸机连同大队长林、两个中队长和两个副中队长都被撂在了甲板上，等于当官的都没飞起来。时间紧迫，在匆忙弄清头顶盘旋的14架飞机的机组成员谁资历最深之后，16时24分，米切尔命令埃德加·斯特宾斯上尉“担任指挥并执行此次攻击”。斯特宾斯于是率队沿287度方向前往追赶“企业”号的攻击机群。米切尔的做法引起了飞行员特别是林和几个中队长的强烈不满。
美军这一波机群共有飞机38架——“企业”号1架飞机因故障中途返航。即使到了这个时候，只有2艘航母，出动的是单一的俯冲轰炸机，美国人也无法实现良好的协同。所幸战斗已到了收官阶段，38架“无畏式”足以撕开“飞龙”号孱弱的防御。
攻击机群起飞之后，斯普鲁恩斯在18时11分发信号给弗莱彻：“第十六特混舰队的机群现正准备攻击你部侦察机发现的第4艘航母，‘大黄蜂’号大约在我以东30海里之外，我部拟向西航行至回收攻击机群为止。你对今后的作战有何指示？”如此彬彬有礼的请示使弗莱彻必须尽快做出抉择。他不能靠遥控实施空战指挥，更不能在信号传递和无线电联络之类的繁文缛节上浪费时间。他要么登上“大黄蜂”号，要么授权斯普鲁恩斯全权指挥。前者要花费很多时间，等于彻底改组了特混舰队，势必造成新的混乱。弗莱彻不忌讳他人分享功劳，立即回信号说：“没有，同意你的所有行动。”战后，斯普鲁恩斯回忆说，他永远都感激弗莱彻的这一决定，“他是我的上级，我不知道他自己打算怎么做，也不知道他希望我怎么做。他的回复是令我感激至今的消息”。可以说，是哈尔西和弗莱彻联手成全了斯普鲁恩斯的一世英名。战史专家戈登·布兰奇将这一举动评价为“高尚无私之举和爱国精神的具体体现”。但弗莱彻这一大度的举动为众多无聊者贬低他在中途岛海战中所起的作用打开了方便之门。后来在官方圈子中出现了“弗莱彻自愿将战术指挥权交给下级”的批评言论，老酒猜测这种无聊说法很可能来自对弗莱彻不太感冒的金。
15时40分，“飞龙”号开始收容友永机队的幸存者，过程充满了悲伤气氛。正如山口和加来所料，友永不在返航之列。只有9架飞机返航——鱼雷机5架、战斗机4架，其中分别有2架和3架伤重无法使用。
虽然残余兵力少得可怜且几乎所有人都精疲力竭，但在听取了桥本的汇报之后，山口依然决定第四次攻击，他对此前两波攻击的战果相当满意。现在正是他集结残余力量，一举击沉美军最后一艘航母的绝佳机会。“飞龙”号在海上劈波斩浪，往返驰骋，舰上及护航船只的水兵齐声振臂高呼：“‘飞龙’号，报仇雪恨！”但这不过是回光返照而已，美国人很快就会告诉他们什么叫“旧仇未报，又添新恨”。
16时30分，山口发信号给南云：“拟使用现存全部5架轰炸机、5架鱼雷机、10架零战于黄昏时发起进攻，歼灭残敌。”山口不知道小林和友永攻击的是同一艘航母——以后也永远不会知道了。17时，山口再次致电南云，“第三波攻击结果，敌1艘‘企业级’航母中了至少2条鱼雷”，并强调“不是之前说过的那艘航母”。以日军鱼雷的巨大威力，谁都清楚被命中2条是致命的。
看到飞行员个个累得头都抬不起来，舰长加来决定给他们服用兴奋剂。从医务室取来的药瓶上标有神秘的“航空药片a”字样。飞行长川口益觉得这些药片看上去像催眠药，加来因此大发脾气，迅速叫来医务人员予以确认。见此情景，山口决定将第四次攻击推迟90分钟，让飞行员得到食物和片刻喘息，他们到现在还没吃午饭。桥本累得连饭都无法下咽，直接到待命室的棕色皮革长椅上躺下，很快就进入了梦乡。
日军的侦察工作再次因一次意外事件得到加强。16时30分刚过，“长良”号发现前方水面上出现了不明红色物体，木村遂命“卷云”号前往查明。如系美国人，就要“审问俘虏，查明敌情，然后予以适当处理”，随后他们俘获了“企业”号飞行员弗兰克·弗莱哈迪少尉和机枪手布鲁诺·盖博二等兵。刚开始日军并没虐待他们，还派医生给两人疗伤，有些水兵还给烟抽。但当他们拒绝回答问题时，负责审讯的胜又隆一掏出匕首以死相胁。两名俘虏供述了有关中途岛防务极为准确的情报，但对两支特混舰队的情况只字未提。几天后，“卷云”号受命前往阿留申群岛，舰长藤田勇认为俘虏已毫无作用，于是用两人的私人财产——其中一件是弗莱哈迪那只镌刻着充满无限柔情的“赠给举世无双的丈夫”字样的打火机——作为奖赏，但仍然没人愿充当刽子手。当天深夜，两个美国人被蒙住双眼带上甲板，身体绑上灌满水的5加仑油箱悬挂在船的一侧，随后被残忍抛入大海。
16时45分，加拉赫机群发现了55公里外的“飞龙”号，也看到了南面海天相接处袅袅升起的3柱黑烟。从5800米高度下降的美军机群逐渐进入攻击轨道。加拉赫下令“企业”号的飞机跟随他一起攻击“飞龙”号，沙姆韦则率“约克城”号的14架飞机解决附近一艘漂亮的战列舰——那无疑正是“榛名”号。在主攻目标毫发未损的情况下，将半数以上攻击力量调作他用无疑是极不明智的。
17时01分，“筑摩”号发现左舷方向出现美机并立即鸣炮示警。此时“飞龙”号上空有13架零战，全部来自那3艘燃烧的航母。混合编队中有9架来自“苍龙”号和“加贺”号，带队者是“加贺”号的饭塚雅夫，其余4架来自“赤城”号，指挥官是白根斐夫。虽然已经精疲力竭，但日军飞行员的阻击近乎疯狂，他们非常清楚一旦唯一的“飞龙”号被美军击沉，他们只有战死或迫降两条路可走。双方甫一短兵相接，美军2架轰炸机就中弹坠入大海。
眼见美机不断逼近，舰长加来操舰急速向右转舵，将舰首对准来袭者，高炮也在瞬间打响。“长良”号上，记者牧岛痛苦地闭上了眼睛。加拉赫对准“飞龙”号甲板上鲜红的圆圈直冲而下。加来操舰来了个急转，加拉赫的瞄准完全落空。他努力想把炸弹投下去，却因用力过猛腰部扭伤。炸弹落在“飞龙”号尾流之中，美军随后投下的2弹均未命中。
看到同伴投下的炸弹连续落空，沙姆韦毅然决定放弃攻击“榛名”号，掉头向“飞龙”号发起俯冲。他的决定无疑非常明智。面对加拉赫、沙姆韦、贝斯特3支高速俯冲的机队，“飞龙”号显然已无力应付。沙姆韦投下的炸弹准确命中航母——也算为老东家“约克城”号报了仇。紧接着有3颗炸弹相继命中。“看，它烧起来了，那些畜生！”加拉赫对着话筒大喊道。后来美军飞行员说，他们都是以航母甲板上的“日之丸”作为瞄准目标的。
“飞龙”号的飞行甲板被炸得向上翻起，无法控制的大火吞噬了整个机库，也毁掉了山本挽回败局的一切希望。大火阻断了舰桥通往舰首的通道，前部机库中的19架零战全被烧毁，附近人员无一幸存。一颗炸弹炸毁了前部升降机，电梯同时被炸成碎片。在船尾的空中控制站，川口益被爆炸激起的气浪直接抛到甲板上。他身边的有村嘉一左半边身子严重受伤，下颌破裂，肺部扎伤，左腿骨折，软软地倒在了飞机控制塔下。但川口竟然并未受伤，当另一颗炸弹落下来时，他已经逃离了飞行甲板。
“飞龙”号依然疯了似的以30节高速航行。此时加来进退两难，只要美军轰炸机还在空中，为躲避攻击他就只能让航母高速前进。火借风势，风助火威，大火迅速向全舰蔓延，消防作业变得越发困难。记者牧岛的担心最终战胜了理智，他睁开眼，看到前方的“飞龙”号从头到尾全是大火，依然“像头发了狂的牛一样拼命奔跑”。
“飞龙”号第四波攻击原定由桥本指挥，此时他正躺在待命室的长椅上睡觉。第一次爆炸把他从长椅上震落下来，刹那间他就被浓烟包围。过道上挤满了底舱里爬上来的人。又一声爆炸把航母震得剧烈颤动，所有灯都熄灭了。几乎窒息的桥本朝一个有亮光的地方跑去，那原来是一个被炸出的洞，洞外的一切都在燃烧。幸亏桥本戴着手套，才冒死从洞里爬了出来。但他没戴帽子，溅在头上的火星把头发都点着了。旁边有人递给他一个防毒面具，尽管它烧得只剩一半且全是灰尘，桥本还是十分感激地接过来扣在脸上。
看到“飞龙”号已无可挽救，美军最后几架飞机转而攻击“榛名”号。舰长高间轻松躲过了所有攻击，只是两舷各挨了1颗“超近失弹”。
正待加拉赫率队撤离时，“大黄蜂”号轰炸机群适时赶到，此时是17时12分。熊熊燃烧的“飞龙”号显然已无攻击价值，斯特宾斯率队向2艘重巡洋舰发起了攻击。“利根”号舰首、舰尾附近都落下了炸弹，最近的距舰仅50米。“筑摩”号避开了落在舰首左舷外侧100米处的炸弹。
17时52分，“筑摩”号再次发现了2支来袭美军机群。从硕大的体形可以看出，那无疑是美国陆军的空中堡垒。中途岛同样收到了亚当斯发出的接敌电报，拉姆齐和赛马德立即命令斯威尼率6架b-17前往攻击。恰好乔治·布莱基少校率6架空中堡垒从夏威夷前来增援，拉姆齐命令他们先不降落，直接前往攻击日军第四艘航空母舰。
在日军的阵阵叫骂声中，美陆军飞行员把炸弹全部丢在了大海里，炸死了不少鱼鳖虾蟹。几架飞机对“飞龙”号扫射导致几名水兵伤亡。返航之后他们宣称，“命中1艘航空母舰、1艘战列舰或重巡洋舰”。
撤退的b-17遭到了零战的追击。此时日军飞行员已濒临崩溃，“飞龙”号再也无法接纳他们了，他们只能迫降海上等待驱逐舰的救援。被烈火和浓烟围绕的“飞龙”号依然在高速向西北航行。
在不被人注意的一处海面，幸运的盖伊栖伏在那块坐垫上，目睹了战斗的全过程。夜幕降临时，日军舰队绝望地向北驶去。他总算可以充起橡皮筏了。被“卡塔琳娜”救起的盖伊乘“文森斯”号回到珍珠港，得到了尼米兹的亲自接见。他向司令官讲述了战友们的悲壮牺牲，确认了3艘日军航母被击沉的事实。1942年8月31日，美国《生活》杂志对盖伊的经历做了专题报道，他因此被授予海军十字勋章。康复后的盖伊重返前线，参加了更为血腥的瓜岛战役，随后成为飞行教官，战争结束后以中校军衔退役，成为一名民航飞行员。英俊潇洒且口才极佳的盖伊，经常受邀向公众讲述自己在中途岛的亲身经历，并撰写了回忆录《唯一的幸存者》。1975年，盖伊充当了电影《中途岛战役》的特别顾问，在1992年4月11日出席了“中途岛”号航空母舰的退役典礼。1994年10月21日，盖伊因心脏病在佐治亚州去世，骨灰被撒在沃尔德伦等29位同伴英勇捐躯的那一片海域。
在珍珠港，尼米兹在焦灼不安中度过了跌宕起伏的6月4日，这一天后来被称作太平洋战争最重要的一天。战斗打响之后，这位战役总设计师反倒没事儿可做了。事实证明，远隔重洋关注一场事关国家命运和个人荣辱的海空大战是异常折磨神经的。10时刚过，通信中心听到“企业”号电台在频繁呼叫“进攻”！有人听出那是勃朗宁的声音，表明美军已经发现敌舰并得到了进攻命令，之后又陷入了长时间的沉寂。
参谋们认为，此时没有消息可能正是好消息，至少不能说是坏消息。大约11时，h站截获了一份直接用日文发出的电报片断，“报告敌军航母位置”。电报显然是发给1架侦察机的，意味着至少有1艘日军航母已做好了反击准备。15分钟后，罗彻福特再次截获到一份收件人不详的密码长电。电台呼号是南云的，但发报的已不是“赤城”号那位手法极重的报务员了。罗彻福特的一位属下从指法判断出，发报的是“长良”号的报务主任，说明此时南云可能已转移到轻巡洋舰上。战斗正在激烈进行，南云不可能忙里偷闲登上1艘巡洋舰视察。这就透露出两个消息：一是“赤城”号可能遭遇不测，不能再作为旗舰使用；二是其他航母很可能也出了类似问题，南云临时选择1艘轻巡洋舰作为新旗舰。这对焦虑万分的尼米兹无疑是个好消息。
但很快就有坏消息传来，弗莱彻来电说“约克城”号遭遇攻击，暂时失去战斗能力。此后一个大喜讯让刚在司令部升起的阴霾一扫而空。斯普鲁恩斯来电称，他们的飞机不仅找到了全部4艘日军航母还痛击了它们。随后到来的是“约克城”号第二次遭袭的坏消息。显而易见，敌人尚有一条完好无损的飞行甲板。接踵而至的又一条信息及时扭转了局面，1架侦察机准确定位了2次袭击“约克城”号的罪魁祸首，斯普鲁恩斯有望在天黑之前摧毁它。紧接着1架“卡塔琳娜”发来了大快人心的消息，西奥多·楚森少尉的电报称“日军3艘航母正在燃烧”。后来又有消息说，“鹦鹉螺”号的鱼雷击中了1艘先前受伤的敌军航母，这不禁让潜艇兵出身的尼米兹心花怒放。
但楚森电报的最后一句话让尼米兹再次担心起来，“发现了本应在上午攻击后就无法升空的零战”。18时47分，太平洋舰队司令部提醒各部：“战场上可能仍存在未遭打击的敌军航母。”尼米兹在19时07分致电弗莱彻和斯普鲁恩斯，截至18时29分，日本人“据信正在引导飞机”，说明敌军空中力量尚未被完全摧毁。实际上，楚森最后一句话是错误的，他只遭到了1架零战的攻击，并已目睹其在海上迫降。
斯普鲁恩斯没有继续提供关于第四艘航母的消息。持续积累的巨大压力加上情报的缺乏，让一贯镇定自若的尼米兹略显失态。莱顿回忆说，“他不断向柯茨索要最新报告，我从未见他如此狂躁过”。对司令官的质问，柯茨坦承“不知道”，表示也不想发出催问电报。尼米兹同意他的做法。此刻，他必须让两人集中精力用于作战，而不是分心向自己汇报。
22时，珍珠港终于收到了斯普鲁恩斯发来的电报，“从17时到18时，‘企业’号和‘大黄蜂’号轰炸了一支包括1艘航母、2艘战列舰，至少2艘重巡洋舰和多艘驱逐舰的日军舰队，导致那艘航母燃烧，还有1艘战列舰也被点着，敌军以15节速度西撤，在该方向更远处还有3艘起火的军舰，据信是先前被我军攻击过的敌人航母”。斯普鲁恩斯同时请求，由中途岛的“卡塔琳娜”继续及时提供第二天的敌情。
尼米兹脸上终于露出了灿烂的微笑，看来战局已被决定性扭转，敌军4艘航母可以肯定已无法挽救。只要斯普鲁恩斯不犯下大错，美国人就胜券在握。他相信一向谨慎的斯普鲁恩斯是不会犯大错的。尼米兹在1时45分欣然回电：“第二次攻击简直棒极了！”
午夜时分，尼米兹仔细回味了当天的战况，不失本色地做出了鼓舞人心的表态。他授权特雷梅尔以自己的名义向参战部队发出了祝捷电报——同时抄送金和埃蒙斯：“你们这些参加中途岛之战的战士已经为我国历史写下了辉煌一页。与你们共事令我骄傲。我估计再全力奋战一天，你们就能彻底击败敌人。”
5日零时过后不久，尼米兹再次发出了通报：“目前战报尚不完整，但敌人如能集结起足够的飞机，将会继续与我剩余的2艘航母进行作战，以求实现对中途岛的登陆。”之后他特意加了一句——这话显然说给金听的——“我军将实施适当形式的夜袭”。在电报最后，尼米兹指出，“萨拉托加”号将于6月6日抵达珍珠港，“将在加油后立即出战”。
由于是从西海岸起航，“萨拉托加”号携带的飞机多达107架——战斗机47架、俯冲轰炸机45架、鱼雷机15架，其中包括10架最新型的“复仇者”。上述飞机分属7个完整或不完整的中队。事实上，从4日10时28分起，日军已输掉了这场至关重要的战役。