鲁智深原名鲁达，是关西人氏。他早年在延安府老种经略相公（种谔）麾下从军，积功至关西五路廉访使。后来，小种经略相公（种师道）镇守渭州，麾下却没有将领帮护。老种便将鲁达调拨到渭州，让他在小种的经略府担任提辖官。
鲁达一次在茶坊吃茶，结识了史进，因久闻其名，便请他到酒楼喝酒。他们在途中又遇到史进的开手师父李忠，便邀请李忠一同前去。三人来到潘家酒楼，刚刚开始喝酒，便听到隔壁阁子有女子哭泣。鲁达询问原因，却得知是民女金翠莲被恶霸“镇关西”强娶后抛弃。而所谓的“镇关西”，却是状元桥下杀猪卖肉的郑屠。
鲁达不禁勃然大怒，当场便要去打死郑屠，被史进、李忠苦苦相劝。他当即凑了十五两银子，给金老、金翠莲父女做盘缠，让父女俩回去收拾行李，准备次日离开渭州。三人又喝了几杯，便离开潘家楼，在街头分手，各自返回住处。
鲁达次日一早便赶到金氏父女投宿的客店，安排他们安全的离开，直到金氏父女已经出城走远，方才离开客店。他赶到郑屠的肉铺，并以经略府的名义让郑屠亲自将肉切成臊子。郑屠先切十斤精肉，又切十斤肥肉，整整忙活了一个早晨，却被告知还要再切十斤软骨。
郑屠这才知道鲁达是在戏弄自己，恼怒之下抄起刀便去和鲁达拼命，结果被鲁达一脚踹倒。鲁达怒骂郑屠，连打三拳，竟失手将其打死。他见情势不妙，一边声称郑屠诈死，一边迅速离开现场。郑家发现郑屠已死，便到官府告状。官府却因鲁达乃是军官，先去请示了小种经略，这才派人去捉拿鲁达。而这时，鲁达早已逃出了渭州。
鲁达一路东去，半个月后抵达代州雁门县。当时，渭州府已发下海捕文书，并悬赏一千贯，画影图形，要各处州府捕捉鲁达。雁门县也有张挂榜文。鲁达去看榜文时，恰巧遇到已定居当地的金老，被金老拉走。他这才知道金翠莲已成为当地富户赵员外的外室，便随金老来到金翠莲家中，并结识了金翠莲的丈夫赵员外。赵员外又将鲁达请到自己的庄中，热情款待。
鲁达在赵员外庄中住了七八日，得知官府缉捕甚紧，便打算离去。赵员外早先在附近五台山文殊院买有一道五花度牒，便趁机建议鲁达到文殊院出家，以躲避官府的缉捕。鲁达自思无处可去，遂同意出家，与赵员外一同前往五台山。赵员外出资重修文殊院，请求住持智真长老为自己的“表弟”鲁达剃度。他瞒下了鲁达杀人之事，只称其是“因见尘世艰辛，情愿弃俗出家”
文殊院的首座、维那等职事僧因鲁达“形容丑恶，貌相凶顽”，认为他不像个出家人模样，担心日后会累及山门，纷纷建议智真长老不要收留鲁达。智真长老却认为鲁达心地刚直，称其“虽然时下凶顽，命中驳杂，久后却得清净，正果非凡”。他力排众议，坚持为鲁达剃度，并赐其法名“智深”。从此，鲁达便在文殊院做了和尚，改叫鲁智深。
鲁智深从不打坐参禅，每夜都是鼾睡如雷，起夜之时甚至在佛殿后撒尿撒屎。全寺上下非常不满，但智真长老却不闻不问。后来，鲁智深两次破戒饮酒，与寺中职事僧人发生了剧烈冲突。
鲁智深在山上待了将近半年，久静思动下山散心，在半山亭碰到一个卖酒小贩。他买酒被拒，便踢倒酒贩，抢酒来喝。看守山门的和尚遵照寺规，不许醉酒的鲁智深入寺。鲁智深便借着酒劲，直接打进山门，一路打到藏殿。监寺召集寺中火工、杂工等二三十人，要教训鲁智深，却被他打得狼狈逃窜。但智真长老最终对鲁智深只是稍加训诫。一众职事僧皆有怨言，认为长老纵容包庇鲁智深。
鲁智深又待了三四个月，再次下山，到山下酒馆买酒喝。他回山途中酒劲发作，练起拳脚，竟将半山亭撞坍半边。守门和尚关闭山门，不许鲁智深入寺。鲁智深先是打坏门外的两尊泥塑金刚，打进山门后又大闹禅堂，引发“卷堂大散”。一众职事僧请求智真长老出面不果，便绕开智真长老，聚集寺中杂工、仆役二百余人，要教训鲁智深。鲁智深“指东打西，指南打北”，一直打到法堂下，最终是智真长老出面方才将其喝止住。至此，鲁智深再也无法在五台山安身，只得离开。
智真长老修书一封，让鲁智深去东京大相国寺投奔自己的师弟智清长老，并赠送他四句偈言，称“遇林而起，遇山而富，遇水而兴，遇江而止”。鲁智深离开五台山文殊院，在山下铁匠铺打了一条水磨禅杖、一口戒刀，便取路往东京而去。他“夜住晓行”，半个月后来到桃花山，因错过了宿头找不到客店，便到山下的桃花村刘太公家中借宿。
鲁智深听闻桃花山二寨主周通欲强娶刘太公之女，便决定为刘太公解除逼婚之忧。他假扮刘小姐，躲在洞房中，将前来成亲的周通痛打一顿。周通逃出桃花村，回山寨去请大寨主为自己报仇。而所谓的大寨主，却是鲁达在渭州结识的李忠。李忠与鲁智深相认，请他上桃花山做客。
周通听从鲁智深的劝告，折箭立誓，取消了与刘小姐的婚事。鲁智深在山寨中住了几日，见李忠、周通“不是慷慨之人，作事悭吝”，便打算离去。李忠便与周通下山劫掠商旅，表示要将劫到的财货送给鲁智深作路费。鲁智深却趁二人不在，卷走寨中的金银酒器，不辞而别。
鲁智深不久又路经瓦罐寺，入寺化缘讨食。当时，瓦罐寺已被云游和尚崔道成、道人丘小乙强占。他们不但赶走了寺中原有的和尚，还掳掠妇人到寺中淫乐。鲁智深便与崔道成、丘小乙打斗，却因腹中饥饿，打了不到四十合便抵挡不住僧道二人的联手，只得落荒而逃。他一直逃到几里外的赤松林，正好遇到史进在林中“剪径”，得以兄弟重逢。
鲁智深与史进饱餐一顿，便一同回到瓦罐寺，寻崔道成、丘小乙算账，最终联手将僧道二人打死。他见瓦罐寺已荒废无人，便在离去时放了一把火，将寺庙烧为白地。二人连夜赶路，次日清晨抵达一处村镇，便在镇中酒家饮酒道别。史进到华州少华山落草，鲁智深则继续往东京而去。
鲁智深又行了八九日，终于抵达东京城。他来到大相国寺，求见住持智清长老，拿出了智真长老的书信。智清长老在信中知道了鲁智深的过往，担心鲁智深会在寺中搅乱清规，便将他打发到酸枣门外岳庙附近的菜园子做“菜头”。鲁智深成为最低一级的职事僧。
酸枣门外有一群泼皮，常到菜园偷盗菜蔬。他们想给鲁智深一个下马威，结果反被收拾了一顿。但鲁智深对他们只是稍加教训，便放他们离去。众泼皮次日凑钱买来酒肉，向鲁智深赔礼。鲁智深便与他们一同开怀畅饮，却被门外绿杨树上传来的鸦叫声搅了兴致。他被吵得心烦，便趁着酒兴，将那株绿杨树连根拔起，吓得众泼皮皆拜倒磕头，尊称其是“真罗汉”。自此，众泼皮每日都拿酒肉来款待鲁智深，看他演习武艺。
鲁智深一次酒后演练禅杖，被恰巧路过的林冲看到。林冲是禁军枪棒教头，精擅枪棒，见鲁智深“使的好器械”便连声喝彩。鲁智深与林冲相谈甚欢，便结拜为兄弟，请他一同喝酒。这时有林家使女来报，称林冲娘子在岳庙遭人调戏。林冲急忙赶去，却发现对方是上司高俅的干儿子高衙内，便息事宁人地让其离去。
鲁智深随后也带着一众泼皮赶到岳庙，要帮林冲痛打高衙内，被林冲拉住。他已有醉意，便辞别而去。此后，鲁智深每日都去寻林冲一同喝酒。林冲的烦闷心情得以稍缓。
林冲因高衙内一事得罪了高俅，被高俅设计陷害，刺配沧州。高俅还指使解差董超、薛霸，让他们在半路杀死林冲。而鲁智深营救林冲不成，担心林冲会在刺配途中被害，便一路暗中随行保护。董超、薛霸行至野猪林，用计将林冲绑在树上，要打死林冲。鲁智深及时出现，打倒董超、薛霸，救了林冲一命。他本想打死董薛二人，却被林冲劝住。
鲁智深便一路护送林冲，一直送到沧州城外七十里，方才辞别林冲，返回东京。此时，前方已再无僻静处，董超、薛霸无法再暗害林冲。林冲得以安全到达沧州。但后来，林冲在沧州又遭到高俅的数次迫害，最终被逼上了梁山。
鲁智深救了林冲，却也因此得罪了高俅。高俅吩咐大相国寺，不许寺里收留鲁智深，同时派人捉拿鲁智深。鲁智深却得众泼皮报信，一把火烧了菜园子，逃出东京，从此流落江湖。他因背上刺满了花绣，在江湖上被称为花和尚。
鲁智深在江湖上漂泊了一段时间，路过孟州十字坡，到张青、孙二娘夫妇的酒店吃酒。孙二娘见鲁智深生得肥胖，便用药酒将他麻翻，打算剁成人肉馒头馅。张青恰巧外出归家，看到鲁智深的禅杖，知道必非常人，连忙将他救醒，并结拜为兄弟。[鲁智深在张青店中住了四五日，听闻青州“二龙山宝珠寺可以安身”，便离开孟州，直奔青州二龙山而去。
鲁智深到了二龙山，请求入伙，却被寨主邓龙回绝，便与邓龙动手厮杀。邓龙打不过鲁智深，便关闭山下关卡，封锁了上山道路。鲁智深攻不上山，便在山下树林中休息。当时，杨志因丢失了生辰纲，在曹正的建议下正要投二龙山入伙，恰巧在林中碰到鲁智深。二人言语不和，动手厮打，连打四五十合不分胜败。他们互通姓名，因在江湖上久闻对方的名号，遂释嫌为友。
杨志得知邓龙不肯收留外客，便与鲁智深一同回到曹正的酒店，商讨对策。曹正想出一条计策，假装捉到鲁智深，将他绑送二龙山，以献给邓龙的名义骗开了寨门。鲁智深与杨志、曹正进入宝珠寺，趁邓龙不备突然发难，将其杀死，夺了山寨，迫降了五六百小喽啰。从此，鲁智深与杨志便在二龙山落草，并为山寨之主。而曹正则告辞离去，依旧回山下经营酒店。
武松大闹孟州后，在张青的推荐下，投奔二龙山入伙。鲁智深欣然接纳武松，让他做了三寨主。后来，曹正、施恩、张青、孙二娘也相继上山。鲁智深便让他们做小头领，一同把守山门。
呼延灼征讨梁山失利，败逃到青州，却在桃花山下被盗去了御赐宝马，便向慕容知府借兵征剿桃花山。李忠、周通不敌呼延灼，忙派人前往二龙山，向鲁智深求救。鲁智深虽看不惯李忠的吝啬，但仍与杨志、武松一同引兵援救桃花山。呼延灼先后大战鲁智深、杨志，连斗一天都未能取胜，因天色已晚便各自收军。鲁智深退兵二十里，扎营歇息，准备次日再战。
呼延灼当夜接到青州来报，称白虎山头领孔明、孔亮引兵犯城，便连夜撤回青州。鲁智深发现呼延灼已经撤军，便辞别李忠、周通，率军返回二龙山。当时，呼延灼已大败白虎山兵马，生擒孔明。孔亮大败而逃，却在途中碰到了二龙山一行人马，便请他们帮忙营救孔明。
鲁智深决定聚集二龙山、桃花山、白虎山三山兵马，合力攻打青州。杨志却建议向梁山求援，便让孔亮星夜赶赴梁山。宋江亲自下山，攻破青州，救出孔明，并收降了呼延灼。鲁智深与李忠、孔明等人加入了梁山。
宋江接掌梁山泊后，改聚义厅为忠义堂，并在忠义堂周围设立四座旱寨。鲁智深坐镇前军寨，在七位守寨头领中位列第三。
智取大名府时，鲁智深扮作行脚僧人，混入城中为内应，并与武松一同夺取南门。
夜打曾头市时，鲁智深与武松、孔明、孔亮一同攻打正东大寨，并在混战中乱箭射死苏定。
攻打东昌府时，鲁智深与武松、孙立等一同押运粮草，引诱张清出城劫粮，却被张清用飞石将光头打得“鲜血迸流”。
梁山排座次时，鲁智深排第十三位，星号天孤星。他是步军十头领之首，与武松一同把守山前南路第二关。
梁山一百单八将大聚义后，宋江便开始推动山寨接受朝廷招安，而鲁智深则是招安政策的反对者。
不久，宋江在满江红词中流露出希望朝廷招安之意，武松、李逵不快。鲁智深说：“只今满朝文武，俱是奸邪，蒙蔽圣聪。就比俺的直裰，染做皂了，洗杀怎得干净，招安不济事，便拜辞了，明日一个个各去寻趁罢。”
后来，宋江率梁山全伙接受招安，先后奉圣命征讨辽国、田虎、王庆、方腊。鲁智深均随梁山军队出战，
征辽得胜后，鲁智深陪同宋江重上五台山，参礼智真长老。参拜了剃度他出家的智真长老后，长老道：“徒弟一去数年，杀人放火不易！”鲁智深临别时智真长老再赠四句偈言：“逢夏而擒，遇腊而执。听潮而圆，见信而寂。
征田虎时，鲁智深生擒对方有神行等异能的将领神驹子马灵。
征方腊时，鲁智深在乌龙岭追杀敌将夏侯成，却迷路入了深山；得一僧人指点，生擒方腊，立下大功。宋江大喜，劝智深还俗为官，封妻荫子，光宗耀祖，鲁智深表示已看破世事，不愿接受；宋江又劝他住持名山，鲁智深也拒绝了。
鲁智深随宋江南下征讨方腊，大功告成后，武松、鲁智深不愿接受朝廷封官，在杭州六和寺出家。一天，钱塘江大潮来临，鲁智深是关西人，不知道浙江潮信，以为是战鼓响，贼人来了，便跳起来，摸了禅杖，大喝着，便抢出来。众僧吃了一惊，都来问道：“师父为何如此？去哪里去？”鲁智深说：“我听得战鼓响，待要出去杀。”众僧都笑将起来道：“师父错听了！不是战鼓响，是钱塘江潮信响。”鲁智深听见，吃了一惊，问道：“师父，什么是潮信响？”众僧答：“今朝是八月十五日，合当三更子时潮来。”
鲁智深看了，拍掌笑道：“俺师父智真长老，曾嘱付与我四句偈言，是“逢夏而擒”，我在万松林里杀，活捉了个夏侯成；“遇腊而执”，我生擒方腊；今日正应了“听潮而圆，见信而寂”，俺想既逢潮信，合当圆寂。众和尚，我问你，如何唤做圆寂？”寺内众僧答道：“你是出家人，还不省得佛门中圆寂便是死？”鲁智深笑道：“既然死乃唤做圆寂，洒家今已必当圆寂。烦与俺烧桶热水来。”“洒家沐浴。”寺内众僧让人烧热水，让鲁智深洗浴。叫部下军校：“去报宋公明哥哥，来看我。”
宋江见报，急引众头领来看时，鲁智深已自坐在禅椅上不动了。宋江与卢俊义看了偈语，嗟叹不已。众多头领都来看视鲁智深，焚香拜礼。那径山大惠禅师手执火把，直来龛子前，指着鲁智深，道几句法语，是：鲁智深，鲁智深！忽然随潮归去，果然无处跟寻。众僧诵经忏悔，焚化龛子，在六和塔山后，收取骨殖，葬入塔院。
鲁达一次在茶坊吃茶，结识了史进，因久闻其名，便请他到酒楼喝酒。他们在途中又遇到史进的开手师父李忠，便邀请李忠一同前去。三人来到潘家酒楼，刚刚开始喝酒，便听到隔壁阁子有女子哭泣。鲁达询问原因，却得知是民女金翠莲被恶霸“镇关西”强娶后抛弃。而所谓的“镇关西”，却是状元桥下杀猪卖肉的郑屠。
鲁达不禁勃然大怒，当场便要去打死郑屠，被史进、李忠苦苦相劝。他当即凑了十五两银子，给金老、金翠莲父女做盘缠，让父女俩回去收拾行李，准备次日离开渭州。三人又喝了几杯，便离开潘家楼，在街头分手，各自返回住处。
鲁达次日一早便赶到金氏父女投宿的客店，安排他们安全的离开，直到金氏父女已经出城走远，方才离开客店。他赶到郑屠的肉铺，并以经略府的名义让郑屠亲自将肉切成臊子。郑屠先切十斤精肉，又切十斤肥肉，整整忙活了一个早晨，却被告知还要再切十斤软骨。
郑屠这才知道鲁达是在戏弄自己，恼怒之下抄起刀便去和鲁达拼命，结果被鲁达一脚踹倒。鲁达怒骂郑屠，连打三拳，竟失手将其打死。他见情势不妙，一边声称郑屠诈死，一边迅速离开现场。郑家发现郑屠已死，便到官府告状。官府却因鲁达乃是军官，先去请示了小种经略，这才派人去捉拿鲁达。而这时，鲁达早已逃出了渭州。
鲁达一路东去，半个月后抵达代州雁门县。当时，渭州府已发下海捕文书，并悬赏一千贯，画影图形，要各处州府捕捉鲁达。雁门县也有张挂榜文。鲁达去看榜文时，恰巧遇到已定居当地的金老，被金老拉走。他这才知道金翠莲已成为当地富户赵员外的外室，便随金老来到金翠莲家中，并结识了金翠莲的丈夫赵员外。赵员外又将鲁达请到自己的庄中，热情款待。
鲁达在赵员外庄中住了七八日，得知官府缉捕甚紧，便打算离去。赵员外早先在附近五台山文殊院买有一道五花度牒，便趁机建议鲁达到文殊院出家，以躲避官府的缉捕。鲁达自思无处可去，遂同意出家，与赵员外一同前往五台山。赵员外出资重修文殊院，请求住持智真长老为自己的“表弟”鲁达剃度。他瞒下了鲁达杀人之事，只称其是“因见尘世艰辛，情愿弃俗出家”
文殊院的首座、维那等职事僧因鲁达“形容丑恶，貌相凶顽”，认为他不像个出家人模样，担心日后会累及山门，纷纷建议智真长老不要收留鲁达。智真长老却认为鲁达心地刚直，称其“虽然时下凶顽，命中驳杂，久后却得清净，正果非凡”。他力排众议，坚持为鲁达剃度，并赐其法名“智深”。从此，鲁达便在文殊院做了和尚，改叫鲁智深。
鲁智深从不打坐参禅，每夜都是鼾睡如雷，起夜之时甚至在佛殿后撒尿撒屎。全寺上下非常不满，但智真长老却不闻不问。后来，鲁智深两次破戒饮酒，与寺中职事僧人发生了剧烈冲突。
鲁智深在山上待了将近半年，久静思动下山散心，在半山亭碰到一个卖酒小贩。他买酒被拒，便踢倒酒贩，抢酒来喝。看守山门的和尚遵照寺规，不许醉酒的鲁智深入寺。鲁智深便借着酒劲，直接打进山门，一路打到藏殿。监寺召集寺中火工、杂工等二三十人，要教训鲁智深，却被他打得狼狈逃窜。但智真长老最终对鲁智深只是稍加训诫。一众职事僧皆有怨言，认为长老纵容包庇鲁智深。
鲁智深又待了三四个月，再次下山，到山下酒馆买酒喝。他回山途中酒劲发作，练起拳脚，竟将半山亭撞坍半边。守门和尚关闭山门，不许鲁智深入寺。鲁智深先是打坏门外的两尊泥塑金刚，打进山门后又大闹禅堂，引发“卷堂大散”。一众职事僧请求智真长老出面不果，便绕开智真长老，聚集寺中杂工、仆役二百余人，要教训鲁智深。鲁智深“指东打西，指南打北”，一直打到法堂下，最终是智真长老出面方才将其喝止住。至此，鲁智深再也无法在五台山安身，只得离开。
智真长老修书一封，让鲁智深去东京大相国寺投奔自己的师弟智清长老，并赠送他四句偈言，称“遇林而起，遇山而富，遇水而兴，遇江而止”。鲁智深离开五台山文殊院，在山下铁匠铺打了一条水磨禅杖、一口戒刀，便取路往东京而去。他“夜住晓行”，半个月后来到桃花山，因错过了宿头找不到客店，便到山下的桃花村刘太公家中借宿。
鲁智深听闻桃花山二寨主周通欲强娶刘太公之女，便决定为刘太公解除逼婚之忧。他假扮刘小姐，躲在洞房中，将前来成亲的周通痛打一顿。周通逃出桃花村，回山寨去请大寨主为自己报仇。而所谓的大寨主，却是鲁达在渭州结识的李忠。李忠与鲁智深相认，请他上桃花山做客。
周通听从鲁智深的劝告，折箭立誓，取消了与刘小姐的婚事。鲁智深在山寨中住了几日，见李忠、周通“不是慷慨之人，作事悭吝”，便打算离去。李忠便与周通下山劫掠商旅，表示要将劫到的财货送给鲁智深作路费。鲁智深却趁二人不在，卷走寨中的金银酒器，不辞而别。
鲁智深不久又路经瓦罐寺，入寺化缘讨食。当时，瓦罐寺已被云游和尚崔道成、道人丘小乙强占。他们不但赶走了寺中原有的和尚，还掳掠妇人到寺中淫乐。鲁智深便与崔道成、丘小乙打斗，却因腹中饥饿，打了不到四十合便抵挡不住僧道二人的联手，只得落荒而逃。他一直逃到几里外的赤松林，正好遇到史进在林中“剪径”，得以兄弟重逢。
鲁智深与史进饱餐一顿，便一同回到瓦罐寺，寻崔道成、丘小乙算账，最终联手将僧道二人打死。他见瓦罐寺已荒废无人，便在离去时放了一把火，将寺庙烧为白地。二人连夜赶路，次日清晨抵达一处村镇，便在镇中酒家饮酒道别。史进到华州少华山落草，鲁智深则继续往东京而去。
鲁智深又行了八九日，终于抵达东京城。他来到大相国寺，求见住持智清长老，拿出了智真长老的书信。智清长老在信中知道了鲁智深的过往，担心鲁智深会在寺中搅乱清规，便将他打发到酸枣门外岳庙附近的菜园子做“菜头”。鲁智深成为最低一级的职事僧。
酸枣门外有一群泼皮，常到菜园偷盗菜蔬。他们想给鲁智深一个下马威，结果反被收拾了一顿。但鲁智深对他们只是稍加教训，便放他们离去。众泼皮次日凑钱买来酒肉，向鲁智深赔礼。鲁智深便与他们一同开怀畅饮，却被门外绿杨树上传来的鸦叫声搅了兴致。他被吵得心烦，便趁着酒兴，将那株绿杨树连根拔起，吓得众泼皮皆拜倒磕头，尊称其是“真罗汉”。自此，众泼皮每日都拿酒肉来款待鲁智深，看他演习武艺。
鲁智深一次酒后演练禅杖，被恰巧路过的林冲看到。林冲是禁军枪棒教头，精擅枪棒，见鲁智深“使的好器械”便连声喝彩。鲁智深与林冲相谈甚欢，便结拜为兄弟，请他一同喝酒。这时有林家使女来报，称林冲娘子在岳庙遭人调戏。林冲急忙赶去，却发现对方是上司高俅的干儿子高衙内，便息事宁人地让其离去。
鲁智深随后也带着一众泼皮赶到岳庙，要帮林冲痛打高衙内，被林冲拉住。他已有醉意，便辞别而去。此后，鲁智深每日都去寻林冲一同喝酒。林冲的烦闷心情得以稍缓。
林冲因高衙内一事得罪了高俅，被高俅设计陷害，刺配沧州。高俅还指使解差董超、薛霸，让他们在半路杀死林冲。而鲁智深营救林冲不成，担心林冲会在刺配途中被害，便一路暗中随行保护。董超、薛霸行至野猪林，用计将林冲绑在树上，要打死林冲。鲁智深及时出现，打倒董超、薛霸，救了林冲一命。他本想打死董薛二人，却被林冲劝住。
鲁智深便一路护送林冲，一直送到沧州城外七十里，方才辞别林冲，返回东京。此时，前方已再无僻静处，董超、薛霸无法再暗害林冲。林冲得以安全到达沧州。但后来，林冲在沧州又遭到高俅的数次迫害，最终被逼上了梁山。
鲁智深救了林冲，却也因此得罪了高俅。高俅吩咐大相国寺，不许寺里收留鲁智深，同时派人捉拿鲁智深。鲁智深却得众泼皮报信，一把火烧了菜园子，逃出东京，从此流落江湖。他因背上刺满了花绣，在江湖上被称为花和尚。
鲁智深在江湖上漂泊了一段时间，路过孟州十字坡，到张青、孙二娘夫妇的酒店吃酒。孙二娘见鲁智深生得肥胖，便用药酒将他麻翻，打算剁成人肉馒头馅。张青恰巧外出归家，看到鲁智深的禅杖，知道必非常人，连忙将他救醒，并结拜为兄弟。[鲁智深在张青店中住了四五日，听闻青州“二龙山宝珠寺可以安身”，便离开孟州，直奔青州二龙山而去。
鲁智深到了二龙山，请求入伙，却被寨主邓龙回绝，便与邓龙动手厮杀。邓龙打不过鲁智深，便关闭山下关卡，封锁了上山道路。鲁智深攻不上山，便在山下树林中休息。当时，杨志因丢失了生辰纲，在曹正的建议下正要投二龙山入伙，恰巧在林中碰到鲁智深。二人言语不和，动手厮打，连打四五十合不分胜败。他们互通姓名，因在江湖上久闻对方的名号，遂释嫌为友。
杨志得知邓龙不肯收留外客，便与鲁智深一同回到曹正的酒店，商讨对策。曹正想出一条计策，假装捉到鲁智深，将他绑送二龙山，以献给邓龙的名义骗开了寨门。鲁智深与杨志、曹正进入宝珠寺，趁邓龙不备突然发难，将其杀死，夺了山寨，迫降了五六百小喽啰。从此，鲁智深与杨志便在二龙山落草，并为山寨之主。而曹正则告辞离去，依旧回山下经营酒店。
武松大闹孟州后，在张青的推荐下，投奔二龙山入伙。鲁智深欣然接纳武松，让他做了三寨主。后来，曹正、施恩、张青、孙二娘也相继上山。鲁智深便让他们做小头领，一同把守山门。
呼延灼征讨梁山失利，败逃到青州，却在桃花山下被盗去了御赐宝马，便向慕容知府借兵征剿桃花山。李忠、周通不敌呼延灼，忙派人前往二龙山，向鲁智深求救。鲁智深虽看不惯李忠的吝啬，但仍与杨志、武松一同引兵援救桃花山。呼延灼先后大战鲁智深、杨志，连斗一天都未能取胜，因天色已晚便各自收军。鲁智深退兵二十里，扎营歇息，准备次日再战。
呼延灼当夜接到青州来报，称白虎山头领孔明、孔亮引兵犯城，便连夜撤回青州。鲁智深发现呼延灼已经撤军，便辞别李忠、周通，率军返回二龙山。当时，呼延灼已大败白虎山兵马，生擒孔明。孔亮大败而逃，却在途中碰到了二龙山一行人马，便请他们帮忙营救孔明。
鲁智深决定聚集二龙山、桃花山、白虎山三山兵马，合力攻打青州。杨志却建议向梁山求援，便让孔亮星夜赶赴梁山。宋江亲自下山，攻破青州，救出孔明，并收降了呼延灼。鲁智深与李忠、孔明等人加入了梁山。
宋江接掌梁山泊后，改聚义厅为忠义堂，并在忠义堂周围设立四座旱寨。鲁智深坐镇前军寨，在七位守寨头领中位列第三。
智取大名府时，鲁智深扮作行脚僧人，混入城中为内应，并与武松一同夺取南门。
夜打曾头市时，鲁智深与武松、孔明、孔亮一同攻打正东大寨，并在混战中乱箭射死苏定。
攻打东昌府时，鲁智深与武松、孙立等一同押运粮草，引诱张清出城劫粮，却被张清用飞石将光头打得“鲜血迸流”。
梁山排座次时，鲁智深排第十三位，星号天孤星。他是步军十头领之首，与武松一同把守山前南路第二关。
梁山一百单八将大聚义后，宋江便开始推动山寨接受朝廷招安，而鲁智深则是招安政策的反对者。
不久，宋江在满江红词中流露出希望朝廷招安之意，武松、李逵不快。鲁智深说：“只今满朝文武，俱是奸邪，蒙蔽圣聪。就比俺的直裰，染做皂了，洗杀怎得干净，招安不济事，便拜辞了，明日一个个各去寻趁罢。”
后来，宋江率梁山全伙接受招安，先后奉圣命征讨辽国、田虎、王庆、方腊。鲁智深均随梁山军队出战，
征辽得胜后，鲁智深陪同宋江重上五台山，参礼智真长老。参拜了剃度他出家的智真长老后，长老道：“徒弟一去数年，杀人放火不易！”鲁智深临别时智真长老再赠四句偈言：“逢夏而擒，遇腊而执。听潮而圆，见信而寂。
征田虎时，鲁智深生擒对方有神行等异能的将领神驹子马灵。
征方腊时，鲁智深在乌龙岭追杀敌将夏侯成，却迷路入了深山；得一僧人指点，生擒方腊，立下大功。宋江大喜，劝智深还俗为官，封妻荫子，光宗耀祖，鲁智深表示已看破世事，不愿接受；宋江又劝他住持名山，鲁智深也拒绝了。
鲁智深随宋江南下征讨方腊，大功告成后，武松、鲁智深不愿接受朝廷封官，在杭州六和寺出家。一天，钱塘江大潮来临，鲁智深是关西人，不知道浙江潮信，以为是战鼓响，贼人来了，便跳起来，摸了禅杖，大喝着，便抢出来。众僧吃了一惊，都来问道：“师父为何如此？去哪里去？”鲁智深说：“我听得战鼓响，待要出去杀。”众僧都笑将起来道：“师父错听了！不是战鼓响，是钱塘江潮信响。”鲁智深听见，吃了一惊，问道：“师父，什么是潮信响？”众僧答：“今朝是八月十五日，合当三更子时潮来。”
鲁智深看了，拍掌笑道：“俺师父智真长老，曾嘱付与我四句偈言，是“逢夏而擒”，我在万松林里杀，活捉了个夏侯成；“遇腊而执”，我生擒方腊；今日正应了“听潮而圆，见信而寂”，俺想既逢潮信，合当圆寂。众和尚，我问你，如何唤做圆寂？”寺内众僧答道：“你是出家人，还不省得佛门中圆寂便是死？”鲁智深笑道：“既然死乃唤做圆寂，洒家今已必当圆寂。烦与俺烧桶热水来。”“洒家沐浴。”寺内众僧让人烧热水，让鲁智深洗浴。叫部下军校：“去报宋公明哥哥，来看我。”
宋江见报，急引众头领来看时，鲁智深已自坐在禅椅上不动了。宋江与卢俊义看了偈语，嗟叹不已。众多头领都来看视鲁智深，焚香拜礼。那径山大惠禅师手执火把，直来龛子前，指着鲁智深，道几句法语，是：鲁智深，鲁智深！忽然随潮归去，果然无处跟寻。众僧诵经忏悔，焚化龛子，在六和塔山后，收取骨殖，葬入塔院。